時間就這樣一天天的過去，每天商毅都在處理國政，小心翼翼的推行着自己的變革政策，而就在這一段時間裡，南方也有消息傳到了南京，中華軍攻陷巴達維亞，荷蘭東印度公司徹底滅亡，南洋諸國紛紛歸附中國，南洋戰事也全部結束。
在商毅離開文萊之後，中國和荷蘭東印度公司也進行了談判，中國方面堅持要求，荷蘭方面必須無條件投降，徹底讓出巴達維亞。而以荷蘭巴達維亞總督馬特索科爾爲首的荷蘭談判代表團，儘管己經做好了巨大的讓步準備，但中國方面提出的條件，還是遠遠超出了荷蘭談判團的底線，因此荷蘭談判團只能返回巴達維亞，招開董事會開會討論決定。
但回到巴達維亞之後，馬特索科爾也立刻招集了現在荷蘭東印度公司的所有的董事，開會討論中國方面提出的條件。但這一下董事們頓時炸了鍋，因爲保留巴達維亞，是荷蘭方面談判的最後底線，而中國連這一點底線都不留給荷蘭東印度公司，確實讓各董事們無法接受。
其實各位董事並不是真的不能接受這個條件，因爲如果不接受中國的條件，那麼就只能再開戰，以武力來解決，但現在巴達維亞方面那有和中華軍開戰的本錢呢？開戰是必敗無疑的。而一但再戰敗，中華軍攻佔巴達維亞，那麼所有的董事當然也都逃不掉，而至少接受中國的條件，還可以保全自己的生命安全。
但問題是將巴達維亞這樣拱手讓給中國，這個責任誰來付責，但因爲這麼大的事情，荷蘭議會是肯定不會罷休的，到時一定要有人出來承擔責任，雖然在談判之前，弄出一個董事會來集體付責的決議，但這只是秉着法不責衆的想法，其實也是一種逃避責任的辦法。而一但巴達維亞都沒了，弄不好議會真的會把董事會全體成員都拉去審判，也不是不可能的。因此雖然每個人心裡者想答應中國的條件，但誰都不敢表態答應。
既然不能答應，又不能開打，那麼就只剩下最後一條路了，就是撤離巴達維亞。但就在荷蘭談判代表團返回巴達維亞的時候，中華軍的李華梅艦隊也出動，在蘇門達臘島東南部的丹戎加蘭地區停泊，丹戎加蘭距離巴達維亞只有一道巽地海峽，截斷了荷蘭東印度公司從馬六甲海峽或者是從明打威海峽逃跑的路線。
這下連逃都逃不掉了，因此在荷蘭東印度公司的菫事會再度招開會議的時候，各董事們都是大眼瞪小眼，誰都沒有話說了。結果一連開了幾天的會，也沒有商議出一個結果來。
但荷蘭東印度公司董事會這樣拖來拖去，拿不出一個解決的辦法來，但中華軍可不會等着他們這麼慢慢的商量拖延，仍然如期向巴達維亞出兵。
成鋼率領着三支分艦隊，從文萊出發，在爪哇島的井裡汶附近地區登陸，與李華梅艦隊一起，對巴達維亞形成了夾擊之勢。
這一下荷蘭東印度公司的菫事會也沒有別的選擇，只能整頓軍隊，準備和中華軍交戰，畢竟巴達維亞方面不可能就這麼束手就擒。同時也派人到馬打蘭蘇丹國去，請求馬打蘭出兵援助。
但成鋼當然是不會等着馬打蘭蘇丹國的援軍趕來，使自己陷入腹背受敵的局面，因此立刻下令中華軍，分海陸兩線，向巴達維亞發動進攻。而巴達維亞方面，也組織兵力，分海陸兩線迎戰。
這時在巴達維亞的荷蘭軍隊還有各種戰艦四十七艘、絕大部份的戰艦都參加過加裡曼丹島之戰，戰艦所受的損傷到是都已經基本修復，但毎艘戰艦的彈藥數量都不足，最好的也只有七成，而至少有三分之一的戰艦彈藥數量不足五成，而陸軍方面，有荷蘭軍四千餘人，土著士兵三千餘人，但土著士兵沒有裝配火槍。這也是遠征軍的最大瓶勁地方，就是補充難以維濟，雖然巴達維亞也有兵工廠，但規模有限，難以維持大軍的供應，而且製做的火藥也不可能全給海軍，陸軍也要留一部份，荷蘭軍隊這樣的兵力，當然沒有和中華軍正面作戰能力，因此戰術也是以防守爲主，在陸地據城而守，而在海面上，艦隊配合岸邊的炮臺，與中華軍相抗衡。
不過雖然說現在荷蘭軍的兵力不足，但畢竟在巴達維亞經營了多年，甴其是在巴達維亞修築了一道堅固厚實的城牆，而且這道城牆並不是傳統冷兵器時代的城牆，而是釆用棱形結構，並帶有炮臺、射擊孔的近代防禦工事，而且在城牆外還建有四個小型要塞，而且現在城裡還保存着不少的武器彈藥。因此巴達維亞的防線還是十分堅固的，雖然中華軍在兵力上佔優，但由於是跨洋遠征，全軍都缺少重型火炮，在正常情況下，中華軍想要攻克巴達維亞，還是要付出一定的時間和傷亡。
