皇室的收入只是，在新年開始之後確定的一件小事，最重要的事情,就是在囯會成立了之後, 其他相配套的國家機構也都應該建起來, 這樣才能更好的發揮國會的作用, 開始中國政治制度的全面變化。而其中首先要改變的, 就是內閣。
因爲按照規定，內閣應該是由國會選舉產生，現在國會己經成立了，新一屆的內閣也應該重新產生，而且過去的內閣，大體還是沿用眀朝的內閣制度，當然不能適應現在的需要了，因此商毅也打算按照自己的構想，仿造後世的議會內閣制，對內閣進行一次大的改制。
新的內閣制度大體的內容爲：內閣最高官員稱爲內閣首相，另設副首相一名，內閣以下設財政部、宣傳部、組織部、文教部、工程部、工業部、農業部、商務部、土地資源部、交通部、國防部、外交部、外事殖民部、海洋開發部、這十四個部，各部設大臣一人，爲最高官員，副大臣一名，爲協助官員，各部的大臣同爲內閣大臣。
這十四個部基本包含了政府機構的所有事務，各部以下，又分爲若干個部門，如文教部以下就分爲文化部、教育部、科技部；工程部以下又分土木工程部、水利工程部、建築工程部等。各部門的最高官員稱爲部長，以下是根據各部門的情況，設制其他職位，付責各部的事務。
另外還設有中國科學院、中華銀行、民族事務部、審計署、國家安全部、情報局、文書處等內閣的直屬部門。都是相當於部長級，但不算內閣大臣。
內閣有行政權，由內閣首相、副相爲主，十四位內閣大臣協助，根據國會的決議處理國家事務，重大事情由內閣首相、副相付責招開內閣會議來處理。當然根據實際的情況，如果需要其他內閣的直屬部門官員，或是非內閣部門的官員，甚致是皇帝參加，則稱爲內閣擴大會議。
內閣首相的產生，是甴皇帝直接提名，然後教由國會參、衆兩院，分別進行投票表決，超過半數的贊同票，既可當選，不足半數的贊同票，則需要皇帝重新提名人選，如果連續三次提名都未能得到國會的通過，則從三人中選擇得票最高的一人出任內閣首相。這也是皇帝對內閣的控制，畢竟這時不可能一下全放權。
當選了內閣首相之後，即可叭開始組閣。首相有權力自行任命副相和十四名內閣大臣，無需通過國會通過，這是可以確保讓內閣班組迅速組建起來，否則一個一個的去提名、通過，等到猴年馬月也組不成內閣，而且首相提名任命的，當然都是自己的相好、親近大臣，這樣也能保障內閣的團結，更好的執行國家事務。同時首相也可以隨時解除內閣副相、內閣大臣，另換他人。但內閣名單需要皇帝批准。
但爲了防上內閣首相任人爲親，結黨營私，出任副相和十四名內閣大臣的人選在資歷、年齡、工作經驗、專業等方面也都一定的限制，內閣首相任命的內閣大臣人選不能脫離這些限制。當然如果有特殊的人材，也不是不能破格啓用，但這就要通過國會通過。其他部門官員由內閣會議確定，各部門內部的官員，由各部門官員自行任免。
一屆內閣首相的任期爲五年，可以由皇帝提名，連任一屆，也可以兩屆分開出任，但任何人都不得出任超過兩屆首相，除非是在帝國發生大規模戰爭期間，由國會通過，可以連任多屆。內閣首相在任期內發生意外事件，不能完成任期，將由副相代理首相，直至任期結束。在首相的任期結束，內閣也就全體解散，其他成員是否留任，由新任首相重新組閣來確定。而且在內閣首相任期結束之後，不得出任內閣成員官職。
這也就意味着不管是誰，最多隻能在內閣首相這個位置上坐十年的時間，同時也不能再出任內閣的其他職務，這樣就可以避免權臣長期的把持國政，或是長期留在內閣中把持政權。其實對於執政的大臣來說，能夠執掌十年的政權，己經是相當長的時間了，一般來說，除了個別的權臣之外，能夠執政十年以上的大臣，在歷朝來說，都是不多見的事。
同時每年年底內閣向國會提交年度工作報告，得到國會通過，才能在第二年繼續執政，如果沒有得到國會通過，將由國會對內閣發動不信任提案投票，可以提前結來首相的執政，解散內閣，重新選出新的首相組閣。而在一任內閣的任期內，國會還有一次隨時彈亥首相的權力。皇帝的否決權可以否決國會的不信任投票，但不能否決彈亥。
雖然現在立法權和決意權都屬於國會，內閣的權力大大削弱，但皇帝也將大量的權力讓出，在原則上基本己經放棄了行政權，因此內閣的獨立行政權力實際大大增加了，因此必須對內閣首相的權力加以限制。這此措施，都是針對內閣首相的權力制約。
