得到了李自成南撤，史可法和吳甡辭職的消息之後，商毅也意識到，本來己經好轉了的南方形勢，一下子又變得非常遭糕了。甚致比上一次清軍南侵的時候還要遭糕得多。因爲自己的情報網絡基本己經查覺到清軍的調動情況，這也說明，清軍在今年以內，就很可能再次展開南侵，而且這一次南侵的規模，也不會比上一次小。
因此這一次南京發生的順逆之爭，顯然是清廷早有預謀的行動，先煽動東林黨人鬧事，使南明朝廷和李自成分裂，然後逼使李自成南撤。這樣一來，南京以西的防守幾乎是一片空白，清軍可以順江東下，想指望劉良佐和黃得功擋住清軍東進的大軍，根本就是不可能。完全有可能一舉而攻克南京。
但也不可否認，清廷的這一整套計劃確實十分巧妙，完全是針對東林黨的脾氣秉性而制定的，充份利用了東林黨人自以爲是，不顧大局的性格弱點。
那麼從現在的情況來，雖然不排除南京朝廷到了危險的時候，還會調自己出兵去保護南京，但以東林黨的性格和眀朝拖拉的辦事效率，估計等到自己出兵時，清軍也己經兵臨南京城下了。這樣一來南京也就等於是一座死城，而浙江直接面對清軍進攻的可能性，己經很大了。
好在是一個月之前，商毅就己經有這種預料，因此在浙江內部也都做好了充份的思想準備，並不覺得有什麼突然和意外。另一方面，在江淮戰役的勝利，也充份證明，商家軍確實是一支能打硬仗的強軍，因此浙江省內軍民人等、士農工商，上上下下都對商家軍信心十足，到也沒有引起多少恐慌情緒。
而且在這幾個月的時間裡，商家軍的擴軍編制工作己經完成，現在浙江包括蘇北、淮西地區，一共有七個步兵師，分別是第一、三、四、五、六、七、九師；四個步兵旅，分別是第一、五、六旅，另有一個騎兵師、一個特種兵大隊，相當於一個旅。總計兵力爲十二萬左右。不過由於兵工廠的生產能力有限，現在第七師，和第三、五旅，都是裝配了半數的兵器。另外還組建了五個預備旅，正在加緊訓練，預計在年內，再組建一到二個師，或二到三個正式旅。
在山東戰區，這時己經編制二個步兵師，爲第二、第八師；三個步兵旅，爲第二、四、七旅，另有一個騎兵旅和一個特種兵團。總計兵力爲五萬左右。其中三個步兵旅都只裝配了半數的武器。另外也有三個預備旅，計劃年內再組建出一個師來。
目前商家軍陸軍部的總兵力超過了十七萬，儘管不是所有的部隊都裝配上足夠的兵器，但和江淮戰役的時候相比，無論是兵力總數，還是整體的作戰能力，都得到了明顯的提高。另外在海軍部的，下屬還有三萬六千多兵力，其中可以用於陸戰的兵力可以達到一萬五千人，這也是一支不可忽視的輔足力量。
因此在盤點完了自己現有的兵力之後，商毅又一次清楚的認識到，和自己剛剛來到這個時代相比, 自己己經擁有了足夠強大的實力, 手下有一支強大的軍隊, 有超過二十萬平方公里的領地, 有八百多萬民衆, 擁有足夠的財力物力, 甚致還佔領了兩個大型海島, 也就是說，就算是失敗了，也有足夠的後路可退，那還怕什麼，就再和清軍大戰一場就是了。
不過由於軍隊的擴大，也使商家軍在未來的大兵團作戰會增加，而目前最高的師級編制顯然不能符合現在的作戰要求，因此商毅也決定，在師級以上，再提高一級，進行軍級編制，將目前的全部兵力編成五個軍。
浙江戰區，第一軍：下轄第一、五、九師，第一、五旅。由成進任軍長，趙英傑任副軍長，尤洪亮任參謀長，付責駐守江南地區，總指揮部設在杭州；第二軍：轄第三、四師、六師，第三旅，由羅運斌任軍長，王信任副軍長，劉伯濤任參謀長，付責駐守江北地區，總指揮部設在揚州；第三軍：轄第九師、騎兵師、特種兵大隊和第六旅，由楊武丞任軍長、段鵬任副軍長。屬於機動兵力，江南江北調動作戰，但總指揮部仍然設在杭州。
山東戰區，第四軍：轄第二師、第二、四旅、騎兵旅和特種兵團。由周少桓任軍長、蔣義渠任副軍長，唐鎮任參謀長，付責駐守整個山東戰區，總指揮部設在登州；第五軍：轄第八師，第七旅，軍長由周少桓兼任，童大勇任副軍長，鮑銅鋼任參謀長，付責駐守靑州地區，總指揮部設在穆陵關，平時由童大勇代理軍長的職權。
