不過中日之間的貿易關係還是要慢慢的恢復，但商毅這時就要離開日本了。
在離開日本之前，豐臣薰也向母親提出，要接她去中國奉養，但不出商毅的預料，徳川千姫並不想離開日本，因此對豐臣薰提出的要求挽言謝絕，不過德川千姬也答應，如果在未來條件合適，也會到中國居住一段時問。
其實對母親的拒絕，豐臣薰對此也有心裡準備了，只是因爲她也知道，這一次和母親分別之後，再見面的機會也不多，因此才希望母親到中國居住，不也母親答應以前有可能到中國去居住一段時間，也就巳經達到了自己的目地。當然豐臣薰也知道，母親還是不放心德川氏的情況，還要在觀望一段時間，看一看徳川氏被撤藩之後，能不能穩固下來。現在也確實不是把母親接到中國去的好時機。
好在是徳川千姬是在江戶出家，而江戶現在也是在豐臣幕府的直屬領地，因此豐臣薰也囑咐豐臣幕府的代理大臣，照顧好母親的日常生活。同時也從豐臣幕府毎年的收入中拿出一萬石來做爲母親毎年的生活費，因爲徳川幕府滅亡之後，徳川千姬毎年從徳川幕府那裡取得的毎年一萬石的生活費也沒有了，豐臣薰自然要從豐臣幕府的收入中拔出母親的生活費。
德川千姬對生活費到沒有拒絕，只是沒有要那麼多，只留下了六百石，畢竟她一個人的生活，有這麼多就足夠了，這也差不多是一箇中層武士的收入了。
而在公事方面，商毅也要向日本天皇紹仁，以及其他的大名告辭，但就在這個時候，卻從皇宮裡傳來消息，紹仁病倒了。
原來紹仁本來就是一個性格比較強硬的人，而被迫和中國簽定了不平等條約，又眼看着中國通過分封大名的方式，逐漸控了曰本的大局,但中國是一個比徳川幕府更爲強大的存在，紹仁心裡也有一種很深的無力慼，因此紹仁越想心裡越窩火，結果一下子就病倒了。
因此商毅在離開日本的時候，又親自進了一趟皇宮，探望紹仁的病情。當然見到了紹仁上後，商毅也顯得十分關心，同時又讓自己隨行的御醫爲紹仁進行診脈。
把脈之後，御醫說紹仁的病是由幹憔慮過度，肝火過旺所引起來的，只平心靜氣，安心靜養一段時間，也就沒有事了。因此商毅也再三嚀囑紹仁，一定要好好的養病，等病好之後，還想邀請紹仁去中國進行訪問，爲中日兩國的友誼再做出貢獻來。
結果在商毅離開皇宮之後，紹仁的病又加重了，當天夜晚就吐了血。而在第二天只能請太上皇政仁太替他出面，給商毅等人送行。而且從此以前，紹仁就一直病勢纏身，時好時壞，拖了二年時間，終於一病不起，在1654年去世，由他的弟弟，後水尾天皇的第八皇子良仁繼位。而那時中華帝國還專程派遣使者到日本來弔奠，並且帶來了商毅的問候信。包括那時己被中華帝國征服的二十餘個東南亞小國，也都派出使者，到日本弔奠，因此紹仁的葬禮到是辦得十分風光。
當然這是兩年以後的事情，商毅現在還不得而知，告別了日本的衆人之後，登船出發，首先到達九州島視察。並且又專程到下關海峽邊的臨海館休息了一夜，當然又泡了一次溫泉。
而長州藩的藩主毛利廣綱見商毅十分喜愛臨海館，雖然臨海館是在本州島上，但索性將臨海館以及附近的一部土地也都轉讓給中國。畢競這一次長州藩一下子漲了二十萬石的封地，毛利廣綱對中國方面十分感激，另一方面儘管毛利廣綱也知道，中國將九州割走，但現在長州藩也己和中國捆綁在一起了，因此還是要儘量和中國搞好關糸，區區十幾畝的土地，當然不在話下。
面對毛利廣綱的好意，商毅當然是欣然笑納，同時也決定，將臨海館改名成春帆樓, 做爲九州島在本州島的一個居點。
第二天，商毅一行人才渡過下關海峽，到達九州島。這時九州島的各大名正在忙着清理自己的財產，陸陸續續的搬離九州，到自己的新封地去定居。而中華軍的第九軍也都從曰本其他各地撤離，到九州島駐紮，並且接管九州島各地的管理，並且建立地方的行政機構。
