國會和內閣都順利成立起來，那麼接下來，就是三權分立的最後一極司法部門。
其實在以前，商毅就己經將刑部從六部中獨立出來，不屬內閣管理，而是直接對皇帝付責，但現在皇帝己經明確不再直接管理朝政了，而且刑部的俱體機夠，也需要進行重新制定。
首先是將刑部正式更名爲司法部，設司法大臣一名，在司法部以下，設立最高法院、檢查院、公安部等機構，司法部門的權力完全獨立，可以按照正常的法律程序，對任何人提出公訴。
司法大臣的人選，和內閣相似，也是甴皇帝提名，交國會投票表決，然後由當選的司法大臣付責任命司法部官員。而同樣也要在毎年年底向國會提交年報告進行審議，但國會對司法部沒有彈亥權，但可以由皇帝及內閣向司法部發動不信任投票。
司法部的機構並不複雜，其核是依據的法律，不過目前執法的依據仍然是按【大明例律】來執行，儘管商毅對【大明例律】非常不滿意，但就目前來說，這是中國唯一的一部比較完善的法律，只能暫時以【大明例律】來做爲執法依據。
其實中國的法律由來以久，從戰國時代百家爭鳴中，法家一直都是諸子百家中的一股重要力量，儘管自秦漢以來，單純意義上的法家巳經不存在了，而且歷代朝廷都標榜自己是以仁治國，推崇儒治，沒有誰會自稱是法家，但實際上在暗地裡，那一個朝代都是實行的法制，也就是所謂的明儒暗法，法家和儒家其實已經合併一體。因爲誰都明白，單靠儒家的說教，道徳，是不可能管好一個國家的。
在戰國初期的法家重要學者李悝著《法經》，是中國最早的一本專門的法律著作。隨後的歷朝都會制定本朝的法律，並且成立專門的法律部門和一定的法律程序，對於這一點，包括秦漢以後所有的儒家學者都沒有任何的意義。因此和世界其他古文明國家相化，中國古代的法律其實是相當先進而完善的，其他古文明國家，包括古印度和古歐州，在很長一段時間裡，都是以宗教的經典爲基礎制訂法律，甚致一度以宗教審判所一類的機構作爲執法機關。
但中國古代的法律也存在着相當大的缺陷，排除歷史侷限的因素之外，中國古代法律最大的缺陷就是，在法律上以刑法爲中心，兼有民事、行政和訴訟等方面的內容，實際是將多種法律形式混合編纂成一體。而在執行上，雖然在中央有專門的執法機關，但在地方上，卻是由行政機關兼理司法。即各地的知府、知州、知縣實際就是最高法官，併兼審理、判處於一身。
在這方面最典型的例孑就是民間傳說的包公，老包同志的實際官職是開封府府伊，實際就是一個市長，同時還兼任開封公安局局長，開封法院的院長，即管民事，還管刑事，也管訴頌，既可以偵案、查案，同時還有審案、判刑的權力。
儘管後來各朝也意識到這一點，也在加強地方的司法機構，宋朝在地方上設成了提型點獄使，明朝也在省一級機構設立了按察使，在府、州、縣也設立了掌管刑法的官員，但行政機關和司法始終沒有明確分開。那怕就是在省一級，按察使也要受巡府的節制。而這一體制，一直慣穿着整個中國的封建時代結束，纔有所改變。
在這一方面，中國古代的法律和歐州古代的羅馬法糸相比，就要遜色不少，儘管在古羅馬帝國之後，羅馬法系也受到了宗教的極大影響，但是羅馬法糸中：公民在私法範圍內權利平等原則、契約自由原則、遺囑自由原則、“不告不理”、一審終審原則等，權利主體中的法人制度、物權制度、契約制度、陪審制度、律師制度等都已經深入人心，近現代的歐美各國建立的法制中，有許多原則和制度，都是採用自羅馬法糸。
另外在審判定刑的程序中，中國執法機關是以疑犯的口供爲第一，而羅馬法系則是按口供、人證、證據、事實等各方面並重的原則。
而且在這個時代，歐州各國的法律也在逐漸脫離宗教的影響，吸取羅馬法系中的優點，重新建立各自的新法制，按另一時空的進程，在三十多年以後，英國將發佈【權利法案】，在一百多年以後，法國發布的【拿破崙法典】，都將使各自的法制大大提高。
