?雖然商毅也想通了，先打誰後打誰都差不多，但也這並不是說馬上就做出決定，總是還要比較一下，先選擇一個容易的動手，不過商毅也給自己定出了一個時間，在十二月十五日之前，一定要做出最終的決定。
不過首先被商毅排除掉的，是對南北兩線同時用兵。
儘管以現在中華軍的兵力來說，確實已經可以支持雙線作戰了，但戰爭從來都不僅僅是兵力的多少的事情，還有後勤保障，物資供應,這些又涉及到徵調民役。而雙線作戰的人力物力消耗, 由其是在完全不在一方向上的兩個戰場上作戰, 要比在單一的戰場大得多。因爲這就需要設立兩個後勤供應中心，什麼都必須是雙份供應。假設說在南北兩條戰線上分別投入十萬兵力作戰，那麼所需用後勤保障的人力物力，要遠遠超過只在一條戰線上投入二十萬兵力作戰的需求量。因此任何形式的雙線作戰，都不是上策，要盡力避免。
雖然說以目前南京政府的實力，還是供得起這樣的消耗，但在現在大局己定，勝券在握的時候，也沒有必要選擇這種消耗過大的雙線作戰。而且經過了中原大戰之後，南京政府爲戰爭儲備的物資也己經消耗了大半，白銀的庫存到是還足夠，但物資己經不那麼充裕了，如果再要進行大規模的戰爭，要麼加徵稅收，要麼大量發行貨幣，引發通貨膨脹，才能保證戰事的供應，而同時還需要徵調大量民役來保證後勤運輸供。因此最理想的做法還是控制戰爭的規模，南北二線一線主攻，一線主守，這樣一邊打仗，還可以一邊慢慢積累國力。
因此商毅也排除掉其他的因素，僅從純軍事角度考慮，南北二線進行對比，首先是現在清廷己經元氣大傷，在短時間內沒有力量再向中華軍發動進攻了，而全面恢復到戰前的國力，估計需要二十年左右的時間。而南明各朝這幾年都沒有發生戰事，還都保持着相當的實力，有能力發動戰爭的能力。
其次從心理上來說，這時清廷的大臣和武將，對中華軍己經產生了極大的恐懼心理，就算國力有所恢復，也未必敢輕易向南京政府發動戰爭，就算朝廷下令，前線的軍隊也會再三考慮；而南明各朝因爲和中華軍交戰較少，而且南明的皇帝和執政大臣又多以正統自居，這種顧慮也少得多，因此如果中華軍向北用兵，南明肯定會在背後搗亂，而相反如果中華軍舉兵向南，清廷出兵的機率就小得多了。
再次是現在商毅政權的重心還是在南方，因此向南用兵，戰線也要比向北短得多，可以直接以南京爲後勤基地，另外南方的福建，廣東、廣西均是沿海地區，可以發揮中華軍的海軍優勢和海路運輸能力，因此從消耗上說，向南也比向北要小。
最後一點是中原地區久經戰亂，現在己經十分荒廢，現在剛剛收復，急需要招撫居民，恢復生產，如果繼續對北方用兵，中原地區也一定會受到影響，因爲所有的軍隊，物資、用度的調配都要從河南省通過，必然需要從河南省抽調人力物力，甴其是開年之後，馬上就要開始春耕，如果在這時進攻北京，也會對中原地區春耕造成一定的影響。那麼恢復重建工作就還要推後。
基於這幾點因素的考慮，商毅也逐漸傾向於先平定南方，然後再向北用兵。
而就在這時，又發生了二件事情，也促使商毅的想法最終被確定下來。
一個是清廷向南京派出使者，正式向南京政府提出了議和的請求。
原來在福臨和幾名親信大臣商議決定，以割讓土地和稱臣爲條件，與南京政府議和，並委任濟爾哈朗付責擬定議和的詳細條件，濟爾哈朗和洪承疇、范文程等人進行了詳細的協商之後，決定可以向南京政府割讓陝西省的西安、鳳翔、漢中、鞏昌、泯州、洮州六府，或是山西省的平陽、汾州、遼州、泌州、潞安州、澤州六府。如果勢不可解，甚致可以將陝西全省都割讓也南京。
因爲現在的淸廷對陝西的控制力度很差，幾乎是孤懸於西北，而且陝西在明末的時候就經受十幾年的戰亂，社會生產幾乎全被破壞，而清廷入關之後，雖然也在陝西搞過屯田開荒，招撫流民，但又因年年征戰，這些工作大部份都流於表面，加上年初的時候，陝西也爆發了反清的起義反正，本來稍有一點起色的恢復重建，又被破壞了大半，因此現在陝西的情況和明末相比，也不過是五十步笑百步。