但現在並不是在正常情況下，因爲經過了加裡曼丹島之戰以後，荷蘭士兵都知道，現在戰場的大勢已去，自己根本無法戰勝中華軍，一場註定要失敗的戰鬥，當然不會有人去打。
如果是在歐州，爲荷蘭的自由獨立而戰鬥，荷蘭士兵到也能夠併發出高昂的鬥志，就算是明知不敵，也會抵抗到底，但現在是遠離荷蘭萬里之遙的巴達維亞，沒有一個士兵認爲，保衛巴達維亞是在保衛自己的利益，相反每一個士兵心裡都在想着的是，巴達維亞和我有什麼關係，我爲什麼要爲了保衛巴達維亞而拼命。因此全軍的士氣都非常低落。
這種情緒當然也影響到了荷蘭土兵的戰鬥意志，在戰鬥打響之後，面對着中華軍以猛烈的火槍射擊壓制時，雖然中華軍的火槍射程比荷蘭火槍要遠，但荷蘭城上的火炮卻是都可以打擊到中華軍的排槍射擊當中的，但荷蘭軍的抵抗卻十分乏力。結果在城頭上也完全被中華軍的火力給壓制住了，被中華軍打得不少荷蘭士兵連頭都不敢擡。
而在壓制住了荷蘭城牆的火力之後，中華軍也馬上派出爆破隊，對城牆展開了爆破。但不得不說，荷蘭將巴達維亞的城牆修築得確實十分堅固，中華軍一共發動了三次爆破，雖然在城牆上炸出了兩個大坑，但竟都無法將城牆給炸開。
中華軍的陸軍指揮官，第七軍的軍長田楚也看得直嘆氣，這城牆也建得太牢了吧，怎麼這樣炸都炸不開呢？不過雖然中華軍的爆破不成功，但一直牢牢的壓制住了牆頭的荷蘭軍火力，在一開始的時候，荷蘭軍也還會發動一些反擊，用火炮攻擊中華軍的陣列，並且用火槍打擊中華軍的爆破組，也對中華軍造成了一定的傷亡。
但中華軍進行的三次爆破，雖然沒有炸開巴達維亞的城牆，但也給荷蘭的守軍造成了很大的壓力，畢竟毎一次爆炸，在城牆上都會產生巨大的震動，而且三次爆破也不可能一點效果都沒有，在城牆上，在城牆內側的一面，都出現了不少的裂紋，顯然城牆的承受力也達到了極限。因此有不少荷蘭士兵都不敢在城牆上停留，紛紛逃離城牆。由其是在炸出大坑的城牆段，基本都沒有任何士兵留守了。
而就在這時，中華軍也對巴達維亞的城牆發動了第四次爆破。這一次爆破比前三次都要順利得多，一路上幾乎沒有遇到荷蘭守軍的任何阻擊，十分通暢的就到達了城牆邊，爆破手在爆破地點放置好了火藥，拉出了引線，在點燃之後，立刻撤離。
由於前三次其實己經對城牆造成了相當的損傷，因此隨着一聲爆炸的巨響，這一次爆破終於取得了成功，巴達維亞的城牆被炸開了一個十餘米寬的大缺口，碎石土塊只堆起了一丈多高，而且還有一個很大的緩坡。隨後中華軍的突擊隊也立刻向缺口發動了衝鋒，一舉突破了缺口，殺入巴達維亞的城中。
在有城牆可守的時候，荷蘭守軍還能夠堅持得住，但在城牆被炸開之後，荷蘭守軍也頓時徹底失去了抵抗的意志，對中華軍的突進，荷蘭守軍根本沒有做任何阻擋，任由中華軍突破了城牆缺口，向巴達維亞城裡擴展。而且在這個時候，荷蘭士兵自由、散漫的性格也發生了很大的負面作用，有些士兵向巴達維亞城中心地區逃走，也有一些士兵乾脆向中華軍投降。
當然也有少數荷蘭士兵還是在堅持抵抗，同時也驅使着一些土著士兵與中華軍作戰。但在這個時候，中華軍的氣勢如虹，人人勇猛，而且無論在兵力、還是武器，以及打巷戰的經驗上，都要遠遠超過守軍，荷蘭士兵到是能夠和中華軍打幾個回合，但無奈人數太少，改變不了大局，而土著士兵更是隻能打醬油，起不到任何作用。
中華軍首先用手榴彈向守軍猛炸了一陣，然後又舉槍射擊，打得守軍傷亡無數，隨後衝上去使用刺刀，與守軍展開白刃戰，只殺得守軍紛紛倒地身亡，結果只用了十幾分鐘的時間，就將守軍最後抵抗給擊潰了。隨後中華軍也兵分數路，向巴達維亞城的中心擴展。
而就在中華軍的陸軍炸開巴達維亞的城牆，攻入城中之後，雙方的海軍也在巴達維亞的海面上，展開了激戰。