國會通過了對日本和荷蘭宣戰的提案，那麼下一步也就是出兵的俱體安排和兵力佈置，其實這些工作在前期也做了不少，各方面的準備工作，由其是對日本的準備，基本都已經完成，可以說是隨時都可以出兵。
雖然這次是同時對日本和荷蘭兩國宣戰，但在俱體的戰術安排上，還是首先征服曰本，然後再驅逐荷蘭，但就在第一次戰爭準備會議上，商毅又扔出了一顆重磅炸彈，這次進攻曰本，商毅決定要御駕親征。
在收取了長江六省之後，商毅除了一次遠征呂宋之外，基本就沒有親臨第一線指揮作戰了，就是在與清廷進行中原大戰的時候，商毅也只是到鳳陽駐紮，近距離的通盤掌握戰局，但也是在後方遙控，就定離最近的戰場還差着二百多裡。
雖然商毅並不像某些穿越的前輩，喜歡對曰本搞什麼大屠殺、滅種亡國之類的事情，而且還收了一名日本美女填充自己的後宮，但商毅對日本確實沒有什麼好感，相反還相對的憎惡，當然這也是一個正常中國人的共同點，只可惜在另一時空裡，商毅是一名特種兵戰士，一共執行了十多項作戰、反恐任務，打死的恐怖份子不下百人，但從來沒有和日本作戰過，有兩次到是接到了戰備，但最終還是沒有打成。
而來到這個時空之後，中華軍曾二次進攻曰本，三度與日軍交戰，均取得了全勝，消滅的鬼子不下十萬人，但可惜這三次作戰，商毅居然都沒有參與，因此商毅雖然說在兩個時空裡，都算是久經戰場，但卻都沒有真正的和日本打一仗。
如果說在另一時空裡，商毅只是一個優秀的特種兵戰士，國家戰略的事情，輪不到他做主，而且在那個國際環境下，中日兩國也確實很難真正的爆發戰爭，那麼在本時空裡，商毅己經是中國的最高統治者，己經俱備了發動戰爭的能力，而且國際局勢更不再是攔路虎，現在中國也正式決定，向曰本宣戰，因此商毅也不希望放棄這個可以彌補自己心願的機會，更何況這是一次以征服日本爲目標的戰鬥。
在另一方面，豐臣餘衆將在這次戰鬥中發揮重要的作用，而做爲豐臣餘衆的名議首領，精神核心的豐臣薰，如果能夠也出現在日本，當然就能把豐臣餘衆的作用發揮到最大，但現在豐臣薰己是商毅的嬪妃，總不能一個人這麼拋頭露面去曰本，而如果商毅御架親征，那麼豐臣薰做爲傍駕的嬪妃一起出徵，也就順理成章了，同時還能借助商毅的威勢，提高豐臣薰在日本的身價，商毅把豐臣薰娶進皇宮來，也有很大一部原因就是爲現在準備的。
因此於私於公，商毅都覺的自己這次確實應該御駕親征日本。
不過商毅的這個決定也理所當然的遭到了內閣衆人的一致反對，因爲內閣衆人認爲這次進攻日本，雖然也十分重要，但並不是什麼關乎到帝國生死存亡的關建戰鬥，商毅並沒有以御駕親征的方向來提升士兵士氣的需要，而且中華軍也有足夠的將材、帥材，能夠擔任這次的戰鬥任務，商毅就留在南京，控制指揮就行了。
而且出征日本不同於其他戰爭，需要跨海作戰，雖然說現在中國的航海技術並不遜色於鄭和下西洋的時代，而且中華軍也己經有兩次跨海進攻日本的經驗，但在大海中航行，仍然是一件十分危險的事情，在三百多年以前，元軍渡海進攻曰本，全部葬身海底，也就是前車之鑑，可以說一但發生了危險，在茫茫大海上，逃都沒有地方可逃，而現在商毅己是一國之君，萬一有什麼閃關，那麼剛剛建立的帝國就有亡滅的危險，因此內閣認爲在這個時候，商毅並不該御駕親征日本，是一個最主要的原因。
商毅也知道，衆人說的確實有道理，而自己的兩個理由，都是沒法說出口的，但商毅還是不打算改變自己的決定，畢竟出海作戰的事情，商毅也經歷過不少，比曰本更遠的呂宋都到過，因此商毅也不相信，自已的運氣會差到這個地步，這一次出海就會出事，要知道自已可是穿越者，一般穿越者都是運氣超好的人。
但內閣的衆人畢竟也是在爲自已着想，因此最後商毅也只好高舉雙手，做投降狀，道：“各位愛卿，朕知道你們所說的都是爲了朕的安全着想，這樣吧，僅此一次，下不爲例，這次出征曰本之後，朕就絕不在有御駕親征之舉，你們看如何！”