可以說這一套內閣制度也相當的完善了，不僅充份放給了內閣極大的權力，同時也給內閣増加了多重限制，再加上有國會的配合，就是在皇帝不理朝政的情況下，也能夠保證國政順利的進行，而且在這些限制下，幾乎不可能再出現把持朝政的權臣。
因此在將這一套內閣制度提交給國會討論之後，在參、衆兩院都得到了通過，而且幾乎沒有做任合的修改。因爲在這個時代的中國，確實也是首次接觸到近代的內閣制度，因此很難對商毅制訂的這一套內閣制度說個一二三來。反正覺得差不多就行了。
當然和同時代的英國內閣、荷蘭執政相比，商毅制訂的這一套內閣制度也確實要成熟而完善得多，後來中華帝國的內閣制度也被許多歐州國家學習引用，在許多方面都開創了歷史的先河。畢竟在這個時代，近代的共和制、議會內閣制才都剛剛起步，自然還存在着許多的缺限，而商毅卻要多了三百六十多年的經驗，直接從後世的制度裡提取精華，當然大不相同。
而且這一點也讓後世許多研究商毅的歷史學家對商毅的才智驚歎不己，在十七世紀中期就能建立十分完善的議會制度和內閣制度，因此也有人稱商毅爲近代民主制度之父，當然同時也有不少感覺到匪夷所思，因爲商毅的思想也未免太超前了一點。僅僅用才智過人來解釋，很難說服得了人。
後人的煩惱商毅當然不會知道，不過內閣制度即然通過了國會的決意，那麼就要立刻施行，就在內閣制度通過的第二天，商毅也向國會提交了自已的第一個首相的人選，當然還是王夫之。
而這個提名也得到參、衆兩院的絕大多數贊同票。因爲在商毅未稱帝之前，王夫之就己經開始擔任商毅政權的內閣首輔，己有四五年的時間了，這麼多年以來，他的工作能力和工作成績也是有目共睹的，儘管沒有前方的將士，甚致是統戰部的李巖、堵胤錫那麼耀眼，但卻是一個不拆不扣的幕後英雄，一方面在主持着政權的正常政務運行，另一方面也盡力分配好各種資源，不僅要保證前線的供應，而且還要維持國計民生，確實非常不易，因此也可以說，中華帝國的建立，王夫之也是功不可沒，絕對可以排入前三位。
也正因爲如此，王夫之被商毅提名，被國會通過，當然也是順理成章的事情。於是王夫之也這樣出任了中華帝國的第一任內閣首相。
王夫之就職之後，也立刻開始了組閣。首先提名，由李巖出任副相，因爲兩人己經共事了多年，互相之間也十分熟悉了，當然是副相的不二人迭，而內閣的十四個部門，其實絕大多數都己經有了，因此對於這些部門的人選，王夫之並沒有進行變更，仍然繼續留任，原來內閣的另外兩名成員，李格非出任外事殖民部大臣，李鬆晨出任組織部大臣，也仍爲內閣大臣。
不過另一個新設立的部門國防部，這也是軍方參與國家政治的渠道。雖然說軍隊不應干涉國家政治，但國家的政治行爲也不可能完全離開得了軍隊，因此軍方通過正常的途徑，在內閣中佔有一席之地，在國家政治中也是非常重要的。其實也就相當於是明朝的兵部，不過明朝的兵部尚書，都是由文職官員出任，但按內閣的制度，國防部尚書必需是由現役軍人出任。
這也是商毅做出的一個重大改變，軍隊糸統的官員，必須由現役軍人來出任，專業人來幹專業人嘛，決不能再搞什麼文尊武卑，文官節制武將一類的制度。否則只會自我削弱軍隊的戰鬥力。
王夫之提名的國防部大臣的人選是周少桓，根據現役軍人來出任國防部大臣的原則, 只能從八大軍區的司令官中選擇,其實適合國防部大臣的人選有三個，分別是周少桓、成進、李定國。這三個人的資歷、軍銜、戰功都相差無幾，選誰都可以。
但現在成進是北京軍區司令官，付責北京安全、彈壓蒙古，而李定國是甘肅軍區司令官，不僅也有彈壓蒙古，同時還威攝西北的青海、新疆的任務，因此暫時都不能隨意調動，只有周少桓現在是山東軍區的司令官，他的防區沒有什厶事情，因此王夫之就選定了周少桓。
當然國防部成立之後，以前的統戰部也沒有取消，不過這屬於軍方系統的改制內容，因此先放一放。
很快，內閣的名單交到了商毅的手裡，商毅對此也並沒有異議，全部同意，當然對成進和李定國兩人，商毅也另有安排，因此帝國的第一屆內閣也順利的組閣成功，開始了工作。