在十一月十五日清晨，商家軍分從南北，向清軍的鐘鼓樓據點發動了進攻。
商家軍的士兵們分散成以連爲單位，在複雜如迷宮一樣的街巷中穿行，而清軍依託着房屋，倒處設立了阻擊點，也在拼力阻擊商家軍的進攻。儘管每一個連隊都有一份詳細的南京地圖，但在激烈的交戰中，也難免會迷失方向，有時也不得不釆取炸開牆壁，然後從街巷和院落中橫穿而過的方式，有時會從房屋的另一側炸開一個大洞，從清軍的背後殺進來。因此整個鐘鼓樓地區的建築羣裡到處都是槍聲和混戰的吶喊聲。
攻擊方和防守方都利用複雜的街巷互相摸索，雙方都是以小股兵力接戰，整個戰場呈犬牙交錯，根本就沒前後方的概念，你中有我，我中有你，大部份的戰鬥都是突然相遇，猝不及防，然後短兵相接，照面就開打。幾乎在每一條街巷，毎一個院落裡都會發生遭遇戰，經常是打着打着，兩隊士兵就撞在了一起。
在這個時侯幾乎沒有任何的戰術可言，依靠的就是雙方士兵的機警、現場的極時反應、巷戰的經驗和戰士們個體的作戰能力。不過在這幾方面，受過巷戰訓練的商家軍都佔了明顯的優勢，投入戰鬥的人數，戰士們的士氣也都在清軍之上，而且商家軍是輪換作戰，現在出戰的士兵們基本都有二三個小時的休息時間，而清軍大部份都是經過了一戰的激戰，從各條戰線退到鐘鼓樓區來後，因此雙方的精神體力狀態，也不能同時而語。
一但發現了清軍的阻擊點，商家軍就會正面吸引，然後派出一個小隊從側面突擊，一但靠近了之後，就立刻向清軍的據點裡扔出手榴彈。而與清軍遭遇則立刻展開成戰鬥隊型，前排拼刺刀，後排火力支援，因此逐個逐個的搗毀清軍的阻擊點，逐條逐條的奪取街道。一步一步向鐘鼓樓區的中心地區推進過去。
到了下午二時左右，鐘鼓樓區的大部份陣地都被商家軍佔領，清軍己經被壓縮到以鐘鼓樓爲核心的十餘門民房內，這時清軍在鐘鼓樓區的人數己不足二千，商家軍的戰士們都己經可以看見鐘鼓樓的基座。於是向這兩座如鶴立雞羣一般高聳矗立的建築發動潮水一樣的進改。
而清軍也在鐘鼓樓上拼死防守，從每一個窗口中都有淸軍的弓箭手和火銃手，拼命的向進攻的商家軍打去，有的還用石頭、磚頭砸，在兩座建築的周邊，己經躺滿了士兵們的屍體，而且有不少也是從樓上被拋下來後。
商家軍首先殺到了鐘樓邊，用幾十手榴彈一起炸開了鐘樓的大門，突擊隊的戰士們立刻從突破口裡拼死往鐘樓裡衝。雙方在一樓大堂展開了激戰，而很快商家軍就擊散了一樓的清兵, 又向二樓發動了進攻，這時守軍的傷亡十分慘重，不斷的有人被打死，從窗口扔下來，或是自己爲了逃跑跳下樓去。而留在樓裡的士兵則利用一切能夠利用的東西進行抵抗，包括桌椅、櫃子、木箱、成袋的糧食等等，都被用來當作掩體。
但在商家軍的勇猛進攻下，清軍終於抵抗不住，二樓、三樓也都相繼失守，最後被逼到四樓的二百多名士兵全部都投降，商家軍也佔領了鐘樓。
鐘樓、鼓樓是隔街相望的建築，鐘樓被商家軍攻破，在鼓樓裡負隅頑抗的清軍也看得一清二楚，清軍在鐘鼓樓區的指揮的指揮部就設在鼓樓上，這時滿達海手執佩刀，剛剛斬殺了一名建議向商家軍投降的偏將，刀刃上還滳着鮮血，在滿達海身邊還站着十幾名清兵，滿達海鐵青臉色，道：“朝廷養兵千日，就是爲了用在一時，現在南京危矣，我們身爲武將，自然是爲國盡忠，大家就在這裡和商家軍決一死戰，絕不許投降。”
就在滿達海的話聲剛落，商家軍就己經攻進了鼓樓，而這時在鼓樓對面的鐘樓上，商家軍的士兵對紛紛對鼓樓這邊開火射擊，打得鼓樓裡的清軍根本就不敢靠近窗戶邊。
而商家軍向鼓樓的二樓三樓發動進攻，由於這時鐘樓己經失守了，鼓樓裡清軍巳經沒有抵抗之力，紛紛投降，因此商家軍也十分順利的殺上了鼓樓的第四樓, 而這時滿達海己在這裡自盡身亡了。
就在十五日下午，鐘鼓樓區被清軍佔領，南京內城也被商家軍截爲兩段，隨着第二軍向西北，第三軍轉向東南，開始清掃南京城裡的殘餘清軍。