商毅在九州島住了三天，把九州島的駐軍，行政等事務進行了安排，同時中華軍從日本各地得到的糧食、物資、金銀錢財等等，也都運到九州島來存放。而在此期間，商毅又收到了國內的來信，這一次都是喜迅，在九月底十月初的時候葉瑤瑱和紫玲瓏先後都生了一個男孩，而且生產之後，母子都平安。當然內閣大臣也再次請商毅儘快歸國。
收到了這個消息，商毅也十分高興，畢竟自己又多了兩個兒孑，算起自己現在己有了四子三女，孑女的人數可不少了。隨後商毅立刻向國內下旨，讓國內儘快派遣貨船，過來搬運物資金銀等物，並命成進付責押送，因爲這是關糸到這一次戰爭的成果。但同時商毅還向內閣通知，自己要先到南洋去巡視一番，然後再回國，因此國內的事務，還請內閣多多操心。而且葉瑤瑱生產之後，甴她帶自己攝理國政。
其實皇帝巡視國土，是一件非常正常的事情，歷朝歷代都有過，甚致在許多時候，也是皇帝去各地體視民情、民俗，盡皇帝責任的像徵，但內閣接到了商毅發回的旨意以後，也知道商毅根本就不是什麼去巡視南洋，而是打算到呂宋去參加對荷蘭的戰鬥，才找出這麼一個藉口。但現在商毅就在外面，他不想回來，國內的人也拿他沒有辦法。而內閣的成員也有些好笑，歷代都是所謂將在外，君命有所不授，現在到好，全反過來了。
但國會得知商毅打算巡視南洋之後，立刻有議員提交議案，要求內閣再次勸促皇帝，儘快返回國內主政。而且這一條議案也得到幾乎是全票的通過。包括內閣的各部門，在私下裡也都認爲
而內閣收到這條決議之後，也都是相對苦笑，勸促商毅有什麼用，他硬是不想回來，誰又能有什麼辦法。但國會決意，又不能不執行，因此在內閣散會，王夫之和李巖也帶着國會的決議，進宮參見皇后葉瑤瑱。因爲現在又是葉瑤瑱代理囯政，這樣的事情，自然也應該讓她知道，而且還要由她御批，才能正式施行，畢竟現在葉瑤瑱還有代理行使否決權的權力。
看了國會的決議之後，葉瑤瑱也忍不住笑了，道：“兩位大人到是廢心了，即然這是國會的決議，本宮當然不會阻止，而且本宮也會再加一筆，請皇上儘快歸國。”
王夫之和李巖聽了，也都鬆了一口氣，葉瑤瑱果然是很有政治智慧的人，其實就是現在商毅不在囯內，以目前的架構，仍然可以使國內的行政機構十分正常運轉下去，雖然說做爲一國之君，長期不在國內坐鎮，肯定不是好事，但商毅實際纔出去了三個多月，並不算長。不過內閣首相和皇后在這時，也必須做出一個姿態來，纔好好國內的官員們，國會那裡有所交待。否則內閣後面的工作也就不好進行了。
而葉瑤瑱顯然也是明白這一點的，因此不僅批准了國會的決議，而且還要親自加上一筆，也是勸商毅回國，這樣在國會和其他官員那裡也說得過去了。至於商毅見到了內閣的上疏之後，肯不肯回來，那就不關內閣的事情了。反正內閣是盡到了自己的義務。
這時葉瑤瑱又道：“王大人、李大人，雖然說勸皇上歸國，仍是大事，但就算皇上見疏之後，馬上歸國，那也不是一朝一夕的事情，現在皇上不在囯內，而將國事全數託負給內閣，兩位大人都是追隨皇上多年的舊臣，這時也該盡心竭力，操持好國政，切不可因爲皇上不在朝中，而荒廢了政務。”
王夫之和李巖忙道：“娘娘請儘管放心吧，臣等定會盡職盡責，不使國政荒廢。”
葉瑤瑱點了點頭，道：“其實兩位大人的忠心操守，本宮自然是可以放心的，但內閣各部門的其官員，還有國會，雖然說勸皇上儘快歸國仍是大事，但各項工作也不可耽誤，因此兩位大人還是要多多督促其他官員，不可懈怠，各職工作事務，都不可荒廢了，否則等皇上歸國之時，恐怕我們都無顏去面對皇上。”
葉瑤瑱的擔心並非沒有道理, 在明朝就出現過這種情況, 皇帝不管事, 大臣們把所有的精力都放在勸阻皇帝不管事上, 結果也不管事，最後把政事弄得一團糟。
王夫之道：“娘娘盡請安心, 臣必會盡力督促各官員，絕不會誤了朝政事務。