誰都知道多鐸是一條大魚，在攻破了南京之後，商家軍裡誰都想抓住多鐸，好搶佔這個大功勞，因此也在南京城裡好一陣忙找，只可惜誰也沒有找到多鐸，而且在亂軍之中，又沒有找到多鐸的屍身，也不知道多鐸到底是生還是死。而誰也沒有想到，多鐸被抓的地方，居然是在商家軍的戰俘營裡。
原來在昨天晚上，多鐸本想從北安門逃進神烈山裡去，但商家軍己經攻破了北安門，多鐸當然知道，靠自己這二百多人想要殺出皇城去，根本就是不可能的。多鐸本來打算就這麼和商家軍拼了，但突然間急中生智，想出了一個辦法來。
首先多鐸將這二百多名士兵全部遣散，讓他們各自逃生，而只留下十餘名親隨在自己身邊。等其他士兵都走光之後，多鐸也脫下自己的盔甲衣服，換上普通清兵的盔甲服裝，等商家軍攻進來之後，立刻舉手向商家軍投降，當了俘虜，然後打算找機會再出逃。
而商家軍的士兵見他們都是普通士兵的樣孑，也沒有太在意，只把他們和一羣清軍都關押在管，到了白天，多鐸等人趁看守的商家軍士兵不注意，居然溜出了戰俘營，準備逃走。但這時滿城都己是商家軍的士兵，而他們又是剃光了額頭，非常顯眼，結果沒走幾步就被商家軍的士兵發現了。於是多鐸又一次成爲俘虜。
不過這一次多鐸等人的行動也引起了商家軍士兵的注意，於是對他們進行反覆盤查審問，結果越問多鐸露出的破綻就越多，回答的問題也是前言不達後語。雖然多鐸還是一口咬定自已只是一個普通的清兵，但己經被列爲重點懷疑的對像了。因此也報告給蘇建林。
一開始蘇建林還沒想到是多鐸，以爲該是個什麼甲喇、梅勒之婁的清早將領，不過還是找來了投降的郝效忠，看他認不認識。結果郝效忠一看就認出來是多鐸。而到了這個時候，多鐸也抵賴不過，只好承認了下來。
這一下蘇建林也大吃一驚，沒想到多鐸居然一直都躲在戰俘營裡，差一點讓他給跑了。因此也趕忙將多鐸重新捆好，向成進報告。
商毅是在太和殿上見到被綁着的多鐸，見他約三十四五歲年紀，雖然這時形像十分狼狽，但也掩飾不住一股陰鷙之氣，果然不愧是清廷的二號人物。多鐸這時也是自付必死，因此也豁出去了，被送到太和殿來，雖然是階下囚的身份，但見了商毅，也立而不跪。
不過商毅到也不在意，畢竟自己是勝利者了，因此笑道：“你就是清廷的豫親王多鐸嗎？”
多鐸其實也對商毅頗爲好奇，因爲這個人簡直就像從天上掉下來一樣，突然橫空出世，硬生生把大清的統一大業給毀了，但見了商毅也不覺得這人有什麼特別之處，不過見商毅問起來，多鐸也把胸一挺，道：“我就是多鐸，既然被你們抓住了，要殺就殺，要剮就剮，聽憑尊便，我大清日後自然會爲我報仇。”
商毅“哼”了一聲，道：“多鐸，你也有臉在我面前報仇兩個字嗎？你們滿清自努爾哈赤以來，無故進犯關內多次，殺死了我們漢族多少無辜百姓，又害得多少人家破人亡，妻離子散。他們的仇，又該怎麼算呢？”
多鐸道：“他們被殺，是因爲你們的官軍沒有用，打不過我們大清的勇士，是因爲你們的皇帝沒有用，守不住江山，昏庸無能的皇帝，就應該被拉下來。”
商毅也不禁笑道：“你說得到是很坦白，那麼現在你己經被我抓住了，你們清軍現在也打不過我的商家軍，所以你們清廷也同樣沒有存在的必要了，也應該被打倒，對不對？”
多鐸強辯道：“商毅，你也不要得意太早了，勝敗乃兵家常事，我大清現在還有疆土萬里，士兵百萬，很快就會再度發兵南下，掃平江南之地，到是時把你們江南殺個雞犬不留。”
商毅呵呵一笑，道：“你是死鴨子嘴硬，你們清廷現在還有什麼實力南下？而且現在連你們的老剿盛京都被我攻下來了，還有什麼倚仗。”
說到了盛京，多鐸這才徹底無語，低下頭去。商毅也不想和他再多費話了，吩咐將多鐸押下去嚴密看管起來，等南京的局勢平靜了一些之後，再對他進行公開處決。
