敗回大營之後，阿巴泰計點清軍的損失，這一戰清軍出動了二萬五千多人馬參戰，出戰的人數多達近二萬餘人，陣亡的人數竟高達六千餘衆，其中包括滿八千的披甲兵一千六百餘人，輔兵二千五百佘人。有六個牛錄基本全軍覆沒，如果再加上第一天損失的人馬，清軍戰死的人數以經達到了全軍的三成以上，雖然不算是元氣大傷，但也是損失慘重了。大清自建國之後歷年以來，五次攻明之戰，還沒有那一次敗得這麼慘的。
而在當天晚上，阿巴泰就病倒在大營裡。原來阿巴泰畢竟也是年過五十的人，在第一次攻城戰中淋了一天的雨，寒氣就以經侵入體內，今天一戰在戰場上還吐了血，雖然當時還強自撐着，但回營之後，阿巴泰又羞又氣，心裡着急加上火，因此就兩眼一黑，就昏倒在地不醒人事了。
圖爾格和其他的衆甲喇、牛錄見了也都大吃一驚，趕忙找軍醫來給阿巴泰看病，其實在這個時代，無論是清軍還是明朝，軍隊裡的醫療水平都很低，軍醫只能看一些簡單的刀劍傷，基本都是聊勝於無。被找來的兩個軍醫費了好半天的勁，揉前胸、捶後背、掐人中，好不容易纔算是把阿巴泰給弄醒了過來。然後又給開了幾付藥，這才退了下去。
雖然知道阿巴泰病重，需要休養，但現在可不是平安的時候，大軍也不可能就這麼紮在濟南城下。因此圖爾格只好坐在病牀前和阿巴泰商議，濟南城恐怕是打不下來了，還是儘早撤軍北返算了。
阿巴泰雖然人昏昏沉沉的，但腦子卻還很明白，雖然現在清軍剩餘的兵力還有兩萬三四千人，但最精銳的滿八旗披甲兵卻拆損大半，而且全軍的士氣低落，在這個時候，別說繼續攻打濟南，就是想全身而退，返回關外都不是一件容易的事情。就算明軍中不出第二個商毅，只要是再有一二個盧象升這樣敢打的人，在中途再攔截清軍一下，只怕也夠清軍受了。因此還不如儘早撤軍，趕上博洛的前隊人馬，合兵之後一起撤退。同時，阿巴泰也因爲自己有病，不能理事，將全軍的指揮大權交給了圖爾格。
兩人商量確定之後，圖爾格立刻下令，放棄營中的所有輜重，全軍只帶十天的口糧，連夜就撤軍。而隨軍充當苦役的三千多名明朝的百姓全部殺死，連同留下來的輜重糧草物資一把火燒光。同時又命人去通知駐守東昌府的嶽樂，讓他將東昌府全城屠盡，放火燒光，然後與自己的人馬匯合，一起北返。
到了第二天一早，等商毅接到了消息之後，來到濟南城西南的清軍營地時，這裡己經只剩下一片瓦礫廢墟，其中還有三千多俱燒得焦黑的屍體。不用猜也能知道，這些屍體一定都是被俘的明朝百姓了。
到了這時，商毅也終於能夠確定，清軍以經完全從濟南府境內撤走了，比在另一個時空裡, 差不多提前了一個月。根據史料記載，這次清軍入關奔襲，一共掠走了明朝的人口三十六萬九千餘人，雖然商毅解救了十五萬左右的百姓，但還是有超過二十萬的人口被淸軍掠到關外。
不過商毅對此也無能爲力了，他以經盡了自己的全力，在這次清軍的入關奔襲中，能夠保護一方的百姓，能夠守住穆陵關，能夠從清軍的虎口中奪下濟南，解救出十幾萬人口，這以經就是一個奇蹟了，商毅當然知道,自己不可能做得更多了。
感概了一番之後，商毅命人清理百姓的殘骸，找地方掩埋。同時又開始打掃昨天激戰之後的戰場。
這一次守衛濟南，一共頂住了淸軍兩次攻城，共計斬首六千七百三十五級，生擒二百五十七人，如果不是有許多屍體被炸爛，還有一部份屍體被掩埋在地下，斬首的數量將會超過七千。而繳獲的戰利品有火炮八門、鐵甲二千八百二十七件、鎖甲一千五百七十七件、棉甲三千一百五十九件、皮甲二千二百八十二件，刀槍盾牌鑼鼓旗幟等器械計有七千四百八十三件，同時還奪得了戰馬一百一十七匹，並且又從淸軍們身上搜出了白銀七萬佘兩。勝利也算是十分輝煌了。
而穆陵軍自身也戰死了一千零七十三人，大部都是在濟南府招募的新軍，這也就是老兵和新兵的差別。但經過了這一戰的磨礪之後，相信這些新兵也會加快成熟的時間。