話都說到了這個份上，其他人還能再說麼呢，畢競商毅也是皇帝，因此王夫之也只付苦笑了一聲，向商毅施了一禮，道：“如果皇上執意要御駕親征，臣等也只能依從，不過皇上在出徵之前，還是要將國內各項事務都安置妥當爲好，否則臣等縱死，也要阻止皇上這次御駕親征！”
商毅點了點頭，他明白王夫之的意思，其實現在帝國的體制，就是沒有皇帝，各項政務，國家運行也能夠維持得下去，因此王夫之的意思是讓自已先安排好接班人,爲了以防萬一，畢竟打戰的事情很不好說，什麼都有可能發生，好在現在自己也有三個兒孑,雖然都還沒有到可以被策立太子的年紀,但暫時確立一個接班人,還是可以做到的，因此也點頭同意。
於是雙方各讓了一步，御駕親征的事情也就這樣確定下來。
回到內宮之後，商毅又向後妃們說明，這次出兵日本，自己將要御駕親征，而且豐臣薰將隨自己一同出征，衆后妃們到也沒有什麼異議，她們對商毅的信心，到是比大臣們要足得多，只是嚀屬商毅路上小心，注意安全之類。
不過這時亞莉桑徳拉也提出要求，這一次自己也要陪商毅一起出徵，這個要求也得到了衆后妃的一致贊同，因爲亞莉桑徳拉本來就是軍人出身，以前也經常領軍出征，中華軍進攻薩摩藩的戰役，就是由她帶隊指揮的，有她一起去，也能幫商毅一把，再加上豐臣薰，在商毅身邊有兩個人陪着，也能夠讓人放心一些。
商毅當然不會反對亞莉桑德拉也跟着去，因爲她不僅有在日本戰鬥的經驗，而且還十分精通航海和水戰，帶她一起去，遇到事情，還可以有人商量一下，而亞莉桑徳拉的女兒商娥也快滿四歲了，亞莉桑徳拉也可以放心的把女兒留在皇宮裡，託其林鳳舞照看。
隨後商毅又宣佈，立不滿四歲的商寰爲監國，當然監國只是一個名號，並不管事，其實商寰現在也管不了事，這樣做只是表示，一但商毅這次出征有意外，那麼商寰就可以繼存皇位，將帝國延續下去。
衆后妃們對這樣的安排也並沒有異議，因爲這並不是說這次出征日本有多麼危險，商毅要安排好後事，而是凡事都要防止萬一，而商毅雖然有三個兒子，但商寰最年長，另兩個還在吃奶，因此也只能立商寰爲監國。
後宮的事情處理好之後，也就開始佈置這次出征的兵力和戰術。
經過了內閣、國防部、統戰部的開會商議之後，也做出了決定，這次出征日本的陸軍，將出動山東軍區第九軍、北京軍區第十一軍，海軍將出動北洋艦隊第一、第二分艦隊，分爲南北兩路向曰本發動進攻。
南路將由山東軍區第九軍和北洋第一分艦隊組成，從登州出發，在九州島登陸，首先佔領九州島，作爲這次中國進攻曰本的基地，隨後進攻四國，對本州島的中部形成危脅，而北路由北京軍區第十一軍和北洋第二分艦隊組成，首先到達中國在朝鮮的軍事基地釜山，並以釡山爲後方，渡過對馬海峽，直接在本州島的西南部登陸，首先救援受徳川軍進攻的長州藩，然後兩路合擊，由西南向東北發動進攻。
同時由北洋艦隊的第三分艦隊付責運送物資、保障後勤等工作事務。
而商毅御駕親征，也從皇宮護衛軍中抽調了一個師、一個旅做爲商毅的護衛兵力，而海軍部也調集了以一級戰列艦岳飛號，和三級巡洋艦四艘、四級驅逐艦二艘、五級護衛艦二艘，另外加上輔助戰船四艘，一共十三艘艦隊，成商毅的專門御駕艦隊。
御駕艦隊首先隨南路軍進攻九州島，然後再到達本州島，和北路軍匯合，在本州島指揮作戰。
而在對荷蘭方面，給呂宋曾派南洋艦隊第三分艦隊，幫助李華梅艦隊，首先守住呂宋這一線，阻止荷蘭再援助曰本，並且在呂宋積累物資、糧食、彈藥，爲下一步進攻巴達維亞，驅逐荷蘭做好準備。
另外岡薩雷斯伯爵本來是打算返回歐州,一聽說中國要進攻日本,也不覺勾動了一顆老軍人的戰鬥情緒,因此也決定暫時停止回國,也參加這一次戰鬥，商毅對此也不會拒絕，於是在御駕親征的人員中，又加上了岡薩雷斯伯爵的名字，