商毅帶領着人馬從杭州出發, 沿路都可以看見來往不絕的民夫車輛, 都裝載着各種各樣的物資，排着長長的隊伍。雖然跟隊押運的軍隊並不多，但秩序井然，並沒有出現混亂的局面。
而且幾乎所有的在許多車輛上都插着各種顏色的旗幟，或者貼着標語，寫着“恢復中華、驅逐韃虜”，“收復南京，打敗滿清” 等字語。沿途還有不少年輕人在大聲鼓勵民夫們努力，把物資儘快送到前線去，爲抗擊清軍，保衛家園貢獻自己的一份力量。
看到這些情景，也讓商毅十分滿意，看來宣傳組織工作確實做得十分到位。
三天之後，商毅的一行人馬到達南京外城的小安徳門附近，成進的第一軍己經在這裡紮下了大營。這時其他各路人馬也都基本到達了自己的陣地。
南京分內外兩城，內城纔是真正的南京城區，城牆都是用米湯、蛋清調灰燒製的青磚砌成，高大寬厚。而外城實際是一道不高的土圍牆，而且連續長達一百餘里。
這時清軍在南京城中的總兵力約有九萬左右，其中滿旗和三大營的人馬約有兩萬餘人，漢軍和綠營約有二萬六七千人，其餘全是其他降軍。主要的將領有：屯齊、鰲拜、滿達海、劉之源，李思忠、士彥、郝效忠等人。另外有各種火炮二百七十餘門，火銃一萬餘杆, 霹靂火箭六百餘簡，震天雷六千多個。
自從商家軍對南京地區的合圍完成之後，多鐸也知道大勢不妙，於是也在南京城內開始佈置準備守城的計劃，雖然說清軍的兵力確實不算少了, 但南京的地區實在太大，而城牆又太長，清軍的兵力仍嫌不足，根本不可能把防線擴大到外城一線，因此多鐸也決定把南京的外城全都放棄，把防線佈置在內城和內城的外圍地區，集中兵力駐守。
清軍佔領南京時，南京城裡的居民只有七八萬，經過了近一年的時間發展之後，現在南京城裡的居民也已經接近到二十萬，雖然離正常時期還相差甚遠，但也恢復了幾分元氣。而這時多鐸也下令在南京城內實行軍管，所有人員一率聽從清軍調度，所有糧食、財產、物資也全都交出來，由軍隊統一分配，違令者立斬。
爲了彌補清軍的兵力不足，多鐸首先下令將城中的居民十五歲以上，四十五歲以下的男孑全部都編組成軍，一下子就擴充了近五萬人，發給武器，進行短期訓練，平時付責修築工事，在商家軍進攻時，也要全都參加戰鬥。同時也把年輕婦女都組織起來，付責做飯洗衣照顧傷員等後勤事務。
同時多鐸雖然沒有勇氣放商家軍放進城裡來打巷戰，但對南京的防守也佈下了三道防線，第一道是在南京的城牆外，依託城外的山河湖泊佈置，主要集中在二湖二山一罈，二湖是指莫愁湖和玄武湖、二山是指神烈山和聚寶山，一罈是指東南角的天壇。
多鐸下令，由郝效忠守聚寶山；李思忠守莫愁湖、佟岱守神烈山、土國寶守玄武湖、夏成德守天壇、在這五處駐點都派駐了一萬人馬，另有五千民兵駐守，不過人馬中只有滿漢軍各一千五百人，其餘全是降軍，當秸其中包括有三十門火炮，一千支火銃等武器。並且修築了大量的防禦工事。
第二道防線就是南京的城牆，這也是多鐸寄於了厚望的一道防線。
而第三道防線是在南京城內的皇宮，同時也在南京城內的各條河流邊上，主要的街道上也都修築防線，準備等商家軍攻入南京城裡之後，一面守衛皇城，一面和商家軍進行巷城。這一點多鐸到是參考了不少在十個月以前，商家軍守南京時的做法。
多鐸的且地是首先利用降軍和民兵在城外消耗商家軍的兵力，並且拖延時間，而將最精銳的滿漢旗主力軍留在城內駐守，爭取堅持到援軍趕來。按多鐸的預計，如果有援軍的話，在一個月左右的時間，應該是能夠趕到南京來的，因此多鐸分派的計劃是每一道防線都要守住十天，加起來也就是一個月。要是一個月之後還不見援軍，那就只好殉城而亡了，反正到了這一步，多鐸也做好了最壞的打算。
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由於這時南京城裡實行了軍管，一度恢復了幾分往日繁華的秦淮河也再度冷清起來，開張了幾個月的酒樓妓院也全都關了門，夥計都被編入軍隊，準備參加戰鬥，而妓女們也都全被監管起來，付責後勤事務，當然年輕貌美的都被有頭有臉的將領拉回去暖牀。
