趕來救援的是商毅的兩個警衛連，一共有四百多人，他們一直守在皇宮的承天門外，剛纔趁着太和殿裡一片混亂的時候，商毅派吳亮偷偷溜出了大殿，點燃了信號彈，招喚他們進入皇宮來，然後自己在午門附近等着他們進來，。正因爲有這一支援軍在皇宮外面，商毅纔敢在太和殿內死守。
在外面等候着的兩個警衛連是由安徳烈指揮，一見宮中發出了煙花信號，知道商毅遇到了危險，立刻帶領着士兵們殺入皇宮，從承天門到午門的一路上到是通行無阻，但在進入午門的時候，卻遇到了阻擊，而阻擊他們的，同樣一羣黑衣人，不過裡面還夾雜着一些宮中的衛士。
但商家軍可不管那個，因爲在他們心裡，商毅纔是高於一切的，雖然進攻皇宮，讓中國的士兵也許還有一點小猶豫，但黑人士兵可就一點顧忌也沒有，中國的皇宮對他們並沒有什麼特殊意義，在他們心裡，商毅把他們從奴隸變成了正常人，因此全部都是從心裡感激商毅，而且只有在商毅的手下，他們才能夠有做人的尊嚴和自由，一但離開商毅，他們將再度淪爲奴隸，甚致根本就無法在中國生存下去，因此無論是誰擋在自己面前，都會毫不客氣的舉起手中的步槍，向擋在自己面前的人開槍射擊。
守在午門的黑衣人並不多，一共只有五六十人，根本架不住商家軍的這一陣步槍齊射，很快就被打散了，安德烈也帶着商家軍，衝過了午門，殺進了皇宮裡。然後和在這裡暗中等待着他們的吳亮碰頭，由吳亮帶領着，向太和殿的方向殺過來。
這時圍攻太和殿的那批黑衣人也發現了商毅的援軍殺進了午門，其實直到現在，他們還是沒有弄清楚，守在太和殿裡的商家軍，到底有多少人。按爲首的周護法估計，至少應該有二十人吧。但現在自己己陷入了被商家軍前後夾擊之中，因此史護法只得下令，暫時撤退。
於是在這批黑衣人撤退了之後，安德烈和吳亮也帶領着警衛連，衝進了太和殿。
見自己的衛隊終了趕到了,商毅也不禁心中大定,有了這四百多人，四百多杆槍，就算是再多的敵人，也可以抵擋一陣了，這才都從金階上下來。然後揭開幾個死去的黑衣人的頭罩，果然不是光頭就是梳着辮子。
史可法和吳甡也都有些詫異，道：“他們都是滿人？。”
商毅也點了點頭，但沒有說話。看來夕顏和清朝的細作人員的這一次行動，是策劃己許久的。單從混入皇宮的人數來看，這個規模絕不是小數，而且剛纔那批黑衣人只是撤退，肯定還留在皇宮裡，因此還要儘快採取行動，把他們消除乾淨才行。
這時在太和殿裡的其他文武大臣們還有宮女、太監和少量的護衛也都鬆了一口氣，至少商毅還是可靠的。在剛纔戰鬥的時候，衆人都本能的躲到了太和殿的兩側，而黑衣人也只顧着進攻金階，並沒有顧及到他們，因此大臣、太監、宮女、護衛都沒有受到什麼傷亡，只是受手榴彈爆炸的殘片波及，有十幾個人受了傷，但傷勢都不重，這時見黑衣人都撤了，商家軍控制了太和殿，這才紛紛都從角落裡出來，圍着商毅問長問短。也有人向史可法和吳甡詢問，該怎麼辦？
商毅道：“各位大人，現在不是詳細解釋的時候，但剛纔發生事情大家也都看到了，淑妃是清虜派到宮來的奸細，而且她還在宮裡暗中隱藏了一批清虜的細作人員，在剛纔的宴會上害死了皇帝。現在恐怕有很多清虜的細作人員混進了皇宮裡，也許還有混入南京城裡的人。”
衆大臣聽商毅這麼一說，雖然還有細節還不淸楚，但大體也確實是這麼一回事，因爲剛纔衆人也都聽夕顏一夥人自己承認了是清廷的奸細，而且地上躺着的幾個人也都留着清人的標誌性的辮子，這一點基本是不容懷疑，致於其他的事情，現在也確實不是刨根問底的時候。
於是也有人問道：“商督師，那麼我下一步該怎麼辦？”
商毅道：“皇上架崩的消息暫時不宜公佈，而且現在皇宮裡也不知有多少細作，剛纔鬧得那麼大的動靜，也沒有見衛兵趕來，這也說明，他們來得一定不少，因此大家暫時不要離開太和殿，我調來人馬，先控制住整個皇宮，把清廷的奸細都一網打盡，然後再作處理。諸位看怎麼樣？”
