目前商家軍己經發展到了師一級的編制，一個標準師下管轄着三個團。商家軍的第一師和第二師都己經樹旗成立，一個留守在浙江，另一個駐守在登州。
因爲在以後師將成爲商家軍的主要作戰單位，因此必須對每個師的兵力結成，做一些調整，使其配置更爲合珵，充份的發揮戰鬥力。商毅也作出決定，將每個每的三個團分爲兩個主戰團和一個輔助團。
主戰團將全由火槍兵組成，並將逐步淘態火繩槍，全部都使用燧發槍，同時毎個團還配備六十門中小型野戰火炮，中型和小型火炮的比例爲一比二，毎個營十五門，以加強作戰火力。
而輔助團裡又分兩個後勤營，和二個火炮營，毎一個後勤營將配有三百輛車，三百匹馬驢，不僅責任運送全軍的糧食，還要保障充足的彈藥供應。而火炮營將配備四十到六十門火炮不等，將以中型火炮爲主，並輔以少量的重型火炮，中型火炮和重型火炮的比例也三比一，另外還配三十到五十架管風琴槍車，在戰鬥中爲主戰團提供火力支援，在暫時不給輔助團配置火槍，但等以後軍工發展了，輔助團也將都配上火槍，因此還兼有預備隊的作用。
每個師的兵力配置就是這樣，至於其他偵察兵、騎兵，在一般情況下，都不配備，而是在戰前，從其他隊伍中抽調搭配。同時商毅還發送一份配置標準到登州，讓二師的師長周少桓，也按照這個標準，來組建第二師。
接着商毅又下令，命六團去替換守衛蘇州的第五團，把五團調回杭州，並以四團、五團這兩個團爲核心，組建商家軍的第三師和第四師。力爭在今年內，浙江地區的三個師都將整編齊全。
因爲這次北京之行還得到了不少馬匹, 因此商毅也決定，從中選出一批充當戰馬，將騎兵團擴大升級爲騎兵旅，仍然由楊武丞擔任旅長。而偵察兵團不變，原來的兩名團長，周琦和吳漢生各有新的安排了，因此偵察團的團長就由段鵬擔任，商毅的衛隊另選其他人。
同時商毅也對軍隊的制服也進行重新設計，步軍的軍服還是墨綠色，而騎軍爲紅色，海軍爲深藍色。
在士兵的裝配上，一個標準步兵的武器是一支帶刺刀的火槍，兩到四顆拉弦式手榴彈和六十發定裝子彈，手榴彈和子彈都用一個防水的牛皮包裝好。
而騎軍分爲輕騎兵和重騎兵兩種，不過商家軍的重騎兵和傳統的重騎兵慨念不同，所穿的盔甲和輕騎兵差不多，只是胸甲略厚一些，戰馬也只是在頭部，頸部，正面裝上鐵甲，實際上重騎兵同樣據有很強的機動性和速度。而輕騎兵和重騎兵的武器配置，都有一支帶護手盤的長矛，一把馬刀，一柄單刀。另外輕騎兵還會配五把短柄飛斧。而下一步，商毅還打算給騎兵配上短管火槍。
只有海軍的裝配最簡單，海軍分爲士兵和水手兩類，水手付責操作戰船以及火炮，因此都不配盔甲和火槍，所用的武器也只是短刀或水手斧，而士兵則付責海戰中的接舷戰，或者是登陸作戰，也和步軍一樣，裝配護甲和火槍，但一般情況下不配手榴彈。
而這一次軍隊的重點調整是在海軍，商家軍的海軍成立己有大半年時間，既使不算西班牙僱傭海軍，總人數己達到五千五百多人，其中基地成員爲一千二百多人。目前己經擁有各種船隻一百八十餘艘，包括西式戰船有五十二艘。論規模己不算小了，但因爲海軍一直都處於草創和訓練階段，因此暫時還對海軍進行分類整編，各艘戰船也沒有命名。而現在海軍雖然還沒有進行過一次戰鬥，但也出航參加過幾次任務，也應該正式整編。
商毅首先把海軍的船隻進行分類，大致分爲主力戰船、鋪助戰船、運輸船、哨船四個大類。所有的西式戰戰船全都劃歸爲主力戰船；鋪助戰船包括有兩艘一千料福船，六艘六百料福船和六艘四百料福船、二十二艘蒼山船、十八艘艟矯船；運輸船有五十五艘，全是褔船；哨船有十八條，包括十二艘開浪船和八艘飛剪船。
同時又把主力戰船分爲五個等級，兩千五百料以上爲一級；兩千料至兩千五百料爲二級，一千五百料至兩千料爲三級，一千料至一千五百料爲四級；一千料以下爲五級。一級和二級都稱爲戰列艦，三級稱爲巡洋艦，四級稱爲驅逐艦，五級稱爲護衛艦。這個分類也是大體參考稍後一些時間，英國對戰艦分類的標準。毎艘船設船長一名，大副一名，其餘職位根據各船的大小不等，各自不同。
戰船的名稱，商毅決定一級戰列艦以中國古代名將的名字來命名，二級戰列艦，以中國神話中的神獸命名，而現在商家軍的一級戰列艦還沒有，二級戰列艦也只有“銀河”號一艘，也就不改名了，等以前造出了新的戰列艦，再按這個標準命名。