這樣一來與其還強留着陝西，還不如把這個包袱甩給商毅去背，如果商毅接手了陝西，也要花費大量的人力物力去恢復重建，一但弄得不好，還容易激起民變，要是再鬧出一次流寇作亂，也夠商毅受的，致少拖住他二三年的時間，是完全有可能的。
而在稱臣的條件上，確實讓濟爾哈朗等人花了一番腦筋，最後做出的決議是清廷可以對南京取消國號，稱商毅爲南國之主，而清廷自稱北國之主，兩國之主可以兄弟相稱，商毅稱兄，福臨稱弟。
因爲現在商毅只是稱王，而並沒有稱帝，因此雙方以南北之主互相稱呼，對商毅來說，這等於是變相承認他是南方的皇帝，也算是提高了他的尊號，而雖然清廷不能自稱爲帝，但在尊號上和南京還是保持平等，也算保住了面子。而締結兄弟，因爲商毅的年齡比福臨大，可以稱兄，在說法上當然好聽一些，而福臨只是因爲年齡小，才以弟自稱，這樣也說得過去。
也可以說，弄出這些條件來，濟爾哈朗和洪承疇、范文程也確實是煞費了一番苦心，把漢語中的文字遊戲玩得出神入化，當然從割讓土地上來說，也確實是做出了相當的讓步，現在清廷在關外一共也就只剩下河北、山西、陝西這三個省，而且其中以陝西的面積最大，這一下就割去了近四成的土地，不管出於什麼樣的目地，但付出的代價也絕不算少了。
福臨對這些條件也比較滿，至少是保住了山西和京師，再加上關外和蒙古，如果清廷再好好休養幾年，也未必不能再和南京爭一爭。而且在稱臣上也不算，其實也並不是讓福臨真向南京稱臣，而是和商毅稱兄弟，誰讓福臨的年紀小吧？
因此福臨也立刻下旨，命濟爾哈朗派人與南京聯絡，試探南京的態度。
第二個是臺灣的沈壽崇向南京發來的報告。原來南京與荷蘭絕交之後，商毅下令驅逐了荷蘭商館，同時也下令駐守臺灣的沈壽崇，命他驅逐臺灣的荷蘭人。沈壽崇接令之後，立刻向臺灣的荷蘭人下達了通告，要求荷蘭人撤出臺灣，而這個要求也理所當然的被荷蘭人拒絕。而沈壽崇也隨即下令出兵。
這時中華軍在臺灣有一個旅的正式駐軍，是隸屬於南京軍區管轄，另外大約還有一萬多的民兵部隊，旅長是沈壽崇的弟弟沈壽嶢，不過只有一個團配備了火槍，另一個團還是用冷兵器。但這時荷蘭人在臺灣的總兵力只有八百多人，加上當地土著組成的軍隊，也不超過一千五百人，而且土著也沒有火槍，因此雙方的兵力懸殊極大。
另外這時的臺灣己有大陸的漢族移民近三十萬，本土的歸化土著六萬餘人，歸化的曰本人也有三萬多，還有被勞動改造的俘虜三萬餘人，總人口數超過了四十萬，而歸化荷蘭的土著只有一萬多人，因此雙方的後援力量相差更大。結果雙方交戰，荷蘭人被殺得大敗，在臺灣佔領的土區也都紛紛被中華軍佔領，歸化荷蘭的土著不是投降，就是被中華軍滅族。最後荷蘭人的殘餘力量都退進了赤嵌城和熱庶攔城這兩座城裡駐守待援。
赤嵌城和熱庶攔城是荷蘭人在臺灣修建的兩座要歐州塞式的城堡，當時本是打算防備西班牙人的進攻，就可西班牙在呂宋修建馬尼拉城是一個道理，因此這兩座城都修得十分堅固，而臺灣的中華軍缺少重型火炮，一時也難以攻破這兩座城。
而這時中華軍正在進行中原大戰，當然不可能給臺灣分撥兵力和武器，於是，沈壽崇也只好下令，將赤嵌城和熱庶攔城團團圍困，想困得荷蘭人彈盡糧絕，不得不獻城投降。到現在己將兩城困了一個半月了，但就在這時，沈壽崇聽聞一些呂宋的商人說，荷蘭的巴達維亞當局己經收到了消息，準備向臺灣派遣援軍。於是沈壽崇和兄弟一商議，認爲臺灣的中華軍缺少火器，難以攻破兩城，而正好現在中原大戰己經結束，中華軍大獲全勝，於是兩人立刻聯名向南京發來報告，希望南京能夠支援臺灣的戰鬥，就算不能派兵來，如果兔撥來二十門重型火炮也可以。
收到了這兩份消息之後，商毅也立刻下令，招集內閣和統戰部的主要成員，首先開會討論與清廷議和的問題。因爲是否與清廷議和，既是南京政府的內政問題，但同時也是軍事問題，因此招集雙方同動開會討論。畢竟在許多時候軍政都是緊密相連，不可能分開的。