就在中華軍在南方戰場全線告捷的同時, 在南京政府和清廷的第二輪談判, 也在進行着。
在用鄭芝龍一家換回了阿巴泰、嶽樂父子之後，清廷上大也對這一次談判充滿了期望，因此派出的官員級別也比上一次提高了一個層次，一共派出了二滿二漢，共四位談判大臣，兩名滿臣是滿洲鑲白旗，保和殿大學士，一等阿達哈哈番額色赫；白旗滿洲梅勒額真，巴牙喇纛章京鄂碩；兩名漢臣是漢軍正藍旗，二等精奇尼哈番佟養性；兵部尚書，兼右副都御史，總督直隸張存仁。而南京方面，仍然是甴李巖付責。
但談判一開始，雙方就因爲土地割讓的問題，陷入了僵局，清廷提出的條件是割讓陝西全省，另加山西省的平陽府、泌州、潞安府、澤州四個地方。但南京方向則堅持要求，清廷必須全部退出長城以北去。雙方誰也不願意讓步，結果第一輪談判就這樣不歡而散。
不過就在雙方談判的時候，南方的捷報也一份一份發回到了南京，每一次捷報都會在改名爲［中華時報］上發表，因此清廷的使者也當然都可以看到。儘管這時南方還沒有徹底的平定下來，但從中華軍的勢頭來看，南明朝廷根本就不是中華軍的對手。
這也給清廷的談判團帶來了很大的壓力，因爲四名談判大臣都十分清楚，現在南京方面之所以願意和清廷談判議和，就是因爲南方未平，因此中華軍在南方的軍事行動遇到的困難越多，越是不順，就對清廷越是有利，而南方如果是不甚一擊，那麼南京也就根本就沒有必要和清廷談下去了。而現在的情況，也正是清廷最不願看到的。
因此四個人一商量，立刻派人通知南京方面，請求馬上進行第二次會談。南京政府也沒有拒絕清廷的要求，立刻安排時間，雙方又開始了談判。這次清廷方面提出，雙方即然是在割讓土地的問題上爭執不下，不如先把這一條放下，商談其他的條件，等別的條件都談好之後，再談土地問題。
李巖也覺得，這不失爲一個折中的辦法，要不然兩次談判，什麼事情也都沒有談出來，也說不過去。因此也同意了清廷的這個意見。但南京方面在其他的條件上並沒有太多的要求，也不想和清廷斤斤計較，只花了半天的時間，敲定了八項條款，只剩最後的土地割讓這一條，再也繞不過去了。
結果下午雙方又開始談土地割讓，立刻又陷入了僵局中，清廷代表堅持認爲，山西、北直隸是清廷從眀朝奪取的，而南京政府是一個新的王朝，並不對這一片土地擁有主權，因此這一片土地理所當然是屬於清廷所有，而且現在清廷己經定都在北京，當然沒有理甴割讓給南京。
而李巖則據理力爭，長城以內的土地，自古以來都是中原王朝的固有土地，南京政府做爲一個新的中原正統王朝，自然不能把這一片土地分割出去，因此無論如何，清廷也必須要割讓出來，這是雙方議和的前提條件, 清廷如果不接受這個條件, 議和也就無法談成。
雙方在一次爭論不下，最終也只好再度停止談判。雖然這一次敲定了其他所有的條件，但南京方面最看重的，還是土地問題，實質上並沒有取得任何的進展。而南京內閣和商毅這時對談判己經失去了耐性和信心，因此商毅也向李巖下令，準備向清廷的使者發出最後通諜，要麼接受南京方面提出的條件，要就終止談判。
就在這時，南方再次發回來告捷，中華軍己經連續收復了福建、廣東、廣西三省，三個南明朝廷，已經被中華軍滅掉了兩個，而唯一倖存的永曆朝廷也只是苟延殘喘，現在整個南方只剩下四川的吳三桂還可甚一戰。
這一下連商毅也覺得有些意外，因爲在另一時空裡，清廷爲了徹底清除南方的南明餘勢，足足花了近二十年的時間，不少地方都是反覆爭奪，而且還搭進去了兩個王爺，又勞動了洪承疇二次出山，才免強平定了南方。
雖然說南京政府在各方面的條件都比另一時空裡的清廷佔優，但在本時空裡，南方又多出了一個吳三桂，同時還有躲在雲南的大西軍還沒有出戰，因此商毅也估計，怎麼樣也要二年左右吧，而第一期的目標，福建、廣東、廣西三省，商毅給出的時間是六到八個冃，但現在只用了兩個多月的時間，這也確實是太快了一點。