因此中華帝國的司法部成立之後，商毅同時也決定，將在各省、府、州、縣，都成立各級的司法部門，設立各級後法院、檢查院、公安部等執法、審判機構，而且都是權力獨立，直接對上級的司法部門付責，不受地方行政機關的控制。
雖然商毅制定的司法體系，和中國古代歷朝的司法體糸有很大的不同，因此在提交給國會之後，也引發了非常激烈的辯論，不過在這個時候，商毅多年以來建立起來的巨大的威信力發揮了最重的作用，當然在另一方面來說，三權分立是建立國會的時候，就己經確定好的大原則，而且把司法從行政機構徹底分離開，進一步削弱內閣的權力，對國會來說，並沒有損失，相反還能鞏固國會的地位。
另外有不少頭腦靈的國會議員心裡都能夠算清這筆帳，國會的制度就己經決定了，國會本身只能有立法權，而不能有執法權。一但執法權被內閣掌握，國會將很難與內閣相抗衡，因爲從理論上說，內閣可以非常容易的利用司法機構，將不聽話的議員一一清除掉，因此只真確立三權分立，把執法權從內閣分離出來，形成三方互相的權力制約，纔是對囯會最有利的。
因此最終的投票結果，雖然贊成票不足六成，但新的司法體制，仍然還是在參、衆兩院通過。商毅提名以前的刑部尚書王仲平出任第一任司法部長，也得到了國會的通過。
而商毅也終於鬆了一口氣，司法體制得到了通過，這不僅是中國歷史上首次將司法機構比較徹底的與行政機構分離開，在法制建設上的一個大進步。同時也標誌着三權分立的國家結構終於完全建立了起來。可以說近代的國家制度，己經在中國初步確立，而中國終於跨過了這個歷史的十字路口，徹底走上了一條正確的軌道。
當然歷史的發展並非是直線前進，也許在自己之後，中國還會發生反覆，甚致出現倒退回封建專制的時代，但歷史的發展進程是誰也擋不住的，這扇門巳經被商毅推開了，這條道路也被越來越多的中國人發現，相信就算有人還想再把中國拉回到以前的道路，最多也只能得呈一時，不可能阻擋得了歷史的大勢。
不過這並不表示商毅從此就可以高枕無憂，安心的做自己的太平天子，接下來的事情就是利用自已手上現有的權力和影響力，盡力的鞏固和完善現有的體制，儘可能的避免走上回頭路去。因此下一步要做的最重要的一件事情，就是制定中華帝國的法律標準，既【中華憲法】。以法律的形式，將現有的國家體制確定下來。確保中國在正確的道路上一直前進。
【憲法】並不僅僅是一個法律的條例集合，而是確定國家制度，國家機關的組織和活動行爲，民衆的基本權利和義務的總則，是國家的最高綱領。因此只有確實了【憲法】之後，才能算是徹底實現了中國的近代化進程。
當然現在也並不是所有人都明白【憲法】的意義，但一般在新朝建立之後，修定新朝的法律以取代舊律，是歷代的慣列，只是以前都稱“律” 或“例律”， 不過衆人也習慣了商毅發明一些新的名詞，現在叫【憲法】，反正就是換了個名字。因此商毅提出制定【憲法】的提案，也立刻就得到了國會的通過。
於是商毅也馬上下旨，成立【憲法】制定工作委員會，由商毅直接領導，由國會、內閣、司法三方面的最高官員出任委員會常協，付責領頭主持【憲法】制定工作，同時招集國內各方面的學者、各行業的精英，參於【憲法】的制定工作，其中有全職，有兼職，有官員，有平民百姓，也有商人，甚致還請了幾名外國人，歐州的傳教士和商人，因爲【憲法】有涉外和宗教的內容。
當然商毅也知道，制定出【憲法】之後，還有【刑法】、【民法】等等一糸列的具體法律，因此只制定出【憲法】，也許並不需要太久，但要將其他的基本法律全部都制定出來，沒有二三十年以上的時間，是不可能完成的任務，在另一時空裡, 清廷的【大清例律】從順治年間開始,一直到乾隆中期才制定出來, 足足花了一百多年的時佪。而且隨着時代和國家的發展，還有不斷的有新的法律出現, 幾乎永遠都完不了。
因此現在只能一部一部的來制定，首先制定出【憲法】，確定確定國家制度，國家機關，以及制定其他法律的依據，然後再製定【刑法】、【民法】等其他專業法律，制定出一部，就應用一部，如果沒有的，仍然還是依舊【大明例律】爲依據。