三級巡洋艦也是以後重點發展的類型，以後也會是數量最多的一種戰艦，因此就以天罡地煞星來命名，不過現在商家軍只有六艘巡洋艦，分別命名爲：天魁號、天罡號、天機號、天閒號、天勇號、天雄號。
四級驅逐艦目前有二十八艘，正好就用二十八星宿的名字來命名，五級護衛艦有十八艘，則全部用浙江地區的地名來命名。其他輔助戰船都是褔船，因此也以“福”字號來命名。
不過目前商家軍的海軍的主力戰船雖然不算少，但從結成上來說，目前商家軍的搭配並不合理，中小型主力戰艦偏多，而大中型戰艦偏少，合理的戰艦搭配應是以第三級巡洋艦爲主，然後向兩頭逐次減少，因此在以後要逐漸改善這個結構。
然後商毅又將目前的海軍分爲五個分艦隊，毎個分艦隊只有主力戰船和鋪助戰船，數量在二十艘到二十五艘不等，設旗艦一艘、第二旗艦一艘，旗艦艦長同時也兼任分艦隊艦長。而運輸船和哨船則根據戰場的需求，臨時分派給各支分艦隊。
因爲在這個時候的海戰通迅不便，無論是多麼訓練有訓的海軍，靠一艘旗艦根本不可能指揮得了百艘以上的戰船，因此將一支船隊分散爲若干支二十艘左右的分艦隊，實行層層指揮，纔是最好的辦法。
另外商毅還得到了一個好消息，自己建造的兩千料福船，己經在造船廠裡下水試航成功，可以服役使用。而且在造船廠的主體結構都己經完成，開出了大小十個船塢，並且又有兩艘二千料福船，六艘一千料西式帆船在建，預計在九十月份，造船廠建造的第二批船隻也可以投入使用了。並且還將再開挖三到五個船塢。眀年將達到年產船隻二十條以上。
而在另一邊，兵工廠也全面完工，開始全面投入生產，目前己經生產了火槍三千餘枝，其中線膛槍六十支，各種火炮五百多門，其中重型火炮爲一百五十多門，包括二十門山寨版的拿破倫炮。並且還製造出三十架管風琴槍。
商毅從北京帶回的工匠中，絕大部份都是槍炮製造工匠和木匠，因此兵工廠加入了一千多人，而造船廠裡也增加了六百餘人，也能夠大大提高產量。
同時商毅也對火炮、火槍的名稱進行了統一的規定，火炮的標準命名將以口徑、重量、材質、用途等特性來定。什麼紅夷大炮、佛朗機炮這類只能算是火炮的外號或是愛稱，而正式文件中，都必須使用標準命名。
火炮的重量等級以八百斤以上爲重型，三百至八百斤爲中型，三百斤以下爲輕型。材質則分爲鑄鐵、青銅、銅、鋼等，而用途又分爲野戰炮、榴彈炮、迫擊炮、臼炮、艦載炮、要塞炮等等。這樣山寨版的拿破倫炮的標準名稱就是三寸六分口徑重型青銅野戰炮。這樣的名稱，也使人對火炮的性質一目瞭然，減少了許多不必要的誤會和麻煩。
目前商家軍火槍的種類不多，火繩槍己全面停產，主要生產的是前裝滑膛燧發槍，和前裝線膛燧發槍兩種。統稱爲步槍，而以後還是和後世一樣，用數字編號來命名。
而商毅又給兵工廠的研究部下達了三個新的研究課題，地雷、水雷和騎軍用的手槍。同時還要新建一個車輛廠，準備生產各種軍用民用車輛。
這些事情一一處理完之後，商毅這才鬆了一口氣，而時間也到了五月底。
就在六月一日這一天，商毅收到了登州的周少桓發回杭州的消息，原來李自成敗亡逃離北京之後，各地原以歸順李自成的明朝官員都紛紛反正，山東德州鄉紳原御史趙繼鼎、主事程先貞、大學士謝升之弟生員謝陛等人發動起事，推舉明宗室慶藩奉國中尉朱帥爲盟主，假稱濟王，號召遠近。山東和北直隸的許多地方官紳羣起響應，不到一個月的時間就佔領了山東、河北的數十個州縣，一時也是聲勢浩大。並且也派人到登州來招周少桓入夥。同時一些地方勢力也紛紛聚衆起事，割據一地，搶奪城池。如靈山衛的張大雅、張千出、韓繼本，高密縣的單之賞、張宇等。
而清軍攻在北京之後，一面追擊大順軍，一面也先後派前明降臣方大猷、王鰲永爲使，招撫山東地區，但都沒有結果，也在計劃出兵進攻山東之地。
因此周少桓在信中建議，現在沒有必要只守在登州府一地，可以趁着山東地區混亂局面，先出兵佔領萊州和青州，以商家軍在這一帶的基礎，應該不會有什麼困難。這樣一來，日後和清軍做戰，迴旋的餘地也大一些。
商毅正要寫信回覆周少桓，而這時海邊的張庚秋忽然回到了杭州，告訴商毅，西班牙軍隊又派出了一支艦隊，進攻中國。