龜山島海戰唯一的一艘倖存西班牙戰艦逃回了馬尼拉之後，西班牙的菲律賓總督科奎也不禁大吃一驚，生理人的軍隊真的有這麼可怕嗎？連西班牙帝國的精銳海軍都不是對手？
而兩天以後，郭納爵、袁樸、吳雁鳴等人帶着桑切斯提供的俘虜名單和商毅的信，也到達了馬尼拉，向科奎拉正式遞交了商毅的信件，科奎拉這才真正相信，二支西班牙艦隊都是己全軍覆沒而告終，另外遠征艦隊的副司令官也帶着隊伍，向生理人投降了，而臺灣也被生理人佔領了。
科奎拉對這一結果覺得實在是有些難以理解，因此又向郭納爵詳細詢間了生理人的情況。郭納爵到也沒有隱瞞，把自己所見所知的一切事情都向科奎拉做了交待。但聽完了郭納爵的講說之後，科奎拉不但沒有恍然大悟，反而更糊塗了，郭納爵的牛皮是不是吹得太大了，僅僅只是生理人的一個大置相當於郡守省長的將軍，真的有那麼厲害嗎？不僅擁有大量可比歐州的先進火器，而且還善於使用歐州的戰術？但事情己經發生了，只能接受這個事實。
而兩支艦隊被全殲，近三千名西班牙籍士兵被抓，其中不乏華金、德拉佩納這樣有身份地位的官員，儘管這不是科奎拉的責任，但也給他帶來了很大的壓力。同時這兩次對中國用兵，也極大的消耗了西班牙在菲律賓的兵力，現在整個菲律賓的西班牙籍士兵也不足千人，戰船也只有七條。
如果在這個時候，荷蘭人趁機來進攻菲律賓，自己還真的不好抵抗啊，而且按郭納爵的說法，生理人和荷蘭人己經結盟了，這到是很有可能的，科奎拉知道，荷蘭人一直都希望找到生理人的合作伙伴。難道說是荷蘭人幫助生理人打敗西班牙艦隊的嗎？但荷蘭人在亞州似乎也沒有這個實力。
但不管怎麼樣，也不能對帝國的俘虜坐視不管，華金可是宰相大人的兒子，徳拉佩納、桑切斯也都是貴族，最好還是想辦法把他們迎救出來，但再出兵是不可能了，只能選擇談判。科奎拉對中國內陸的瞭解並不多，但從在馬尼拉做生意的中國人那裡也大致瞭解到，中國的皇帝對海外的世界並不感興趣，而對外國人還算是比較寬容。而且在中國有錢基本就能夠搞定一切。
在1603年馬尼拉華人大屠殺之後，西班牙就曾派人到中國去求見當時的萬曆皇帝，希望能夠進行辯解，繼續保持對華的貿易，那知當時中國的皇帝和官員對這一事件根本就一無所知，就是知道了，也根本不在乎馬尼拉的生理人死活，就像什麼事情都沒有發生一樣。
基於這些認識和歷史的原因，科奎拉對和中國談判也頗有信心，雖然從郭納爵那裡聽到的信息似乎有些不一樣。於是科奎拉派菲律賓總督府的參贊坎比亞索，和少尉索林兩人爲使者，去和生理人談判，同時還找了一名商人李清立，和一名傳教士卡瓦略陪同郭納爵、袁樸、吳雁鳴等人一起前往中國。
衆人一起乘船出發，數日之後，到達了杭州沿海，還沒等靠岸，只見一隊戰船從他們座船的身邊駛過，索林眼尖，一下子就認了出來，當頭的一艘這不正是遠征艦隊的旗艦銀河戰艦號嗎？現在成了生理人軍隊的戰船了，看來郭納爵神父並沒有說謊啊，遠征艦隊確定是全軍覆沒了。
銀河戰艦號的實力索林是十分清楚的，而且看這一隊戰船幾乎全是西班牙式帆船的船型，而不是生理人慣用的克戎船，如果生理人的海軍真的都是西班牙帆船，那到是真的不好對付啊。於是索林把自己的想法告訴給坎比亞索，也令坎比亞索吃驚不小，因爲他們這次出使中國，另一個目地就是探看一下生理人的虛實，那麼現在看來，生理人的實力確實非同小可。
等船隻靠岸之後，湯若望、阿科尼亞等一干洋和尚都己經在碼頭上等着迎接他們的到來。不用問，這也是商毅有意這樣安排的。卡瓦略也想不到在這裡可以遇到這麼多的同行，也不禁十分高興，趕快上來打招呼套近乎。希望能從湯若望等人的嘴裡套出一點有用的東西來。
幾個洋和尚寒喧了一陣之後，湯若望邀請西班牙使者一行住在教堂裡，這也正中卡瓦略等人的下懷，因此也都欣然同意。就在這時，索林忽然臉色大變，指着碼頭上一方，道：“卡瓦略神父，那不是我們的人嗎？”
