當然在這段時間裡，外交雖然在唱主角，但並不表示就沒有其他的事情，帝國的各種政務都還在有條不紊的進行着。畢竟帝國剛剛完成了國家統一，還有許多事情都要處理。
帝國的國會也正在緊張的籌建中，而內閣也在加緊組建陝西、甘肅、山西、河北以及東北等幾個省的行政機構，擬定各級行政人員。
就在五月中旬的時候，駐守北京的成進向南京發回公文，稱清廷的殘餘份子現在都巳雲集在蒙古，正在聯合蒙古六部，攜手與帝國對抗，蒙古騎兵數次欲躍關進犯，但都被中華軍擊敗。不過成進向**部請令建議，組織一次對蒙古的遠程，狠狠教訓一下滿蒙的勢力。
原來在密雲地區被中華軍擊敗之後，碩塞與博洛、嶽樂合兵退到長城以外，這時哲裡木、昭烏達、卓索圖三盟集合了兩萬大軍，三人的敗軍約有五千餘衆，雙方合兵共計有二萬五千人馬，駐軍在熱河一帶。衆人商議之後，認爲現在中華軍的實力強勁，而且勢力正勁，不可力敵，因此決定再說服蒙古的另三盟，大家聯合起來一起出兵，纔可以與中華軍相抗衡。
碩塞、博洛、嶽樂三人也知道，與蒙古聯合，自己手裡也要有兵有地盤才行，清廷在蒙古設有六盟，另外還有兩個受清廷直接管轄的地區，就是察合爾和歸化城土默特，因此三人也決定，佔領這兩個地方，做爲自已在蒙古的地盤基礎。
哲裡木、昭烏達、卓索圖三盟也希望他們能夠有一塊自己的地盤立足，免得這幾千人馬都在自巳的盟旗裡住着，還得供應吃喝好招待，也是一筆不小的開支，短時間還行，時間長了也供不起。因此也決定出兵幫他們佔領察合爾和歸化城土默特。
而這時在陝西戰場上，瓦達克和勒克德渾也從榆林一帶撤入伊克昭盟，雖然瓦達克和勒克徳渾並沒有和中華軍交戰，是一路退進了蒙古，但手下的士兵並不想陪他們到蒙古去吃砂子，因此在退出長城之後，散了大半，剩下的己不足二萬人，基本都是滿漢八旗的餘部，綠營漢兵基本都跑光了。而瓦達克和勒克德渾在蒙古也需要一塊立足之地，於是同樣也把目光放在察合爾和歸化城土默特上。
結果雙方爲了爭奪清廷最後一塊土地，差一點打起來。當然爭地還是其次,主要爭的還是一個大名份。雖然清廷己經滅亡了，但要連合蒙古六盟，還是需要有一個大名份，也就是說，要重新建立清廷，再擁立一個新皇帝。那麼誰來做這個皇帝呢？
瓦達克、勒克徳渾、碩塞、博洛、嶽樂五個人都是清廷的宗室，雖然碩塞是皇太極的四子，看起來是最有資格接任皇位的，但碩塞由皇太極的側妃所出，生母的身份低不說，在剛生下碩塞不久之後，還被皇太極賜給了大臣，因此碩塞的身份也十分尷尬。而瓦達克、勒克徳渾都是禮親王代善的嫡糸子孫，當然不可能擁立碩塞爲新皇帝，但瓦達克更不夠資格來坐這個皇位，結果雙方各不相當，只能用武力來解決了。
雖然說瓦達克和勒克徳渾的兵力佔優，但支持他們佑只有伊克昭這一個盟，而碩塞、博洛、嶽樂三人背後有三個盟，因此也是勢均力敵。於是雙方都積極的拉隴另二個盟烏蘭察布盟和錫林郭勒盟。
不過這兩個盟並不表態支持誰，而是居中調停。勸雙方以和爲貴，有事好商好量，畢竟還有大敵在側，先自相殘殺，這怎麼也是說不過去命。這幾個人到也都不是糊塗人，也知道現不是打大出手的時候，最終還是達成了協議，歸化城土默特歸瓦達克、勒克徳渾；察合爾歸碩塞、博洛、嶽樂，大家平分，至於以後誰能繼承清廷，那就看各人的本事了。
就這樣總算是沒有鬧出內鬨來，雙方也都有一塊根據地，內部矛盾緩和了之後，於是也都地矛頭對準帝國。
當然帝國不會害怕蒙古，不過這個消息也把另一件重要的大事擺在了眼前，帝國的首都定在那裡。雖然在收復南京之後，商毅就把自己的行政中心從杭州遷到了南京，算起來也差不多有四五年的時間了，現在南京不僅又恢復了惜日的繁華，還更勝從前。而且透露出一種興興向上的氣氛。因此有不少人都認爲，帝國應該把南京做爲首都，正式確定下來，因爲帝國建立之動，就是以大力發展工商業、全面開通海外貿易，開海通國爲基本國策，而商毅又主張走向海洋，全面參與全球的大航海貿易。而無論是工商業還是航海業，南方都要比北方發達，因此將帝國的首都定在南京，當然也方便執行這些基本國策。北京並非不重要，但與南京相比還是要差一些，可以校仿明朝的兩京制度，以南京爲首都，北京爲陪都。