對於這樣的新編制，統戰部的其他人員都沒有意見，畢竟現在全軍己經有十個師的編制，如果還按師爲最高級戰鬥編制，確實會使指揮權過於分散。稍微有一點出人意料的是，由周少桓一人身兼兩個軍的軍長，不過山東戰區離浙江確太遠了，既使是有了飛鴿傳書，也來不及做到極時的指揮，因此需要一個統一的指揮部。而且第五軍的人數明顯偏少，實際只有半個軍。
因爲時間裡迫，軍部的成員也各兼任以前師級職務，因此人員也不需要重新調整，可以說很快就能快完整編，而商毅也開始考慮，在南京失守之後，商家軍的整體作戰安排。
現在清軍的戰略計劃己經十分清楚了，就是在山東主守，江淮牽制，主攻長江中游。而在清軍攻佔南京之後，一定會集中優勢兵力，以南京爲基地，前來進攻浙江，因此在江南地區，恐怕也只能以戰略防守爲主，並以杭州、蘇州兩地爲防守核心。
因爲杭州是目前商毅集團的行政機構所在，絕大部份士兵的家屬，還有重要的工廠、學校、對外港口都設立在杭州附近，因此杭州絕不容有失的。而蘇州是商毅集團除了杭州以外，在江南的最重要城市，主要的出口商品絲綢，幾乎都是在蘇州生產，同時蘇州還足連結着江北地區，和控制長江入海口的重要戰略位置，因此蘇州無論如何也一定要保住。
當然一味的防守顯然不是上策，什麼死守城池，也從來都不是商毅所考慮的戰鬥方式，既使是在戰略防守，也一定是要守中帶攻。因爲在商毅的戰術指導思想中，防守只不過是爲了反擊而做的準備工作。因此商毅很快就開始考慮，如何向清軍發動反擊。
雖然清軍在奪取了南京之後，確實佔據了戰略主動權，但由於這一次南侵清廷本身就十分免強，而且戰線拉得太長，因此商家軍的反擊點依然很多。
首先南京就是清軍的一個最大弱點，因爲南京城本身過於龐大，而且又濱臨長江，因此想要完全守住，則需要在水陸兩線都佈置大量的兵力，在另一時空裡的十餘年後，鄭成功就利用自己的水上優勢，從長江入海口發動對南京的突然進攻，一度打得清軍十分被動，如果不是當時鄭成功優柔寡斷，一再錯過戰機，這一戰就可以攻下南京了。
但這個戰術角度來說，這無疑一個極好的從水上突襲南京戰例，商毅完全可以學習使用，而且和那個時候的鄭成功相比，商毅的海上實力，則要更勝一籌，同時還控制着長江入海口，而鄭成功所犯的錯誤, 商毅自信自己決不會再犯。
另外在江北、山東兩個戰區，清軍的兵力都較爲簿弱，由其是在山東，儘管清軍有近七萬大軍駐守，但基本都是雜牌軍，戰鬥力並不強，而且這兩個戰區也己經被連成一片，因此完全可以集中兵力，選擇一個合適的地方，比如商毅一直念念不忘的徐州，或者是濟南、兗州等地主動向清軍發動進攻，打幾個勝仗，殲滅一部份清軍，也能移牽制清軍在江南的兵力。
同時商毅還有一個大膽的支劃，在必要的時候，完全可以充傷發揮商家軍海軍的絕對優勢，就像去年救援北京一樣，從海上發動突然襲擊，而這一次商毅攻擊的首要目標可就不是北京了，而且是清廷的真正老剿盛京，也就是後世的瀋陽。
儘管清廷己經入主北京，但畢竟時間不長，盛京在滿人的心目中，依然還有十分重要的位置，同時淸廷歷代先君，還有愛新覺羅氏先祖的陵寢，也都建在盛京。因此一但盛京遭到襲擊，對清廷在精神和心裡上的打擊將會是十分沉重的，同時對自己也是一個極大的鼓舞。
而且現在清廷的主要力量都已經遷到了關內，關外的守備十分空虛，當然以這個時代的戰略觀念來說，關外己是淸廷絕對的大後方，也沒有必要留下過多的兵力防守，只不過誰也不會去想到，來自海上的敵人的威脅。因此突勢盛京的成功性非常大。同時也會迫使清廷不得不抽調大量的兵力，回援關外，並且在勃海沿海地區都要佈置足夠的兵力駐守，當然這樣一來，在南方的壓力也就能夠大大減輕了。
而由於有突襲北京的成功戰例，統戰部也對商毅的襲擊盛京計劃同樣充滿了信心，而且通過商毅的分析，也充份認識到清軍原來還有這麼多的弱點，因此就算是南京失守，也沒有什麼大不了的，只要有商毅在，仍然可以打敗清軍。