卡瓦略、坎比亞索朝他手指的方向看去，只見在碼頭的一端，約有百餘名衣衫襤褸，還帶着手鍊腳鐐的因徒，正在從船上搬御貨物，看樣子都是歐州人的模樣，而在他們身邊，還有十餘名手執皮鞭的中國人監督，不時不揮舞着皮鞭，甩得“啪啪”只響。
坎比亞索也大吃了一驚，趕忙向卡瓦略使了一個眼色，卡瓦略會意問湯若望道：“亞當神父，這是怎麼會事，是誰讓主的信徒在這裡受到這樣的苦難？”
湯若望看了那邊一眼，道：“不，卡瓦略神父，他們並不是受苦，而是在恕罪，爲他們犯下的罪行在恕罪。”
卡瓦略道：“他們犯下了什麼罪行。”
湯若望道：“侵略別人的國家，殘害別人國家的孑民，這難到不是罪行嗎？我相信，這是主在懲罰他們。”
卡瓦略當然不服，激動的道：“不，亞當神父，您怎麼能夠這樣說，毎一個西班牙士兵都是主最虔誠的羔羊，是在消滅邪惡低異教徒，使主的光輝照遍東方的土地，這是異教徒在折摩他們。”
湯若望道：“不，卡瓦略神父，我沒有錯，錯的是他們。主的光芒己經照耀在這裡，這裡並沒有異教徒，而他們無視主的尊嚴，用暴力對待主的信徒，才遭到這樣的懲罰。”
原束來到了杭州之後，湯若望對浙江地區的傳教情況和氣氛非常滿意，正好趕上杭州的天主教大教堂完工，湯若望也主持了開堂典禮，商毅也帶着亞莉桑徳拉和林鳳舞親自到場祝賀，並且還參加了譸告。同時到場的還有二百多名接受洗禮的教徒，不乏商人、鄉紳人等。
由其是得知，林鳳舞也是天主教徒的時候，湯若望對商毅也不禁做出了新的評估，出於對中國歷史和現況的瞭解，而且又是站在傍觀者的角度，湯若望己經十分清楚，商毅現在的地位，其實己經相當於歐州各國的封建諸候，浙江就是商毅的封地國，在這一畝三分地上，商毅的話比皇帝還好使，因此儘管商毅並不是天主教徒，但對天主教在中國的發展至關重要，甚至還勝過了當年的徐光啓。
於是湯若望一面寫信回歐州，像教皇報告情況，一面也作出決定，在一切事務上全力支持商毅，以換取商毅對天主教的更大扶植。因此儘管這一次商毅是與西班牙爲敵，而且西班牙人也派來了一位傳教士卡瓦略，但湯若望仍然決定，還是站在商毅這一邊。而且湯若望是德國人，又是屬於耶穌會，和馬尼拉的天主教會並不屬於一個會派，因此湯若望並沒有什麼心裡負擔。
兩個洋和尚爭了半天，坎比亞索和索林其實也明白，什麼異教徒、主的羔羊都是浮雲，別人把抓住的戰俘當苦力在用，自己能說什麼，這可是是在別人的一畝三分地上。坎比亞索道：“亞當神父，您知道華金伯爵、還有徳拉佩納伯爵他們現在怎麼樣了？難到也是在做苦力嗎？”
湯若望的臉上露出慈祥的笑容，道：“我的孩子，我雖然不認識你所說的那些人，但凡事犯了錯誤的人，都必須爲自己爲自己的罪行付出代價的，主是在借凡人的手在懲罰他們。”
坎比亞索和索林的臉色都變得十分難看，坎比亞索又道：“亞當神父，聽說您和這裡的生理人長官，那麼叫商毅的人很熟，是嗎？”
湯若望點了點頭，道：“我想我和這位商大人還算是有一點交情，也能夠說得上一點話，請問有什麼可以爲您效勞的嗎？”
坎比亞索道：“能夠讓我們見一見華金伯爵嗎？那怕是隻見一面，只說幾句話就可以了。”
湯若望想了一想，道：“好吧，這件事情我會盡力而爲的。現在我們先回教堂去，好嗎？”
來到了教堂，西班牙的使者們又是一次震驚，沒想到在這裡競然也能看到這樣一座純歐式風格的教堂建築，在用餐的時候，湯若望又把商毅的情況向西班牙人做了一次詳細的介紹，他說的和郭納爵所說的內容都差不多，只是更詳細一些，但配合着西班牙使者的見聞，說服力也明顯要大得多。
而坎比亞索和索林越聽越心驚，同時也對完成這次出使的任務，不抱以任何的信心了。