葉瑤瑱和葉星士一行是在初四日的上午從金川門上船離開南京，於初五下午在蘇州靠岸，這裡己經是商家軍的實際控制區了。（)不過葉瑤瑱不想聲張，因此一切的事情都有葉星士出面打點。
當然在商毅的實際控制區內，葉星士基本就等於太上皇一樣的存在，蘇州的地方官員對他也是畢恭畢敬，有求必應。立刻安排好了住宿的地方，同時在第二天一早，己經準備好了車馬，讓他們能夠極時離開，返回杭州。
因爲是在商毅的地盤內，治安良好，而且蘇州、杭州之間也有新修的道路連通，因此一路上也十分順利，在初七下午，葉瑤瑱和葉星士一行終於到達杭州。
這時留守在杭州的陳圓圓、林鳳舞、亞莉桑徳拉和朱媺娖等人在初三就己經收到了商毅的飛鴿傳信，知道葉星士和葉瑤瑱都在南京，因此也並沒有太擔心，只是對外依然宣稱葉瑤瑱在養病，盡力隱瞞葉瑤瑱不在杭州的事實。好在是葉瑤瑱離開的時間並不長，到現在還沒有引起別人的懷疑。
當然這次南京發生的事情是不會公開的，因此葉瑤瑱也找了一個藉口，只說是商毅在南京病了，自己放心不下，才親自趕去南京，又因爲怕把病情公開，影響軍心士氣，纔沒有告訴其他人，不過現在商毅己經全愈如初，讓她們不要擔心。同時葉瑤瑱也向大家道歉，自責自己的行爲太魯莽了。
這個解釋也比較合理，而且知道商毅己經平安無事，陳圓圓、林鳳舞、亞莉桑徳拉和朱媺娖等人也就放心了，對其他的事情到也不怎麼在意了。現在葉瑤瑱也順利回來，也不用再廢心思幫她隱瞞裝病，了了一件大事，因此衆人也都十分高興，當然也問了一些前線的戰事。這方面葉瑤瑱對她們到是沒有隱瞞，據實告訴她們，南京己經失守，但商毅依然還在南京堅守，不過很快就會放棄南京，轉回到浙江來，繼續與清軍作戰。
衆夫人聽完了葉瑤瑱的講說之後，到並不太擔心，因爲她們在商毅身邊的時間都不少了，多少對打仗的事情也懂一點，知道商家軍在長江上有絕對的優勢，可以隨時通過長江撤回浙江來。致於在浙江抵抗清軍，她們對商毅還是比較有信心的。只有朱媺娖一個人，除了聽到商毅平安的消息之後，露了一會兒笑容，但馬上又恢復成一付鬱鬱不樂的樣子。
她的樣子葉瑤瑱自然都看來眼裡，同時也清楚朱媺娖的心裡，雖然住進府裡之後，朱媺娖到是把自己公主的身份徹底放下，而且對其他幾位夫人也都十分謙恭溫順，平時也盡力和其他人接交。因爲在商毅家裡她的年齡最小，又不以公主自居，因此衆人之間的關係相處也十分融洽。但朱媺娖畢竟還是明朝的公主，對南京的命運也比其他人關注得多，知道南京失守，朱由崧身死的消息之後，朱媺娖的心裡自然也不好受。
葉瑤瑱輕輕嘆了一口氣，她當然知道商毅的打算，如果能夠打敗清軍，商毅肯定會自立稱帝，如果失敗，則會舉家逃往臺灣，因此明朝註定是不能復興的。只不過現在還不能把商毅的打算告訴朱媺娖，只能讓她慢慢的接受這個事實吧。於是葉瑤瑱道：“媺娖，南京弄成這個樣孑，也是沒有辦法的事情，你應該知道，相公巳經盡了自己最大的努力了。但許多事情，不是相公一個人能夠改變的。”
這一點朱媺娖到是承認的，這幾個月以來南京發生的事情她也知道得十分清楚，商毅確實是盡了自己的全力，事實上如果沒有商毅，恐怕在清軍第一次南征的時侯，南京就己經完了，因此她也點了點頭，道：“姐姐，我知道的，南京弄成這個樣子，都是東林的官員們造成的。只是相公下一步有什麼打算呢？大明還有希望嗎？”
葉瑤瑱搖了搖頭，道：“相公下一步目標首先是要保住浙江，保護我們，還有浙江百姓的安全，現在相公依然還在南京駐守，也是爲了這個目標，致於大明還能不能復興，我也無法回答你呀，也只能說是盡人事，聽天命吧，如果大明真的氣數已盡，那也是沒有別法子的事情，因此你也看開一些吧。”
頓了一頓，葉瑤瑱又道：“好了，這幾天有勞姐妹們幫我掩蓋了，明天我就可以宣佈病癒復出理事了。大家都休息了吧。” 轉頭又對吳蘭道：“蘭兒，你派人通知給行政部和統戰部，我明天就要理事了，然後把我不在的這幾天的所有的公文都拿到內宅來，今晚我要仔細的看看。”