把多鐸收押之後，商毅也帶人出了皇城，同時下令，皇城內的清理工作完成之後，軍隊立刻撤離，不得在皇城中逗留。而各殿全部封鎖起來，只留一個團守衛皇城，每天早晚，各入城巡邏一次，其他的時間裡，沒有自已的命令，任何人不許擅自進入皇城。而商毅把自己的辦公地點設在皇城南邊的南京留守司。因爲現在還不是自己稱帝的時候，冒然住在皇宮裡，恐怕又引起諸多的不便。
這時南京城裡的清兵基本都清剿幹掙了，而在戰前被清軍徵調的百姓和民兵，只要是查實了身份，都被放出。不過就是這樣，現在整個南京城裡的居民也只有十多萬人，比當時清軍剛剛佔領南京的時候，也好不到那裡去，畢竟在一年時間裡，連續經歷了兩場大戰，南京也確實是元氣大傷了。
而在未來的數年內，這裡都可能會是自己的行政核心，因此從現在開始，也就要着手進行南京的重建工作，恢復南京昔日的繁榮。
商毅首先下令，各軍仍然按自己進攻南京的方位，撤離出南京城去，在南京的外城駐紮，並且救治傷員、補充修整，而在南京城，只留第一軍的第一、七兩個師駐守，維持城中的秩序。
然後對南京城中現存的百姓進行登記造籍，並指定地方集中居住，以便於管理，同時對百姓的口糧和生活需求物資，按戶籍人口，統一調備供應。而多餘的地方都要空出來，慢慢向南京移居人口。同時也要求百姓們尊守秩序，凡事有趁亂搶劫、偷盜竊取者，一率嚴懲。
這一條令當然也受到了百姓們的一致擁護，因爲清軍守城時，把百姓家裡的糧食、銀錢、布匹、鹽等等物資全部都搜刮走了，就連傢俱都收去了不少，可以說現在絕大多數的百姓家裡都是空空如也，家徒四壁。因此商家軍向百姓們提供生活的資資供應，正好可以解了百姓們的燃眉之急。
同時有軍隊在南京城中維持治安，一般的地痞無賴之徒也不敢胡亂生事，加上生活得到了保障，因此南京城中的秩序也速度的穩定下來。
接着商毅又下令到杭州，首先以督師府的名議通告整個南方，南京己經被商家軍收復，並讓葉瑤瑱立刻安排，調一部份行政人員到南京來，恢復南京完整的行政機構，同時還要運送一批物資過來，保證南京這邊軍民的生活供應。並着令統戰部立刻向山東下令，命令兩支跨海作戰的部隊都要開始準備撤離了。
十一月十八日，商毅收到了消息，在廣東、福建、江西三省的清將金聲桓、覺羅巴哈納、尚之孝三人合兵趕到救援南京。前鋒人馬已經到了徽州。
原來多鐸的告急文書在一個月以前就發到了福建，這時金聲桓己經回兵褔建，和覺羅巴哈納一起向鄭成功發動了進攻。並且首先攻克了彰州，隨後從兩面夾擊泉州。這時己將泉州圍住，眼看就要攻下來了。
但就在這時，兩人首先收到了商毅公佈，商家軍跨海突襲成功，己經攻佔盛京的消息。兩人對這個消息一開始還是半信半疑，畢竟這種大規模跨海突襲的戰術對兩人來說，確實是有一些匪夷所思，但又覺得商毅不會用公佈這種假消息，因此也琢磨不清這是真還是假。
但幾天以後，收到了多鐸的緊急調兵令，雖然沒提商家軍攻沒攻佔盛京，只說商家軍集中了全部兵力，要進攻南京，但要兩人放棄江西、福建等地，立刻帶領所有的人馬回援南京。兩人也都預感到攻佔盛京的消息八成是真的，否則多鐸不會給自己下達這樣一份調兵的命令。
覺羅巴哈納是滿州的固山額真，對滿清當然是忠心耿耿，因此接到了多鐸的告急之後，也立刻開始照辦，馬上調集人馬，準備返回南京。而金聲桓只是覺羅巴哈納的副將，就算心裡另有想法，也只能聽命從事。
但這時他們兩人合兵也不足六萬人馬，想回援南京還有嫌有些不足，因爲覺羅巴哈納可是十分清楚，商家軍是慣於圍城打援的，從福建到南京距離千里，正好給了商家軍在半路伏擊清軍的機會。而且在公文裡多鐸也說明, 還調了尚可喜部回援南京。尚可喜現在廣東駐守，手下有六七萬大軍，實力可是十分雄厚的，因此兩人也覺定等尚可喜出兵之後，合兵一起去回援南京。這樣人馬多一些，也安全一些，於是兩人一面準備, 一面又寫信給尚可喜，催他儘快快出兵，自己在江西等着。