商毅一行人馬是在三月二十五日下午接近黃昏的時分到達南京，從北面的金川門進城。小説0m馬士英、吳甡、錢謙益、阮大鋮、劉宗周、黃宗羲、黃鎮周、陳子龍等官員，都在金川門外迎接他們到來，還有王徳化、盧九徳等太監也準備下了鳳攆車仗，迎請朱媺娖進宮休息。
商毅先和衆人一一見禮，寒宣幾句之後，然後請衆人去參見了公主，王徳化和盧九徳也請朱媺娖上輦進宮。
朱媺娖道：“皇伯父的好意，本宮心領，論理本宮進京，也應該進宮去參拜皇伯父，但各位大人也都清楚，本宮此次進京，仍爲辯認太子而來，非同於尋常，這個時候恐怕不宜居住在皇宮之中，爲秉公起見，因此本宮決定，暫時居住行館，由商巡撫統軍護衛，等辯認太子之後，再進宮參拜皇伯父。不知各位大人以爲如何。”
馬士英首先道：“這樣不大好吧？公主進京，不住皇宮，卻居行館，只怕是與禮不合吧。”
錢謙益趕忙跳出來，道：“現在仍非常時期，不可以常例而循，微臣認爲公主所慮極是，此時當以避嫌，還是先居館驛爲是。”
東林黨都擔心，一但朱媺娖住進皇宮裡，恐怕被會馬士英一黨控制，造成對自己不利的結果。現在聽朱媺娖主動要求，不住皇宮而住館驛，也正中下懷，因此劉宗周、黃宗羲、黃鎮周等人也都紛紛付合錢謙益，贊同讓朱媺娖住進館驛裡。而馬士英和阮大鋮見了,也怕他們說自己圖謀不軌，不敢強求，只好也同意。
之所選擇金川門，是因爲金川門靠近長江邊，商家軍的水軍就停泊在外金川門處，商毅把人馬分成三部份，帶一個步兵營、一個騎兵連和偵察營進城，留下一個營的兵力把守金川門，其佘的兵力都駐守在城外，和海軍一起，控制着內外金川門。
來到館驛之後，商毅將朱媺娖安頓休息，分排士兵，嚴密守衛館驛，並且對外宣佈，公主路途勞累，因此一概不見外客。然後才叫廚門做飯，陪朱媺娖一起吃晚飯。朱媺娖也忍不住道：“有必要那麼緊張嗎？”
商毅苦笑道：“還是小心一點爲好，現在左良玉都反了，誰知道其他人會做什麼打算。”
朱媺娖點了點頭，道：“你說這個太子真的是假的嗎？”
商毅道：“沒見到真人之前，並不能說絕對，但是真太子的可能性並不大。想想也明白，兵荒馬亂，太子一直養在宮裡，養尊處優，怎麼可能一個人千里迢迢從北京逃到南京來的。”
兩人正說着，忽人有人來報：劉宗周、黃宗羲兩人要求見商毅。
商毅苦笑了一聲，道：“看吧，麻煩來了。”對從人道：“請他們進來。”
商毅當然知道，劉宗周字起東，號念臺，是黃宗羲的老師，也是這個時代知名的學者，但他的政治立場比黃宗羲更死板、更頑固，也更不知變通。不過在南京朝廷滅亡之後，劉宗周選擇了自殺殉國，品行到也比一些投降派強得多。不過兩人是來幹什麼的，商毅心裡很清楚。
其實劉宗周、黃宗羲本來是不想來，但東林黨都清楚，這就是一個假太子，根本經不起一辯，而進城之後，朱媺娖不住皇宮而往館驛，也讓一些東林黨人覺得似乎是有希望，因此也建議去找一找商毅，說不定能說服他，要求公主指認太子爲真，現在誰都知道，公主是一定會聽商毅的話。那樣東林黨就可以名正言順的扳倒馬士英了。
別看左良玉起兵東進，但緊張的只是朱由崧和馬士英、阮大鋮等人，東林黨到還真不怎麼害怕，因爲勸左良玉起兵的黃澍就是東林一員，而且左良玉在檄文中也把矛頭指向馬士英，而不是東林黨，另外左良玉的大恩人，另一位東林的元老候恂這時也在南京，因此就算左良玉真的打進南京，也不會把東林黨怎麼樣。相反還可以借左良玉的力量，來剷除掉馬士英。甚致還有人主張，乾脆說動商毅，直接動手把馬士英幹掉就行了。劉宗周、黃宗羲也扭不過衆人，只好來見商毅。
三人見面之後，先客氣了一番，黃宗羲道：“此番商軍門又在淮安大敗清虜，我們也十分欣慰，如今大明只剩這半壁江山，此後抵禦清虜，也多倚仗商軍門了。”
商毅道：“南雷先生太客氣了，這些都是在下份內之事，如今清虜大軍壓境，但以在下一己之力，要保住這半壁江山，又談何容易，只有大明君臣精誠團結，齊心協力，籌邊制寇方纔可成，如果各懷異志，不顧大局，則天下危矣。”