而另一批官員則正好相反，因爲從元代以來，北京就是中國的首都，前後長達近四百年，其間只有朱元璋短暫的在南京建過都，因此中國的重心其實是在北方而不是南方，另外現在全國雖然己經統一了，但還有蒙古、青海、新疆等地都沒有收回來，都有可能危脅到帝國的邊境，而這些地方基本都集中在北方，相對來說，南方面臨的外部危脅並不大，如果以北京爲都，對些地方的控制和管理要便利一些。因此還是仍然應該以北京爲首都，南京爲陪都較好。
這兩種意見確實都有道理，而且定都也確實是一件大事，無論是定在南京還是北京，都應該儘快確定下來。當然從人數上來說，主張定都南京的，肯定要大於定都北京。畢竟帝國在南京己經住了四五年，而且絕大多數官員都是南方人，因此當然都不希望到北京去。
不過在商毅心裡，早就己經有了定論，首都還是應該在北京，南京仍然應該作爲陪都。因爲發展工商業、海外貿易這些事件，並不需要政府時時刻刻盯着，只要制定好相應的制度，依律而行，尊照經規率來運行就可以了，政府最多隻是監督一下。相反如果政府對經濟管得太多了，並不一定就是好事。
而且商毅也淸楚，現在帝國真正面臨的危脅仍然是在北方，至少在兩百年內，中國在南方的沿海地區都不會遇到太大的危脅，而在北方有蒙古、青海、新疆包括東北外興安嶺、庫頁島等這些地方要併入帝國的版圖，因此定都在北京，確實有利於帝國能夠更好的控制這些地區。
另外在更北的地方，還蹲着一頭兇狠的北極熊，這頭熊現在已經開始將利爪伸向了中國，在另一時空裡，在不到四十年的時間裡，中國就將和這頭大熊進行一次正面的較量，而從此以後在長達三百餘年的時間裡，儘管中國和這頭大熊有過一段短暫的蜜月期，但在絕大多數時間裡，這頭大熊始終都是中國最大的危脅。這些一來，定都北京，也確實有利於帝國看住這頭北極熊。如果讓商毅來和俄國談［尼布楚條約］，是絕不會讓出貝加爾湖以東，外興安嶺，尼布楚及東西伯利亞這大片的領土。
這些是外部因素，而從中國內部來說，中國的北方地區相對經濟不發達，工商業基礎差，思想也保守落後，因此也難以接受新的事物，社會改造的困難也要大一些。如果將首都設在北京，也有利於促進北方的社會生產改變。
於是商毅也招集內閣成員，將自己的考慮意見告訴給他們。
幾位內閣成員中，基本都建南方人，不過在討論國事上還是會顧全大局,因爲商毅所說的幾點意見都有道理,由其是北方的俄羅斯,也從歐州各國的使團那裡得知,這確實是一個龐然大國,想一想從中國到歐州海路要走上九十個月,而俄羅斯競然可以直接更恆在兩地之間，也可見是何等龐大。由其是歐州各囯使臣都異口同聲，稱俄國人素來逞強好鬥、兇殘成性絕非善類。商毅把應付俄國的危脅也計算在其中，也算是有先見之明瞭。
因此等商毅說完之後，王夫之才道：“皇上見識卓著，誠爲我等所不及，只是遷都之事，輾轉數千裡，傷筋動骨，勞民耗財，又事關社稷安急，國本安寧，利害重大，因此不可輕易實行，而且現在北京剛剛收復，地方未寧，人心未安，也不可急於一時。”
李巖也道：“王首輔所言極是，雖然遷都北京，利多而憋少，但現在我中華新立，國本不固，人心不定，四境不安，因此確實不可輕易行遷都之舉。”
商毅點了點頭，笑道：“兩卿所言，果然都是老誠持重，端持爲國之語，朕也以爲，只可先定都北京，而遷都之舉，在五年以內，不可行施行，等五年之後，再視那時的情況而定。”
王夫之和李巖聽了，也齊聲道：“皇上聖明。”
商毅又道：“不過朕打算在八九月間巡視北京，各位以爲如何。”