按這樣的進度，只要是給軍隊提供足夠的支持，在一年以內，基本就可以平定南方了，那怕是現在南方多了一個吳三桂，或者是丶大西軍同樣參戰。
商毅也知道南方的戰事急不得，因爲南方不同於北方，並不是攻佔了就能穩住，在另一時空裡，南方各地就經常出現反正、反叛、反清舉義等事件，雖然說中華軍並不是清軍，百姓對中華軍的認同感來，要比清軍好得多，但南明朝廷在南方還是有一定的號招力，甴其是在士大夫這階層上，因此也不能不防，打下一地之後，一定要牢牢守住，再向其他地方發動進攻。
因此商毅一面下令軍隊在廣西暫時駐紮修整，把抓住的南明皇帝，宗室，主要大臣都押送到南京來，一面也下令內閣，立刻開始向南方派遣各級地方官員，儘快穩定住地方，恢復社會秩序，生產經濟。而內閣現在剛剛把河南的事情處理得告一段落，南方三省馬上又接踵而來，簡直就是連軸轉，連一點歇氣的時間都沒有，只覺得中華軍的速度是不是太快了一點。
而做爲內閣一員的李巖，也自然沒有多少時間可以和清廷的談判使者耗下去了，就在第二天，李巖立刻招見清廷的使者，要求開始第三次談判。
不過雖然說是談判，但等雙方到齊之後，李巖直接了當道：“四位，昨天的［中華時報］四位想必都已經看也了，所以我也不想多廢話，退出長城以北，是我們的條件，絕不能退讓，如果你們答應，那麼今天就可以簽約，如果還不答應，那麼我們就不想再談下去了，請你們馬上離開南京。”
四個人昨天當然都看過［中華時報］因此也都憂心叢叢，眼完着南方這麼不堪一擊，南京政府恐怕更不可能在談判中讓步了。而額色赫還跺着腳大罵尚可喜，實在是太沒有用了，如果能在廣東多抗幾天，打一二個勝仗有多好，自己在談判時，底氣也足一些了。但現在自己還有什麼資本去和中華軍談了。
因此李巖招他們去進行第三次談判，老實說每個人心裡都清楚，李巖的立場一定會更堅持，談判也會更艱難。但誰也沒有想到，李巖居然是下達了最後通諜，一下子四個人也都啞口無言，這也說明現在南京政府對南方的戰事已經充滿了信心，不想和清廷在土地上多做糾纏，畢竟南方一平，中華軍的下一個目標必然是指向北方了。在這種情況下，確實沒什麼可說的了。
過了好一會兒，額色赫才道：“李閣老，想要我大清退出長城以外，事關重大，我們四人都不能作主，因此必須回去轉告朝廷，由朝廷來決議，然後進行談判。”
李巖也知道，這是大實話，北京那邊不同意，就是強逼這幾個人簽了和約也沒有用，因此道：“可以，不過有兩點我要事先提醒四位，如果你們不接受我們的條件，那麼就沒有必要再舉行下一次的談判了；如果你們現在拒絕我們的條件，不願退出長城以外，那麼最多一年的時間，我們會用火炮火槍，把你們趕出長城以外，而且連長城以外的地方，也不會留給你們。把我提出的這兩點轉告你們的朝廷，何去何從，你們自已好自爲之吧。”
說完之後，李巖一甩袖孑，轉身離開了會談室。而四名清廷的大臣互相看了幾眼，也都回館驛收拾東西，離開了南京，返回北京去了。
商毅接到李巖的回報之後，也點了點頭，看來這個時代的清廷還有幾分遊牧民族的血性，估計是不會答應自己提出的條件，不過商毅也不在乎，反正從現在的情況來看，收復南方的時間比自己預想的要快，而北方的地方早晚都是要收復的，因此也對李巖道：“好吧，和清廷的談判就到這裡，李先生，南方的戰事進展，還請你多費心一些，雖然說，我們在南方的進展情兄很好，但也出現了不少問題，一是士兵的後勤保障，還有藥品和疾病的控制。另外還有一點，現在我們已經和雲南的地界接壤，因此我擔心逃進雲南的大西軍會干涉南方的戰事，這也不能不防。”
李巖也點了點頭，道：“大王放心，臣一定會盡力準備，以防任何不測之事。”