雖然商毅是用商量的口氣在向衆大臣詢問，但現在誰都清楚，整個太和殿都己在商毅的控制之中，甚致說整個南京也都被商家軍接管了，他想怎麼樣做，誰也阻欄不了，何況現在衆大臣的頭腦裡都是一片空白，誰也拿不出一個辦法來，因此也只能聽商毅的。
於是商毅也立刻下令，讓安徳烈帶領着第二警衛連在太和殿外布守，第一警衛連抽出三個排，每個排找兩個宮中待衛帶路，在皇宮裡搜找淸廷細作的位置，同時又命吳亮帶一個排立刻出宮，到鐘鼓樓去找在那裡駐守的段鵬，立刻把特種旅帶到皇宮裡來。
安派完這些事情之後，商毅才又命太監把太和殿裡的屍體收拾一下，並扯下紗簾蒙好，而朱由崧的屍體，先暫時用幾張桌子拼戌一大臺放置，也用一塊幕簾給蒙上。同時又把倒了桌椅都扶起來，讓衆大臣就坐。等待着商家軍的大隊人馬趕到皇宮來。
而還沒等這些事情做完，在太和殿外，有一個警衛排己經回報，說着清廷的細作又殺回來了，而在大殿裡，不少官員又慌了起來，有些宮女甚致都嚇哭了。商毅對史可法和吳甡道：“兩位閣老，這裡面就交給你們照看，我出去指揮。”
史可法也點了點頭，道：“你放心吧，這裡面就交給我們了。”
商毅出了太和殿，雖然除夕之夜沒有月光，但今晚天氣睛好，星光也十分明亮，基本可以看得清楚，只見在殿前的廣場，人影密佈，至少也有四五百號人。商毅也不禁有些吃驚，想不到清廷竟然混進來了這麼多的人。
原來早在十月的時候，清廷就想盡各種辦法，向南京滲透細作人員，前前後後總共派出了有近千人。按說這麼多人潛入南京，不可能一點蛛絲馬跡都沒有留下，就算東林黨無能，但玄皇教總能發現一點什麼，只是當時整個南京都陷入東林黨的內鬥之中，就連玄皇教也被牽到大量的精力，因此除了玄皇教發現紫明樓這個據點以外，對於其他的情況幾乎一無所知。
等商家軍進南京之後，淸廷的潛入人員己經隱藏好了，只等着行動的時機。而且在商家軍抄了紫明樓之後，商毅也以爲將清廷的細作基本清除，因此也放鬆了追查，當然這也和阿濟格的大軍到達了南京城外，商毅的主要精力投入到軍事方面也有關。
這時夕顏進宮也有一年多的時間了，因爲她很受朱由崧的寵爰，加上又有玄皇教的扶持，因此她在皇宮裡面，也建立起自己的勢力範圍，藉着這個有利的條件，夕顏也幫助相當一部份清廷的細作人員，以太監、待衛的身份作掩護，潛入皇宮裡隱藏。
同時夕顏也對皇宮內部的佈防情況瞭如指掌，在她的指點下，今天晚上，清廷潛入南京的所人人員裡應外合，全面行動。由夕顏和楊護法在內，不動聲色的殺死朱由崧，引發局面大亂，而外圍由周護法指揮，首先控制住午門，然後分頭行動，將皇宮的待衛首領全部暗殺，其他待衛也都繳械關押，因此儘管在太和殿上打得十分熱鬧，但卻沒有待衛趕來支援。
而且在皇宮中殺死商毅，也是今晚行動的一個重要目標之一，因爲只有在今天晚上的除夕夜宴，商毅纔會脫離商家軍的保護，也是他防護力最爲薄弱的時候，正是殺他的最好機會。當然朱師成也是另一個重要目標，不過這也是夕顏和清廷合作的條件。
雖然在宴會上戌功的擊殺了朱師成，但誰也沒有想到，商毅一直小心防範，而且他全身的武裝也太過厲害，在外面的人員還沒有到達之前，夕顏和楊護法等人竟被他輕易殺死，而且等周護法帶人進攻太和殿，也被商毅牢牢擋住，一直堅守到援軍趕來。
不過雖然己經連續錯過了幾次下手的機會，但現在商毅仍然還在皇宮裡，任務也就沒有完全失敗，剛纔進攻太和殿的清軍撤退，也並不是放棄了，周護法帶人暫時撤離了太和殿之後，立刻派人從皇宮各外調集人手，聚集了五六百人，再次來攻打太和殿，同時這一次周護法也下定決心，一定要不昔代價，將商毅殺死在太和殿裡。因此也立刻下令,再一次向太和殿發動進攻。