由皇帝直接掌握最後一個勢力，其實並不是一個部門, 而是一支軍隊, 也就是皇城禁衛軍團。
現在禁衛軍團的編制是二個步兵師、一個步兵旅、一個騎兵旅和一個特種兵團，共計兵力在三萬五千人左右，在裝配上，全部都換上了線膛槍和線膛迫擊炮等最新的武器。其中有一個步兵旅，現在留守在北京。其餘全部都駐守在南京，全部都駐紮在南京城裡。
在名議上，這支軍團是屬於南京軍區管轄，但將領的任命、罷免，都是由皇帝決定，而且這支部隊的士兵都是從各軍區抽調的精銳士兵，不僅專業技能過硬，而且在政治上也絕對可靠，任務除了保護皇城安全之外，還擔任皇帝或皇室成員的護衛，儀仗等等任務。當然在必要的時候，還可以上戰場。
如果真的有人想要圖謀反判的話，就憑着這支軍隊，商毅也就可以在短時間內控制南京城裡的局勢，發動一場全面的政變。因此這也是商毅手裡掌握的最爲重要的一張王牌。
當然商毅設立這三個機構的目地，並不是說要加強皇權，全面控制國家，如果是那樣的目地，也就不用費心去搞什麼三權分立了，只要沿用明朝的制度，就可以確保國家權力永遠掌握在皇帝的手裡，因此主要還是防止出現緊急情況。現在帝國己經形成的三權分立的結構，正是商毅最希望的政治結構，商毅並不會主動去破壞，但也不能不防，畢竟在這個時代的皇權思想仍然很重，很難說沒有人不想挺而走險，來謀奪皇位。
雖然說帝國政治結構決定了，很難有人能夠控制得了國會和內閣，但凡事都有萬一，在另一時空裡，既使是在三權分立的架構中，仍然出現了爲數衆多的獨裁者，何況現在帝國的改制並不徹底，還保了大量的封建殘餘，而且商毅也己經讓出了大部份的權力，因此一但出現了危急情況，商毅不可能一點還手之力都沒有，必需對自巳保留一手。而這三個機構，就是保證商毅在出現危急情況，有足夠的反擊甚致是主動出擊的力量，從一定意義上說，還可以保護現有的體制。
掌握了這三個機構，加上對國會的否決權，對內閣和司法部的提名權，儘管商毅讓出了大量的權力，但也差不多可以保證，皇位的穩定。
國家體制在一點一點的建立中，內閣、司法的各部門也都在構建中，但只有國防部，因爲需要等新任的國防部長周少桓從山東軍區趕到南京來，才能開始國防部的組建工作，另外也只有等國防部組建之後，商毅纔有可能對軍隊系統進行改組，因此在周少桓還沒有到達南京之前，軍事系統的組建也只能先放一放。
最後要制定的就是帝國的品級散官、勳爵制度，還有就是官員的俸祿制度。
中國古代的官員大體都有三個稱號：一個是品級散官，也就是所謂的幾品官員，如宰相是當朝一品，知縣是七品等。雖然從晉代實行了九品中正制以後，歷朝都使用正從九品做爲品級散官的標準，不過在每一品裡又分了二或三等，因此實際的等級往往都有四五十級，明朝的官職是文散官三十一級，武散官五十二級。而每一級都有一個相應的名稱，這就是品級散官。
第二個是實際的職務，如內閣首輔、各部尚書、巡撫、知府、知縣等，當然每一個職務也都有相對應的品級，一邊來說，做官都是重職不重品，只要是職位好，佔一個肥缺，品級差一點都沒關係。
第三個就是勳爵，其實在唐、宋、明時期，勳和爵是兩個概念，在明朝開國的時候，設了文勳十級，分別爲左、右柱國、柱國、正治上卿、正治卿、資治尹、資治少尹、贊治尹、贊治少尹、修正庶尹、協正庶尹。武勳十二級分別爲左、右柱國、柱國、上護軍、護軍、上輕車都尉、輕車都尉、上騎都尉、騎都尉、驍騎尉、飛騎尉、雲騎尉、武騎尉。而爵就是人們熟知的公候伯孑男五爵。雖然都有相應的品級，但都屬於榮譽稱號。但按一般的習慣，是重爵不重勳，到了清朝，纔將勳爵合一，不分文武，統稱爲爵。當然在官員封爵之後，除了榮譽之外，相應也會另外增加一份俸祿。因此歷代以來，官員也都以封爵爲榮。
雖然品級散官、勳爵制度，並不是官員最關心的事情，但也有必要制定出來，而且中華帝國畢競建立了一種新的政治制度，比如說國會的議員，到底應該怎樣算才合適，另外有了品級，也就能制定相應的俸祿制度。這就是關係到每一個官員的切身利益了。因此只有確定了官員的品級，整個官僚體糸纔算是真正的完善起來。
