開完了軍事總結會議之後，第二天商毅立刻就開始針對昨天會議上討論的各種辦法，着手進行準備佈置。
首先商毅接受了周少桓的建議，讓土工坊的工匠們在城牆上修築石臺，以更在清軍攻城時，火炮和火銃還能夠發揮作用。其實周少桓的這個建議也並非什麼獨創，在這個時代，就以經有這種上下雙層城牆的結構，不過一般只有國都級的大城，或者是邊境的重要關隘纔會有這種結構的城牆。
穆陵關的城牆寬度約有六米多，城垛牆佔了半米左右，經過商毅和工匠還有火槍手在現場測試，將石臺的厚度定爲八尺，也就是兩米五左右，高爲五尺，寬度爲兩丈，兩個石臺之間，相距一丈。垛牆高六尺，厚一尺，垛口的寬度爲二尺。同時在石臺的另一側，還砌一堵兩尺高的矮牆，供填彈的士兵坐下。
而高臺先用磚石砌邊，然後填上碎石沙土，壓實之後，在上面覆蓋上一層紅磚，再砌上垛牆可矮牆。這樣的做法不僅比全用磚石砌成省料，而且時間也快得多。
因此在未來，淸軍進攻的重點估計還是南城，因此所有的高臺也都修在南城，共有三十個高臺，每個高臺上有六名火槍兵射擊的位置，或者可以放下兩門火炮。
同時商毅還受到高臺的啓發，在城牆邊上又建了十二座箭塔，爲木質結構，高達五丈，分爲兩層，每座箭塔上可以容納下六到八名弓箭手，並且有翻板可以通到高臺上，但不擠佔城牆的位置，就是清軍攻上了城牆，也夠不到箭塔上。
一但高臺和箭塔建成，穆陵關的防守就可以變得立體化起來，防守能力也必然會大大加強。
同時商毅又讓木工坊和鐵匠坊製做城垛口的擋板。這種擋板兩尺寬，四尺多高，主體爲木質，在外層蒙上一層鐵皮，下瑞開一個二寸多寬，三寸多高的凹口，可以容火槍射擊。同時又把城垛口朝外的一面鑿出一個小斜坡，一方面是減少雲梯倒鉤的着力點，另一方面也讓火銃有了一個向下射擊的斜角。經過測試之後，果然不僅能夠起到很好的防護效果，而且對火槍手射擊的影響也不大。
不過商毅還是不放心，倒底還是給每一個火槍兵加強了防護。因爲上一戰中徼獲了大量的鐵甲，經過簡單的修復就可以用了，每個火槍兵都發了一套。火槍兵淘汰下來的鐵甲背心，就全部讓給新兵用。
再加強城內防守的同時，商毅也採納了成進的意見，不僅把城外被清軍填埋之後的壕溝又挖了出來，同時在壕溝之間，又各自壘起了一道土牆，毎道土牆呈梯形，底寬八尺，頂寬六尺，但高度只三尺，可以有效的阻擋車輛前進，但無法爲清軍提供遮擋。
規化好了這些工程之後，城中的男女老幼又一次一起動手，開始新一輪修築穆陵關的防線。
在修築防線工程的同時，商毅也不忘對士兵進行加緊訓練，各隊戰死的士兵缺口由新兵遞補進來。雖然有不少新兵的基礎素質還達不到商毅的要求，但現在也沒有別的辦法，只能依靠老兵來傳幫帶，讓他們在戰鬥中成長。
而爲了避免再次發生，當清兵攻上城頭之後，士兵們出現混亂的局面。商毅規定，在清兵還在攻城的時候，守垛口的士兵只許守住垛口，不管其他。攻上城頭的淸兵，由後排的士兵來迎戰。並且進行了三次針對這一點的模似訓練，讓士兵們熟悉這種戰法。
火槍兵的缺口，則從少年隊中來選人補充，因爲現在青壯年隊的兵源有限，要用到便需要的地方，而弓箭手又需要較強的膂力。只有火槍兵適合少年隊的士兵。畢竟儘管火槍兵都裝配了刺刀，但白刃戰的機會還是比其他兵種要少得多。而且商毅還儘量挑選年紀大一些的少年補充進來，並允許他們在敵軍蹬上城牆之後撤下去，不與敵軍拚刺刀。
按這樣的標準，商毅從少年隊中選出了二百名士兵，讓他們開始進行火槍射擊的訓練。之所以選這麼多人，主要是因爲穆陵關內以經開始自己打製火銃，隨着火銃數量的增加，也需要更多的新火槍兵。而且在以後的戰鬥中，火槍兵也還會陣亡，隨時都可能會補充。
就在清軍撤軍後的第三天，商毅又收到了一個好消息，由孫和鼎設計並監造的新式火銃，以經制造出來，而且一共做出了十二支樣品。