第二天一早，葉瑤瑱也來到外堂，開始正式的理事。而周世奇、王夫之、李巖、李鬆晨等幾個主要的付責人也都鬆了一口氣，因此雖然這幾天的時間並沒有發生什麼大事情，但沒有一個掌舵人在，每一個人心裡多少也都有些不安。而葉瑤瑱終於復出了，也就不用再擔心了。不過他們到是沒有懷疑葉瑤瑱的病情，畢竟生病是誰都避免不了的事情。
亍是衆人首先向葉瑤瑱問候一下病情，然後各自彙報這幾天時間裡各自部門的事情。這些事情在昨天晚上，葉瑤瑱都巳經看過了，也沒有什麼問題，因爲這次自己中斷的時間並不長，因此又讚揚了衆人幾句。然後話題很快就扯到目前的事情上來，畢竟這是當前的首要大事。而且商毅準備從南京撤離的計劃，也發回到了杭州，他們幾個人都己經知道，也就是說，浙江的準備時間，不會超過二十天。
葉瑤瑱道：“李先生，現在在浙江還有多少兵力可以調用。”
李巖忙道：“現在新編了二個師，兩個旅，共計兵力有三萬五千人，但幾乎全是新軍，經驗不足，武器也不全，因此戰鬥力恐怕難以和現在的部隊相比，而且各級的軍官也不全，另外還有五個預備旅，也計有三萬五千人。”
葉瑤瑱點了點頭，道：“經驗不足到也不用太在意，因爲我們的主力部隊都在南京一線，等督師大人撤軍回來以後，自然就可以彌補了。”
李巖道：“夫人所言及是，不過在下到是有一個擔心，現在廣德州一線有成將軍駐守，而且清軍的兵力也不多，到是不用太過擔心，到是鎮江、常州一線的防守十分空虛，雖然說有南京爲屏障，但萬一清軍分兵襲取鎮江，恐怕蘇州危矣，因此在下以爲，應該派遣兵力，進駐鎮江駐守，以防萬一。”
周世奇道：“但鎮江、常州都不是我們的地方，現在由鄭鴻逵駐實，督師一直在避免和鄭芝龍起衝突，因此我們冒然派兵去駐守，只怕是不妥吧。”
李巖搖了搖頭，道：“事急從權，也管不了那麼許多，一切都以保衛浙江爲先。以鄭鴻逵的兵力，只怕是清軍攻過來，他根本就難以守住鎮江。” 頓了一頓，又道：“如果實在不能駐守鎮江、常州，我看不如把人馬駐守在無錫和江陰兩處，這裡依太湖，畔長江，又有運河爲屏，只要在太湖中留駐一支水軍，清軍決無可能繞過。而且都在我們的實際控制以內。應該是可以的。”
葉瑤瑱看了看地圖，也點了點頭，道：“我看這樣可以，李先生先安排吧，不過我只是擔心，我們現在只有新兵，武器也不全，能夠守得住嗎？”
李巖道：“這一點夫人到是不用擔心，武器不全，我們可以先把所有武器都集中起來，給一個師或一個旅使用，而且現在也不過是權宜之計，一但督師回軍之後，就馬上可以由正式的部隊頂上去了。”
葉瑤瑱也點了點頭，道：“那就這樣吧，我會馬上派人傳信給督師，讓他來決定。就算是要駐守鎮江或常州，也可以立刻前往。”又轉頭問周世奇，道：“周伯伯，清軍馬上就要打過來了，我們浙江這一帶的糧草物資準備怎麼樣了。”
周世奇笑道：“這一點儘管放心吧，現在我們浙江的糧草物資都十分豐富，要多少有多少，僅僅只是糧食，就是足夠支持五年時間了。”
葉瑤瑱又點了點頭，又道：“南京那邊還有十餘萬居民，都要遷移到浙江來安居，現在南京的船隻不足，我們這也再調集一批派過去，早些把難民運完，這樣督師那邊也好從南京脫身。另外遷移過來的難民，也都要好好安置，分配田地農具耕牛，春耕馬上就要開始了？”
周世奇也點了點頭，道：“我己經命蘇州、揚州兩地的官員準備籌集船隻，明天就會先送兩百條船去南京。還有這一次的難民，我打算都安置在揚州府，因爲前幾次的難民都安置在浙江，現在浙江的無主之田己經不多了。而自從江淮之戰以後，揚州府的居民減少了近半，空置了大量耕田，正好可以讓這批難民定居耕種。至於農具耕牛，都會從浙江調過去。”
葉瑤瑱道：“這些事情就有勞周伯伯了。”又問了一些其他的事情，其實早在去年九、十月份的時候，商毅就己經準備在浙江迎戰清軍了，因此各項準備工作都己經完全齊備，可以說只要商毅一回兵，就可以立刻進入戰鬥狀態中，因此葉瑤瑱對此也都十分滿意。而最後，是由王夫之向她彙報，南京逃到浙江來的官員的情況。