黃宗羲和劉宗周互相看了一眼，黃宗羲道：“商軍門可知，如今我大明之禍，並不在外，而在於內。因此籌邊制寇，乃在親君子遠小人而已。”
商毅搖了搖頭，道：“南雷先生，如令偏安尚未穩。孜孜討究，應該只有兵餉戰守四字，豈能爲異同恩怨四字，豈不聞兄弟厥於牆，而外禦其侮嗎？可況在下素聞大君子以其能化小人爲君子，今日國事爲重，以君民爲心，則和一之至，不必合黨同羣，而自無不同。以職掌爲務，則猷念各分，不必破黨渙羣，而自無不異。”
商毅的古文功底其實很一般，這一大通之乎者也的話，其實都是王夫之教他的，總算沒有記漏，但劉宗周卻拂然不悅，道：“難到商軍門不知，襄外必先安內嗎？”
商毅也不客氣，道：“請問念臺先生，如果清軍打過長江，攻破南京，又到那裡去談安內呢？”
三個人沒說幾句，立刻就說僵了，互相間都不說話。
商毅本來還想盡最大的努力，儘量讓劉宗周和黃宗羲以大局爲念，現在看來，根本就無法做到，因此也不想和他們多費口舌，道：“二位先生，我商毅只是一介武人，大道理不懂，這次護送公主進京指認太孑真假，一定會秉公而認，真就是真，假就是假，使真像大白於天下，以安民心。然後立刻離開南京，赴江北抵禦清虜，盡人臣之職，其餘之事，一概不論。”
劉宗周和黃宗羲聽了，也知道自己是不可能說服商毅了，因此起身告辭，連頭也不回就走了。
商毅也只好苦笑了幾聲，看來自己和東林黨確實沒法談到一起來，正要回去告訴朱媺娖，這時又有人來報，吳甡來訪。商毅搖了搖頭，只好又讓隨從人員去請。
兩人見禮之後，吳甡嘆了一口氣，道：“以恆，現在南京已經夠亂了，你又跑來湊什麼熱鬧。”
商毅也苦笑道：“閣老應該知道，這些亂子其實有一大半都是你們東林黨鬧出來的，我本也不想來湊這個熱鬧，只是事情逼到這一步了，不來也不行了，閣老既然是東林的元老，爲什麼不管管他們，也做些對國家、對朝廷有用的事情。那怕是不過什麼事情，就是消停一些，也好過這樣亂鬧下去。”因爲商毅和吳甡的關係不同，因此說話也就不用客套，直接得多了。
其實在吳甡心裡，對一些東林黨這樣鬧法非常不滿，他纔是真正有見識，有能力的人，而且也知道變通，當然清楚當前的局式，應該以團結一心，一致對外，才能保住半壁江山。只是吳甡的官職雖高，但在東林黨裡並沒有多少發言權，也管不住其他人，也不好強制，只能聽之任之，現在被商毅一說，吳甡也聽得臉上紅一陣白一陣，但他也清楚，商毅說的確實都是事實，一句話也反駁不了，只好苦笑了一聲，道：“事情弄到今天這一步，我也沒有辦法。”
商毅這才放緩了語氣，道：“我也知道閣老的爲難之處，只是如果任甴他們這樣胡亂鬧下去，我只怕閣老總有一天會被他們連累。”
吳甡心中一稟，道：“你這是什麼意思。”
商毅並沒有正面回答，道：“我這次進京，想了一個萬全之策。”說着把自己的計劃說了一遍。
吳甡聽了之後，也點了點頭，道：“以恆，這到是一個好辦法，恐怕任何人都說不出什麼來，或許真的能夠平息這場爭執。”
商毅搖了搖頭，道：“閣老心裡應該清楚，太子的真僞其實早就分辯出來，只是有些人硬是要胡攪蠻纏而己。就算這一次公主真的用這種方法分辯出太子，只怕他們還是不會承認。他們只怕還指望着左良玉會提軍殺入南京來剷除掉馬士英。也不想想他的部隊本是魚目混雜、稂莠不齊，進軍沿路，皆燒掠一空，真的讓他進了南京，恐怕悔之不極。”
吳甡只好又苦笑了一聲，商毅確實把東林黨給看透，因此道：“那麼你認爲當如何才能平息這場紛爭呢？”
商毅看着吳甡，道：“到時侯只請閣老能夠主動出面，主持公道才行。如果閣老只顧一味明哲保身，只怕最終還是一事無成。”
吳甡這個人有能力、有見識、知變通，但也十分滑頭，當初崇禎任他爲督師，在沒有分派到人馬之前，吳甡死活都不肯出京，只到把商毅調來才成行。而這一次他早就看出太子是假，但也一直不說話，任甴東林黨鬧下去，就是兩邊都不想得罪。而商毅的意思，就是讓吳甡出面，來壓制東林黨，承認這個事實。
聽了商毅的話之後，吳甡沉默了片刻，終於咬了咬牙，道：“好，以恆放心，這一次我會盡力來平息這場紛爭。”