商毅是在二月十五曰到達了揚州、而這時局勢又出現了一個重大的變化。
原來清肅親王豪格渡過黃河之後，因爲立功心切，也不等多鐸的大軍到達，率軍直撲徐州，而徐州的守將李成棟毫不抵抗，就舉兵向豪格投降。於是清軍兵不血刃就取得了軍事重鎮徐州。
而李成棟是高傑手下的主要將領之一，他投降清軍，有很大程度也是因爲對明朝，對史可法的做法感到失望和寒心。在高傑死後，歸李成棟部下所管的兵力達到三萬餘人，他投降之後也使豪格的兵力大增，另外高傑餘部的其他將領李本深、胡茂禎等人見了也都有些蠢蠢欲動，軍心不安。
徐州是江淮的門戶，自古以未都是南北兵家的必爭立地，徐州一失，意味着江淮門戶大開，清軍可以東進淮安、中攻鳳陽，西取穎川，三路均可用兵。
這時己經駐兵在宿州的劉良佐得知李成棟投降豪格之後，不等清軍攻來，立刻放棄宿州南逃，狂奔三百餘里，一直逃到了壽州纔算收住腳。
而這時史可法早己經亂了方寸，現在唯一的指望就是商毅儘快領兵來揚州支援。因此商毅到達揚州之後，史可法也親自帶領着揚州的官員出城來迎接，兩人見面之後，史可法也不禁放聲大哭起來，道：“以恆，我大明三百年豢養士民，不意竟會到這一天。”
商毅也只好安慰他道：“督師不必如此，只要有我商家軍的一兵一卒在，斷不會讓清虜渡過長江，必然力保半壁江山，請督師儘管放心。”
聽了商毅的話之後，史可法也稍稍有些安心，趕忙道：“這裡不是說話的地方，請以恆進城稍做休息，我己爲以恆準備了接風宴席。”
商毅點點頭，也下令將人駐紮在城外，自己帶着一個偵察營進城。所有的客套都結束之後，商毅和史可法也立刻開始研究抵抗清軍的戰術安排。
現在清軍己經佔領了徐州，進軍的路線也有多種選擇，因此首先就要弄清楚清軍進軍的方向，才能進行有針對性的防禦佈置。不過在商毅看來，清軍多半是會沿黃河南下，進攻淮安府的路線。
因爲在鳳陽、廬州一線還有劉良佐和黃得功兩鎮人馬駐守，合計兵力超過十萬，從這一線進軍，也未必可以輕易取勝。而淮安府本是高傑的防區，現在高傑己死，李成棟己降清軍，這一線的防守兵力大減，而且還可以利用李成棟，繼續招降高傑的餘部。因此這纔是清軍最佳的進軍方案。
而這時高傑餘部李本深和胡茂禎保着高傑的遺孀幼子駐守在淮安府，大約還有兩萬人馬，其餘人馬分佈駐守在睢寧、宿遷等地。但現在這些人馬的意向都讓人難以預料，也不能予重任。因此商毅也向史可法建議，將李本深和胡茂禎調到其他地方駐守，由自己領軍馬進駐淮安府，迎戰清軍。如果清軍不走這一條路，而是改攻鳳陽，那麼自己就率軍北上，直搗徐州，迫使豪格撤軍。
史可法也認爲商毅的意見可行，因此下令李本深，率軍移居揚州府治內的高郵州，由商毅率軍進駐淮安府。另外又下令劉良佐進駐鳳陽、黃得功進駐泗州，以防清軍從另一路進攻。
同時商毅又向史可法要求，第二批過江的商家軍第三師將分兵兩部，一部駐守揚州，做爲接應人馬，另一部駐紮江南常州，接應浙江運用的物資，並且讓商家軍的海軍的戰艦在揚州江邊停泊，另外還要在揚州爲商家軍安排倉庫，存放物資。史可法對商毅的這些要求也沒有異議，全都一一照辦。
隨後商毅又在揚州休息了一天，第二天率軍出發，進駐淮安府。而史可法也親自陪同商毅一起前往。
那知到了淮安府之後，守軍竟然四門緊閉，不讓商家軍進城。原來這時李成棟派人來給李本深和胡茂禎下書,勸他們投降清廷，李本深和胡茂禎，包括高傑的遺霜邢氏等人接信之後，到是都有些動心，因爲他們現在對明朝基本不保什麼信心了，而對史可法同樣也心灰意冷，但就在這時，他們得知商家軍己經渡江北上，進駐揚州，又有些猶豫不定起來。
因爲商家軍這段時間己來，在山東取的戰績他們也都是清楚的，而且在南京的時候，高傑可是在商家軍手上吃了個虧，高傑的部下對商家軍也悸殫三分。清廷畢竟是異族人，不是到了沒有辦法的時候，其實大多數人還是不願投降清廷的。萬一這次商家軍真把清軍給擊敗了呢？
