就在江北、江南的局勢都得到了緩解以後，清軍又一次向商家軍在湖北地區建立的根據地發動了進攻。
儘管現在商家軍的湖北根據地建立還不到三個月的時間，但發展十分迅速，特別是李巖和李牟兄弟到達麻城之後，帶來了一批行政管理人員，接手了根據地內的民政管理工作，也使李定囯和九師的官兵從繁重的民政工作中解放出來，可從全心投入到訓練新兵、備戰清軍的工作中來。
而李巖、李牟都有足夠的經驗，一到麻城之後，立刻把帶來的行政人員分散到黃安、麻城、羅田三縣的各村中去開展工作，迅速在各村中建立基層的行政系統，制定田租稅率，分配田地。對各村民忿較大的地主豪強勢力給予堅決的打壓，而對一些欺壓行爲較少則網開一面，只是沒收他們的大部份田地財產，不傷害他們的性命。而少數對鄉里做過些好事的地主豪強還被授予管理職務。
並且在農民中間加大了抗擊清軍，打擊豪強，保衛家園的宣傳力度，充份發動農民的積極性，組建民兵，實行村村聯保。也使商家軍在三縣的統治基礎迅速穩定下來。
同時也對俘虜的清兵進行分類處理，滿人和關外的漢人做苦力，而在關內的漢族人，由其是本地區的漢族人側實行寬大政策，盡力說服動員他們能夠留下來加入商家軍，共同抗擊清軍，保衛家園，等趕走了清軍之後，保證人人有田種，都能過上平安的生活，而對想離開的人也不阻攔，立刻放行。
上一次俘虜的清軍絕大部份都是本地人，而且大部份都是農民，佃戶出身，商家軍的寬大政策也感動了他們不少人，有一大半都願意留下來加入商家軍，也有一部份表示回家之後，領着家人一起來投奔商家軍。只有一小部份人不作表態。而李定國和李巖也沒有爲難他們，想回去的，不管有沒有理由，都讓他們自由離開，同時還發給二兩白銀作路費，只是警告他們不要再當清兵,給滿人當幫兇來打漢人。
加上投降過來的清兵，現在商家軍已經招募了新軍四千多人，另外還組建了民兵五千餘人。實際控制的域區東到稀水、西到灄水，南抵舉水中游，面積達數千平方公里，人口約有二十萬。同時李定國還派出二十二團，向大別山裡發展，佔據了白沙關、黃土關、長嶺關等大別山南北要路的重要隘口，並且準備向大別山以北的地方發展，真正實現以大別山爲核心，橫跨湖廣、河南兩省的地區。
而就在這時，阿濟格派出的正藍旗滿洲梅勒額真珠瑪喇，率領着清軍，也來到了黃州，準備征剿盤據在這裡的商家軍。
真珠瑪喇這次帶來了一萬五千清兵，其中屬滿八旗及三大管所屬的人馬有三千餘衆，其中包括一千名火銃兵，屬漢軍八旗及綠營的人馬有四千餘衆，也有一千名火銃兵，和五十門各種火炮。包衣跟役有兩千餘人，其餘全都是這次南征以來，收降的明軍。
在南京戰役中，真珠瑪喇吃商家軍的虧可是不少，因此他絲毫也不敢大意，到達了黃州之後，立刻招集官員以及上一戰中逃回來的敗軍，詢問上一戰的詳細經過，以及商家軍的虛實，因爲一直到現在，淸軍還弄不明白，盤居在大別山的商家軍到底有多少人馬。
後來聽說商家軍居然還放回來不少人，真珠瑪溂也下令把這些放回來的兵勇都招集起來詢問。同時又派出一些探子，去打探商家軍的虛實。但商家軍到底有多少人馬，在黃州誰也弄不清，因爲現在誰都不敢到商家軍的控制區裡去。而派出去的探子有大部份都被活動，少部份雖然逃回來了，但都沒有深入進去，只說商家軍戒備森嚴，各村都組織了民兵放哨守衛，對陌生人盤查得十分仔細，而且清軍中間的漢兵大多都是北方人，口音差異很大，因此想要混進去非常難。
不過根據黃州的官員、士兵、放回來的俘虜的述說，再加上真珠瑪喇自己的判斷，估計在湖北境內的商家軍不會很多，應該在三四千左右，最多也不超過五千人。