雖然紫明樓有墨經緯和紫玲瓏罩着，到是逃過了被清軍徵調的命運，不過這個時候顯然已經無法再繼續營業下去了，因此也關張停業了。除了摩門的弟子以外，其他人也都被遣散回家。好在是樓裡到是積攢了不少食物和酒，還能夠保證幾個月的生話。
這時墨經緯和紫玲瓏坐在樓上，看着己經空無一舟的秦淮河，也不禁生出了頗多的感慨來。墨經緯苦笑了一聲，道：“想不到只用了不到一年的時間，商毅竟然就能夠把南京又奪回去，而且居然能夠想出從海上突襲遼東、京津之地的方法來調動清軍，實在是…實在是……”
紫玲瓏到是少有的沒有和墨經緯擡扛，道：“也許從他撤出南京的那一刻起，就己經佈置好了今天的一切，這十個月以來不過是一步一步的實現而己。” 頓了一頓，又道：“你認爲會有援軍來嗎？”
墨經緯苦笑了一聲，道：“雖然我很想說會有援軍，但這種可能性並不大，尚可喜早就和清廷產生了嫌隙，而且他現在己經佔領了廣東之地，絕不會輕易放棄，沒有了尚可喜，金聲桓和覺羅巴哈納最多也不過五六萬人馬，想來救援南京，根本就不可能。要知道商毅最善於打圍佔打援的戰鬥。” 頓了一頓，他又道：“何況援軍趕來，大約需要一個月左右的時間，我看多鐸絕對堅持不了這麼長的時間。”
紫玲瓏道：“你認爲多鐸能夠堅持多久呢？”
墨經緯道：“依我看，多鐸能夠堅持到十天，就己經是奇蹟了。”
紫玲瓏怔了一怔，道：“我到沒有想到，你這麼不看好清軍。”
墨經緯看了她一眼，淡淡道：“我說過，我決不會再低估商毅了。”
紫玲瓏嘆了一口氣，道：“難到商毅真的是二師叔所說的，可以改變天運的人嗎？”
墨經緯淡淡道：“不管他是不是，我都不會改我的目標。”
紫玲瓏沒有把這個話題再繼續下去，又道：“既然南京鐵定守不住了，那麼你爲什麼還要留在南京呢？”
墨經緯笑道：“你這話問得到是奇怪，你現在不是也留在南京嗎？總不會以爲瑤瑱還會念在過去的情份上保護你吧？”
紫玲瓏微微一笑，道：“難道說我自已就保護不了自己嗎？南京這麼大，我們來刲這裡潛伏也有好幾年了，光是我公開的身份就有三個。要想躲起來，不被商毅找到，還是不難做到吧。我留在這裡，是想看一看商毅佔領了南京之後，到底還有什麼施政的手段，現在我們需要全面瞭解商毅。但我們在浙江的人手到底還是太少，雖然打聽到一些，但還遠遠做得不夠，所以我想留在南京，親自了解一下。”
頓了一頓，又道：“另外南京雖然失守，但對我們來說，卻未必不是一個機會，因爲商毅在浙江防範得太嚴了，我們很難插得進手去，而現在就在南京開始佈置，等商毅佔領了南京之後，正好把我們也一併接收過去，而且我們還可以藉機打入浙江，以後也就更好行事了，這樣好的機會，我當然不會放過了。那麼你呢？又是爲了什麼？”
墨經緯哈哈一笑，道：“英雄所見略同，我要留下來，和你的目地差不多，既然你們能夠在南京隱藏起來，不被商毅知道，也不再乎多我一個人吧。”
紫玲瓏道：“多你一個到是沒什麼？只要你老實配合也就成了。不過你的目地和我們差不多，那麼就是還有一點點區別的，那麼……”她的眼睛忽然閃出了一道精光，道：“我明白了，原來你是抱着這個目地纔要留在南京的。”
墨經緯點了點頭，道：“既然你猜出來了，我也不否認，那麼你是否同意呢？”
紫玲瓏笑道：“我爲什麼不同意，反正你成功失敗也不關我的事。但你留下來到是可以，不過一切行動都必須聽我安排，當然你放心，我一定爲幫你尋找機會，創造條件，只是沒有我同意，不許私自進行。因爲我不能因爲你的行動，把我們會都暴露出來。”
墨經緯又點點頭，道：“這是當然，如果沒有你們的幫助，我也不可能成功，所以我一定聽從你的安排，絕不會私自行劫。”
紫玲瓏道：“還算你眀白。不過紫明樓早就暴露了，因此明天我就開始撤離這裡，換一種身傷。”