雖然商毅估計這一回清軍是真的撤走了，但還是不敢大意，仍然派出偵察兵向去打聽清軍的動向，一直到三天以後，清軍以經完全走出了山東境內，連東昌府的清軍也撤了，雖然在清軍撤走時，進行了一次屠城，並且又放了一把火，將東昌府燒了個乾乾淨淨，但畢竟東昌府不是在商毅的防區內，他也纔算完全放下心來。自己穿越到這個時代之後，大半年的努力，就是爲了對付這一次清軍進攻，現在這一關終於抗是過去了。
這時沈揚也來向商毅告辭，表示清軍撤退之後，錦衣衛在山東也沒有事了，因此也要北上到河北山西一帶去打探清軍的動態。同時沈揚還吿訴商毅，穆陵軍取得的戰功他以經如實的全部報到了北京的朝廷，相信用不了多久，朝廷就會下旨到青州府來，對商毅加官進爵，而按慣列，商毅會到北京去親自面見皇帝謝恩，並在兵部和五軍都督府扮理相關的手續，也許在不久之後，他們會在北京重逢。
雖然這段時間以來，商毅對這夥錦衣衛的印像還不錯，這次能夠順利的攻下濟南府，他們也幫了自己不少忙，但畢竟錦衣衛的名聲再外，對這幫人還是敬而遠之纔好。因此聽說他們要走，也是求之不得，立刻安排下酒宴，爲他們踐行，當然對每人也送上了價值不菲的厚禮。
第二天一早，商毅又帶着穆陵軍的衆將把錦衣衛的一行人送出濟南城，然後和衆人一一告別。只有送到周威的時候，這個還作男裝打扮的小姑娘看着商毅久久不語，最後才輕輕說了一句：“商毅，你自己保重。我可等着在北京見你。”
商毅也呵呵一笑，低聲道：“好啊！不過下次見面的時候你可要換上女裝。”
周威頓時滿面通紅，一轉身，逃跑似得走了。只有沈揚、劉知用、趙從夫三個人遠遠看着，互相搖頭苦笑。
其實商毅也不是反應遲頓的人,當然感覺的出來，在這段時間裡，周威以經明顯對自己產生了好感，這也不奇怪，因爲在這段時間以來，自己也表現出了出色的軍事才能，而且多次打敗清軍，對於她這個年紀的小姑娘來說，自然是非覺有吸引力的。
不過直到現在爲止，商毅還不清楚，周威到底是什麼身份，頂着一個鎮撫的頭銜，無論是不是真的，都說明她和錦衣衛的關係十分密切，按商毅推斷，她有可能是出自錦衣衛世家，父親、祖父都是在錦衣衛中任職。這到是並不奇怪，因爲錦衣衛是可以世襲的。
但自己和這個小姑娘能不能繼續發展下去，現在還不好說。不過這個小姑娘的美貌對商毅還是很有吸引力的。畢竟自己拒絕了玄皇教，平白放跑了一個大美女，是不是也該在其他方面彌補一下。而且對這些身份的事情，商毅到並不太在意，雖然他對錦衣衛沒有多少好感，但也談不上惡感。而錦衣衛是依附於皇權存在的，大明朝都只剩下不到一年的壽命了，等大明朝一完，錦衣衛自然也就跟着完了。雖然說自己以經娶了葉瑤瑱，不過只耍是正常的男人，誰會嫌美女少呢？反正一切就順其自然了。
商毅一邊胡思亂想着，錦衣衛一行也都以經走遠了。商毅這纔回過頭來，忽然發現周少桓、吳漢生、童大勇、成進、楊武丞、羅遠斌等人都用一種異樣的目光看着自己。商毅也不禁有些奇怪，他們這是怎麼了，莫非是在嫉妒自己得到了美女的青睞。
商毅心裡不禁一陣暗爽，都羨慕吧，誰讓我是穿越來的呢？這可是穿越人士的鐵定定律之一。因此也咳嗽了一聲，現要裝出一付滿不在乎的樣子，招呼衆人回城去，這時周少桓上前一步，道：“大人，我們一直都沒有看出來，原來大人有這種癖好。” 其他人的臉上也都露出了“原來是這樣”“以前還真沒看出來” 的表情。
商毅怔了一怔，癖好？自己有什麼廦好？忽然想了起來，除了自己和錦衣衛的人之外，其他人可不知道周威其實是女兒身，只不過以爲她是一個長得很標緻的美少年而已。這麼一來，自己剛纔和周威那一番密語不就成了…….
想到這裡，商毅身上也不禁出了一身爆汗，這個誤會可大了，急忙擺了擺手，道：“不是這樣，你們都弄錯了, 這是……”