不過商毅並不想把官職制度弄太複雜, 因此取消了散階官的名稱, 只設了正從九品, 同計是十八個等級, 相對應的職位來說：內閣首相爲正一品，副相爲從一品，內閣大臣爲正二品，各部長，以及省長、直轄市市長爲正三品，省會市市長爲正四品，一般市長爲正五品，縣長爲正六品、鄉長、鎮長爲正七品。和明朝相比，最大的變化就是縣長由七品升到了六品，不過在縣以下還有一個鄉鎮級，因此這樣的改變也說得過去。
國會的品級設定爲：國會的議長正一品、執行議員正二品，候補執行議員正三品，普通議員，從正七品算起，毎出任一屆議員，可以晉升一品，一直升到正四品。因爲國會是三年一屆，可以無限連任，因此一個議員幹得好的話，連任個四五屆都沒有問題。
司法部是和內閣大臣平級, 以下的部門也依次類推。另外如中科院院士、工程師等一類的技術職稱，也都有相應的品級。最低爲七品，最高爲三品。只有軍隊的軍銜，不可品級掛鉤，單獨另算。
而勳爵制度，商毅也將勳爵合一，只設公候伯子男五爵，每個爵位內又分了上中下三等，一共就是十五個等級。不過只有皇室纔有權力受爵，而且受爵的對像可以是官員，也可以是平民，甚致是外囯人也可以。但軍人必須退伍之後，才能授爵。
當然有少數的重要官職，皇室將會授於相應的爵位，如內閣首相、副相，國會議長都會授伯爵，內閣大臣、執行議員都會授男爵，而軍人在退伍之後，也可以根據軍銜，獲得相應的授爵。
但和中國曆代的王朝不同，中華帝國的爵位與品級無關，沒有額外的加俸，也不能世襲，不過在受爵之後，皇室將會頒發相應的勳章，走到那裡都可以佩戴，因此爵位其實完全就是一個榮譽稱號，並沒有任何的實質意義。
官員的俸祿和補貼，中華帝國在建國的時候就制定下來了，不過當時的官職就不完善，因此俸祿也制定得很簡單，一共就分了六七個級別，而補貼也比較隨意，當然這也和帝國的財政一直都比較寬鬆有關，而且現在官員的數量也不多，因此也沒有必要在官員的俸碌上過於苛刻了。
中國古代的官員俸祿，以宋朝最高，在後世有人計算包拯擔任開封府府尹的時候，一年的俸祿加各種補貼，折算成銅錢，可以達到二萬一千八百七十八貫。折算成後世的貨幣，由於古代現代的購買力標準不一樣，因此大約在六百萬到二千萬之間，但無論怎樣算，都可見宋朝的官俸是相當高的。而且當時的老包還不是宋朝的最高官員。
而明朝的官員俸祿卻是走的另一個極端，是中國曆代最低的，一個一品官員的年奉，也只有一千四十四石，而七品知縣的年俸，只有九十石，在明朝的正常米價，一石米一般都在一兩白銀上下浮動，無論怎麼算，都高不到那裡去。因此明朝的官員俸祿，既使是加上各種補貼，最多也就翻上一倍，但也基本都很難維持基本的生活。因此明朝的大部份官員都必需靠灰色收入，才能匆保證正常的開支。
像海端那種守得住清貧日子的官員，在歷代也都是極少數，甚致只有海瑞一個人。不過海瑞死後, 家裡窮得連棺材都買不起，這也說眀，明朝的官俸制度，確實是太不合理了。
商毅當然知道，雖然高俸未必能夠養廉，但保證官員正常的收入，能夠過上相對比較富裕的生活，也是十分重要的事情，畢竟不能指望官員都講奉獻精神。想讓馬兒跑，首先就要讓馬兒吃飽才行。
而且帝國的財政狀況一直保持良好，在與歐州全面通啇之後，至少在未來二百年的時間內，帝國在海外貿易上都有利可圖，因此只要自身不發生太大的變故，基本就不會出大問題，對官員的俸祿制定，還有各種補貼加起來，要比明朝要提高了數倍，不過不在以糧食來計箅，而是全部以銀幣結算。
以同樣一個縣長爲例，按照帝國新的俸祿制度，一年的俸祿加上各種補貼、總計將在七千銀元左右，毎冄約爲五六百銀元，這個俸祿水平雖然還不如宋朝，但也相當高了，也足可以保證官員一家的生活質量。
就這樣中華帝國最後的幾項制度也都制定下來，可以完全正常運作了。