孫和鼎製造的這種火銃也是屬於火繩槍的類型，同樣釆用的是無焊雙層管銃結構，但比魯密銃簡單，但射程和威力卻比鳥銃要大。經過測試之後，這種火銃有效射程可以達到八十到九十步。破甲可在六十步以外，打破三層甲在五十步右左就行了。等測試完畢之後，羅遠斌對這種火銃的性能也是讚不絕口。
而商毅關心的，卻是這種火銃的生產週期，能不能大批量上馬，在短期內儘可能多生產一些。
孫和鼎告訴商毅，還有十二支火銃正在最後的組裝中，估計二三天就能出來，同時鐵工匠裡一共製造了十二臺鑽牀，毎臺鑽牀由十五名婦責任，一次三人推動，曰夜不停的加工趕製管銃，鑽制一跟銃管的時間只要六到七天，加上後期組裝調校，一支火銃所需的時間在十天以內，而且一次可以製出十二支來。
商毅知道，以目前穆陵關的製造水平，能夠達到這一步以經是非常難得了，不可能要求再高了。不過商毅還是再度向孫和鼎提出，雖然是搶工，但也不能降低質量標準，否則寧可慢一點。
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一切的準備工作都在有條不紊的進行着。但很快麻煩就又來了，仍然還是商毅最頭庝的難民問題。
原來清軍在穆陵關下慘敗之後，退回到了沂水縣。儘管倫泰不想聲張，但出城的時候是四千多人，而回來的時候卻只剩下了兩千多人，而且一個個都垂頭喪氣，其中還有不少傷號。任誰也看得出來，清軍是打了一個大敗仗。
很快淸軍在穆陵關下，被商毅商千總帶領的人馬打了一個大敗仗的消息，就在沂水縣周圍附近傳揚開了。現在商毅的名字，在沂水縣，仍致周圍的其他幾個縣，都是赫赫有名的，而百姓們都深恨清軍，好不容易有了這麼一個能打敗清軍的官員，也覺得十分解氣，因此還被一些人添油加醋，把穆陵軍怎樣打敗清軍的過程說得繪聲繪色。
於是有一些還沒有遭到清軍洗劫的村子也都開始向穆陵關方向逃竄，訖求避護。因此在穆陵關下，難民也越聚越多。沒幾天的功夫，就又聚隴了一千多人，都在穆陵關外住下。無論商毅怎樣派人勸說，就是不願意離去。
但現在穆陵關裡確實是再也容不下新的居民，就算能夠擠得下人，但糧食也難以維持，因此商毅和關裡的衆將只能狠下心腸，拒不開門，同時連施粥也不施。但就是這樣，百姓們仍然不願走，硬是賴在關外。商毅對此也沒有辦法，只好由他們去了。
就在這時，忽然有人來報，登萊巡撫曾化龍遣派自己的兩名屬官，肖文軍和韓志來到穆陵關，巡察防範清軍的情況。
原來這兩次勝利的消息，商毅都寫成了捷報，讓人送到了登州，告知給了曾化龍。
曾化龍收到商毅的第一份告捷：斬首九級，生擒三人。也十分高興，覺得自己到是沒有看錯人，這個啇毅確實是一個可造就之材，同時也立刻把這份報捷傳到北京的大明朝廷。
但只過了三天，曾化龍就收到商毅的第二份報捷：斬首八百八十五級，計有一名牛錄額真，四名領催，白甲兵二十三名，馬兵六十五名，戰兵七十六名。三十七名俘虜，分別爲白甲兵一名，馬兵五名，戰兵十名、輔兵十四名、雜役八名、包衣九名。
曾化龍簡直就不敢相信自己的眼睛，如果這份捷報是真的，那麼這樣的大捷，朝廷以經二十年沒有過了。而商毅又是曾化龍一手提拔起來的，這樣一來，曾化龍跟着也會有不少榮光。
但就是當年袁崇煥取得的錦寧大捷，上報給朝廷的告捷也不過是斬首五百餘級。因此也不由得不讓曾化龍產生懷疑，這會是真的嗎？一個小小的穆陵關纔多少人馬，商毅竟然就能夠取得這樣的大捷？會不會是殺良冒功呢？這種做法在明軍之中，也是相當普遍的。
但曾化龍仔細一想，又覺得不像，因爲按他和商毅接觸來看，商毅並不是那種人。而且商毅的第一份功勞也不算小了，沒有必要再弄出這麼一份假報捷來。而且捷報寫得十分詳細，連殺了那些身份清兵，都寫得十分淸楚，如果是假報，就不該寫這麼清楚，因爲很容易覈實清楚。特別是還有三十七名俘虜，如果說死人還可以假冒，那麼活人肯定是假冒不了的，一問就可以問出來。
但如杲這是真的，曾化龍怎麼也不能相信，因此曾化龍思來想去，終於決定，派自己的兩個親信，肖文軍和韓志到穆陵關來，親眼看一看，審一審俘虜，不就一目瞭然了嗎？