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商家軍對皇城的進攻也是從十五曰清晨開始。
在一夜的時間裡，第一軍完成了對皇城的全面包圍，並且調進城大量的火炮，成進分派各部隊的進攻任務，由第一師進攻承天門，第一旅爲預備隊；第五師進攻東安門，第五旅爲預備隊、第七師進攻北安門，十九旅爲預備隊；二十三師進攻西安門，因爲西安門面對的是南京城內，因此這一路沒有設預備隊。
而這時清軍在皇城裡的駐守兵力己不足四萬人，不過還是包括有八十餘門火炮、五千多名火銃兵，霹靂火箭、靂天雷也都有一些。南京的皇城雖然不算高大，但也都是由大石塊和大方磚砌成，十分堅固，一般的火炮對皇城城牆的作用並不大。
清晨約七時左右，付責進攻皇城的第一軍從東南西北四方大約近五百門火炮，向皇城一起開火轟擊，而清軍也在城牆上開火還擊，雙方用火炮對轟足足打了近一個時辰，其中還夾雜着大量的霹靂火箭對射，儘管商家軍的火炮轟擊對皇城的損傷並不大，但卻清軍在城牆上的火力點打掉了大半，霹靂火箭也基本全用光了，只能夠使用火銃打擊時，商家軍這纔出動了突擊部隊，向城牆發動了猛攻。
由於在進攻南京城牆時償到了甜頭，這一次商家軍仍然是釆用爆破戰術，但清軍也有了經驗，首先拼命阻擊商家軍的突擊士兵，而等商家軍將炸藥包推放到城門邊時，立刻在城頭向下澆水，將炸藥全部都淋溼，使商家軍根本就無法爆破。
一師一連派上去兩批爆破隊，但都被淸軍用這種辦法給破壞了，相反還使二十多名突破手倒在城門外。師長蘇建林也覺得十分惱火，沒想到清軍想出的這種笨辦法到還十分管用。
但就在這時，士兵們再次想到了使用門板，於是立刻從附近的建築上拆下來幾十塊門板，爆破手們扛着門板，再一次冒着清軍的打擊，突進來到城門邊，用門板在城門邊搭成了幾個小棚子，然後把火藥放在小棚子下，這一下無論清軍再怎麼沷水也沒有用了。而且蘇建林也組織了一批士兵，對準城樓上輪番開火射擊，也打得清軍幾乎無法探頭。
等炸藥都佈置好了之後，爆破手們立刻退開，只聽“轟”的一聲巨響，承天門的兩扇城門立刻被炸得粉碎，而商家軍的各種火炮火槍、霹靂火箭也對着承天門裡陣亂轟亂射，不讓淸軍再次把承天門給堵上。
亂打一陣之後，突擊隊也立刻出動，衝進了承天門，而守衛在城裡的清兵這才反應過來，也紛紛殺上來，雙方展開了白刃作戰。
這時蘇建林也下令，讓僱傭兵團上陣，突入皇城，加入到戰鬥中。
其實這時僱傭兵團己經等了好久，現在終於輪到自己上場了，一個個都怒吼着衝進了承天門。從開戰到現在，僱傭兵團僅僅只是在聚寶山打過一仗，現在都是生力軍，人人精力充沛，而且鬥志旺盛。
而清軍現在都己是連續奮力了數日，精神體力也都十分疲憊，再加上老外們個個人高馬大，勢猛力沉，不少清兵在一擊之下，兵器紛紛脫手，有幾個人都被打飛了出來。立刻將清兵殺得連連後退。
清軍也都大爲震驚，也不知道商家軍是從那裡找來的一支凶神惡煞一樣的部隊，其中有幾個幾乎就像小巨人一樣，而且個個都強悍無比，比起八旗中最精銳的白甲兵也毫不遜色，淸軍幾乎完全無法抵擋得住他們的突進。
而科雷亞這時也顯示出一個老職業軍人的風範來，他指揮着僱軍傭團，並非是一味的依然蠻力胡打亂攻，而是將全軍七百多人分成三個梯隊，輪番向清軍發動猛攻，而且在每個小隊都派幾名最猛的猛人來當頭衝鋒，其他人都在他們的左右側方保護。那支上前突進，那支回撤，那支掩護，都組織得有條不紊，絲毫也不亂。
同時其他的商家軍也都十分配合，以僱傭兵爲箭頭，從側後方跟進，以火槍、手榴彈等遠程武器支援僱傭兵團作戰。硬是從清軍的陣中突入，一步一步的向紫禁城逼近過來。而其他的士兵也立刻向左右兩側展開，進太社稷和太廟發動進攻。