因爲按真珠瑪喇的經驗，一支孤軍深入到敵人後方的軍隊想要站穩腳跟，必須要佔領幾個大城市才行。只有佔了大城市，才能抵擋敵人的進攻，才能獲得稅收和補濟。而這支商家軍顯然沒有佔領大城市的能力，他們明明都攻下了黃州，結果還是主動放棄了，只佔據了大別山外圍的幾座縣城，一付隨時都準備逃進大別山裡去的樣子，這就充份說明，這支商家軍的兵力並不多。
而且按放回來的清兵所說，商家軍動員俘虜的士兵投降，同時還在佔領區內組建民兵，這也從另一個側面證明了真珠瑪喇的猜想。招兵不就意味着兵力不足嗎？
當然在這段時間裡，真珠瑪喇也不是光顧着打聽消息，同時也在積極準備着出兵征剿的事宜，一方面是調集兵力，另一方面也在籌集錢糧物資。
由其是錢糧物資，因爲在這個時候清廷的財政己經十分緊張了，南京駐紮清軍的錢糧物資不僅要自己就地籌集，而且還是送一部份到北京去，居說是慶賀攝政王在一次圍獵時，打中了一隻白鹿，仍是祥瑞之逃。因此真珠瑪喇在黃州，當然也是要自己籌集錢糧了。
而對這一點，真珠瑪喇不但不覺得不好，相反還十分高興，因爲這可是個好機會，自己正好可以趁機撈一筆。因此他在到達黃州的第二天，就招集黃州府的各級官員，以及富戶，下達他的第一個命令——攤派。要求每一個人都必需交納一筆錢糧，做爲對淸軍的支持，當然也是對大清表示忠心。並限令十日之交齊。而且毎個縣都要出兵支援，毎個大戶也要出鄉勇從軍。
這一下這些官員和大戶們可都是欲哭無淚了，上次李巖佔領黃州的時候，就搞過一次攤派了，現在清軍來了，怎麼又弄起攤派來了呢？而且一次商家軍還比較客氣，攤派多少也是和衆人商量，要得錢糧也是在大家的承受範圍以內。而清軍這一刀下得，可就比商家軍狠得多了，每個人都要大放血，而且還沒得商量，如果不照辦那可就是通敵之罪。
商家軍來打秋風，大夥還能夠理解一點，因爲在名議上黃州府己經是屬於清軍的地方，商家軍是敵人，怎麼做也都不過份，但沒想到自己人卻更狠，因此有不少官員和大戶心裡都在滴估，早知道是這樣，當時商家軍來到黃州的時候，就應該把他們留下來，訌商家軍佔着黃州算了。現在到好，前步剛走了狼，後腳居然竄進來一隻虎，把自己吃得連骨頭都不剩了。
錢財到還好辦一點，最多也就咬牙忍一忍，以後再想辦法找回來就是了。但兵丁和鄉勇怎麼辦呢？上次不是都出過了嗎？要麼死在戰場上，要麼給商家軍當了俘虜，被放回來的可沒有幾個，再上那兒找人去呢？現在百姓們都盼着商家軍打過來好分田地，分財產，誰還肯出力去打商家軍呢？
當然最倒黴的是原來的蘄水縣知縣鄭新民，商家軍離開黃州的時候，他己經向省裡打了辭呈，但因爲蘄水縣離商家軍的控制區太近，因此他也不敢回縣裡去，就在黃州等着，沒想到真珠瑪喇這一來，有一個算一個，鄭新民也沒有跑掉。
而且上一次商家軍來時，是由他出面組織，因此這一次催繳攤派的任務，自然也是非他莫屬了。但鄭新民當然知道其中的差別，商家軍打來，大夥是破財消災，一致公推自己，而這一次是真珠瑪喇指派自己，當然不一樣，弄不好還會讓人誤以爲自己和真珠瑪喇是一夥兒。卻不知道自己還不是也一樣要出一份，真是裡外都不是人。
可憐鄭新民在蘄水縣當官的時候，還是真的沒有怎麼貪心不足，因此也沒攢下多少積蓄，而真珠瑪喇這一攤派，可把自己準備好回鄉的路費也都搭進去了，但這冤枉上那裡說去呢。因此鄭新民心裡也是叫苦不迭，但還不敢推辭，只能硬着頭皮做。
不過真珠瑪喇當然不會爲了這個操心，十天以後一共收上來白銀十二萬四千七百兩，糧食六萬三千三百石，草料一萬二千八百石，而真珠瑪喇從其中至少侵吞了三成，另外還在士兵、鄉勇八千餘人。
真珠瑪喇也十分高興，因爲他認爲自己估計得很準了，商家軍絕不會超過五千人，憑自己目前的兵力，絕對是有戰勝商家軍的把握，即然現在錢糧都已經到位了，自己也撈了不少了，正事就應該開始辦了吧。
因此真珠瑪喇也下令，就在四月四日出兵，征剿商家軍。