但接到了史可法讓他們移居高郵，把淮安交給商毅駐守的命令之後，李本深、胡茂禎等人又怕史可法會不會是想借機分化自己，或者是李成棟寫信來勸降的事情敗露了，史可法是帶着商家軍是來淮安剿滅自己，因此淮安城中人心惶惶，而李本深、胡茂禎、邢氏等人也都連日商議對策。
那知商家軍進軍迅速，還沒等他們商量出一個結果來，就己經到達了淮安城下，而李本深、胡茂禎等人也不由緊張起來，李本深趕忙下令將淮安城四門緊閉，不放商家軍的人馬進城。
商毅當然知道，在另一時空裡，李本深、胡茂禎包括邢氏最後都投降了清廷，現在看來，這夥人確實靠不住，而且時間也不容耽擱，因此也立刻下令，將火炮推出，準備炮轟淮安,展開強攻。
史可法趕忙攔住商毅，道：“以恆，不可魯莽，高傑剛死不久，他的部下軍心不穩，心懷疑惑，也是正常，只能加以勸慰，開導更是了，如果以武力相攻，弄不好還會拒他們逼反，眼看着清軍逼近，我們切不互相火拼消耗。”
商毅對史可法的說法其實是很不以爲然的，史可法督師江北近一年，難有大成就的一個重要原因就是太依賴原明的官軍了，而且對他們是一味的估息遷就，從沒想過自己建立一支新軍，來牽制拘速他們，結果只能不斷縱容助長了江北四鎮的脾氣，而事實卻證明，現在明朝的官軍己經爛到了根子，根本指望不上,按照商毅的意思，就應該狠狠教訓他們一頓，讓他們知道自己和史可法不一樣，沒有史可法那麼好說話。
因此商毅道：“督師，軍情火急，己容慢愎勸慰開導，只怕不等他們想通，清虜的大軍己經攻到了淮安城下了。”
史可法道：“以恆，你不要着急，先在淮安城下紮下營寨，等我只身進城去勸說李本深、胡茂禎等人，一定能夠說服他們開門放行的。”
史可法都這樣說來，商毅也不能不給史可法這個面子，畢竟史可法隻身進城，也冒着很大的風險的，因此道：“那麼就辛苦督師了。不過今天必須要進城駐軍，天黑之前，督師若是不能說服李本深、胡茂禎等人開城放行，我就攻城而入，區區一座小小的淮安城，還不在我商毅的眼裡。”
史可法聽了，也苦笑了一聲，果然連一個從人也不帶，隻身來到了淮安城下，叫開城門，進城去勸說李本深、胡茂禎等人。而商毅也下令，依然將所有火炮都在城外列開，商家軍的一個師配有二百門以上的各種火炮，其中重中型約佔一半，這時在淮安城前一字排開，將炮口對準了淮安的城牆，給城裡的人增加壓力，也是加強史可法的勸說力度。
不過並沒有讓商毅等到天黑，不到一個時辰，淮安城的城門大開，李本深、胡茂禎跟着史可法一起出城來迎接商毅的大軍進城。
不過看到了商家軍在城外排開的火炮，李本深、胡茂禎等人的臉色也都有一些不大自然。但還是和史可法來到了商毅的面前，施禮參拜，說自己是爲了防備清軍進攻，纔不得不關閉城門，請商毅見諒。
雖然明知兩人說的是瞎話，但商毅也不會戳穿，相反還誇了兩人幾句，說了幾句在非常時期，理當如此之類的話。同時也下令，帶一個團和一個偵察營進城，其餘人馬都在城外駐紮，當然也立刻接管城門的控制權。同時在城裡也嚴加守衛，以防李本深、胡茂禎等人有詐。
不過有史可法從中調停，又在商家軍的兵勢壓迫下，李本深、胡茂禎等人到也不敢亂來，只用了兩天時間，他們就和商毅辦理好了各頂交接手續，然後帶領着人馬，連同邢氏、高傑的幼子一起，離開了淮安，到高郵去駐紮。而史可法仍然不放心，跟着他們一起回到高郵，一直到把高傑的餘部都安頓好了之後，史可法這才返回到揚州。
而這時在鳳陽那邊，劉良佐和黃得功見這次史可法把商家軍請過江來了，到也有了一點信心，他們對啇家軍的戰鬥力還是有體會的,因此兩人也各自帶領着人馬，分別進駐鳳陽和泗州，守住了揚州西面，這也讓史可法放心了不少。而這時商家軍第三師的人馬也渡過了長江，來到了揚州，史可法趕忙又給他們安排駐紮的位置，同時也準備倉庫，存放物資。