這次出動海軍第二、三分艦隊，加上亞莉桑德拉的旗艦海上玫瑰號，共計四十六艘戰船，包括二級戰列艦三艘，三級巡洋艦六艘，四級稱爲驅逐艦十二艘，五級護衛艦十艘。輔助戰船十四艘。另有後勤船二十四艘，飛剪船四艘。共計出動海軍士兵八千五百多人。
而在準備的時間裡，商毅和亞莉桑徳拉、成剛、黃震討論了許多細節問題，不過其中涉及戰爭方面的並不多，因爲戰場的變數太大，而且現在杭州也收到了中曰之間第一場海戰的結果，看起來日本的海軍也實在太不值一提了，討論的重點是如何從這一場戰鬥中獲取更大的利益。
因爲這一次戰爭，亞莉桑徳拉有談判權，說白了就是對薩摩藩的戰羊賠償要求，當然需要確定大致一個賠償原則，要高了薩摩藩承受不起，只會和商家軍硬扛到底，要少了又不划算。另一方面商毅也希望改變過去中國對戰爭的理解，打仗並不一定就是花錢，同樣也可以賺錢。事實上在近代的歐州各國都是越打越富的。
亞莉桑徳拉對商毅的要求當然是心領神會，畢竟這一套做法她從小就耳濡目染，熟得不能再熟了，在西班牙，在歐州，凡事打得對手服軟求和賠款的將軍，都會被視爲國家英雄，沒想到來到中國以後，也有這樣的機會。而成剛和黃震還是第一次知道仗原來還可以這麼打，也覺得十分新鮮。當然他們對商毅的要求可不會質疑，因此就這次戰爭的基調就這樣確定了下來。
三天之後，商家軍的海軍揚帆出發，開始了商家軍在海上的第一次主動對外發動的戰爭。
艦隊出發之後，商毅才由造船廠的廠長胡江濱以及其他主事人員的陪同，開始視查造船廠。
這時造船廠己經據有相當的規模，總佔地達兩百多平方公里，一共建成了大小船塢有十二個，分別爲大型船塢二個，中型船塢四個，小型船塢六個，房屋建築數百間，學校、工廠、酒店、商鋪等生活設施都一應俱全，專業的技術工人有二千五百多人，其中被評爲高級工程師的有六人，中級工程師十人，初級工程師二十二人；技師二百餘人。另外還有其他輔助工人二千多人。加上工人的家屬子女，總數超過了萬人，儼然就是一座小縣城。
以目前的造船廠規模，每年下水的船隻可以超過三十艘，其中軍用船隻佔到三分之二以上，總量可以達到三萬五千料以上，覈算成噸位數，約爲二萬一千噸。同時也己經開始接受民間資本的訂單，目前己有五條六百料船，二條一千料船開工了。而且隨着浙江地區對外的經濟發展，這樣的訂單還會越來越多，做爲一個開建只有兩年的造船廠，己經是相當可觀了。因此商毅也十分滿意。
視查完船廠之後，胡江濱還向商毅提出了一個造船廠發展的計劃，因爲這次的俘虜分配到造船廠的有二個團，共計七千餘人，胡江濱也打算好好利用這批勞動力，再開三到五個船塢，使造船廠的年量達到四十艘船，總量達到五萬料，力爭做到戰船民船的產量各佔一半。並且使造船廠真正實現盈利。
另外胡江濱還打算建造一艘二千五百料以上的西式超級大船。因爲現在造船廠己造出五條二千料的大船，而且中西式都有，積累了相當多的造大船經驗，因此胡江濱也希望造更大的船。而他的最終目標，是造出當年鄭和下西洋時的大寶船那麼大的船隻。
商毅對胡江濱的雄心壯志也非常讚賞，不過現在商家軍的所有新建、擴建、改建項目的都有嚴格的審批程序和施工制度。在自己統制的區域內，實行制度化、程序化，以條例制度代替人爲制度，是商毅所求的最終目標。
儘管商毅非常贊同胡江濱的船廠擴建計劃，而且以他的個人威望，也完全可以拍板就決定，但他並不打算破壞自己制訂的制度，因此也要求胡江濱及造船廠的其他負責人首先提交一份項目建議書，交給工建司審覈。一步一步按程序走。
這時前線的消息也傳回來了，商家軍發動的魯南戰役，己經全部結束。在這次的戰鬥，商家軍分兵兩路，分從南北夾攻魯南地區。
自從江淮一戰之後，清軍的中路軍元氣大傷，多鐸一直退守到了歸徳府，然後分兵守衛徐州、宿州、毫州等地，免強只能保護淮河北岸到黃河南岸一線。在淮東北部地區的防守十分空虛，有不少地方跟本就沒有清軍駐守。而駐守山東的阿巴泰現在也只能集中兵力，駐守北部的青州、濟南一線，山東南部一帶的地區雖然都派遣了地方官員，但派駐的清兵並不多，大多數地方都是組織地方民團兵力守城。
這樣的武裝力量那裡能夠抵擋得住商家軍的進攻，結果兩路進軍都十分順利，幾乎是勢如破竹一般。南路軍由成進率領，渡過黃河之後，一路北上，連續攻取了沭陽、海州、宿遷、贛榆等地，整個運河以東的地方，全部都歸商家軍所有；而北路的周少桓和童大勇率領，舉兵南下，一路攻取了莒州、蒙陰、沂州、郯城等地，攻取了魯南地區。雙方在淮安府和兗州府交界的郯城、贛榆一線勝利會師，取得了完滿的勝利。
全部戰鬥也只用了十幾天的時間，人馬所到之處，清軍不是棄城而逃，就是拱手投降，幾乎沒有發生過千人規模以上的戰爭。等戰事全部結束以後，商家軍一共奪取了兩個州城、十二個縣城，殲敵一千三百餘人，投降五千餘人，不僅又擴地二萬多平方公里，而且也將目前商設的全部領地都連結在了一起，就是從杭州派出的船隊也可以在海州、靈山衛等地停靠上岸，直接送到山東戰區，而不必非要繞過山東半島，才能在登州地區靠岸。
到這個時候，商毅己經控制了北起勃海南端，南至臺灣北部的所有中國沿海地區，縱跨有山東、南直隸、浙江三省，地域近二十萬平方公里，人口約八百五十餘萬。己經成爲這個時代的中國一支不可忽視的力量。
另一線的戰鬥中，李自成得到商家軍援助的火炮之後，也死死守住了武昌，阿濟格雖然發動了多次進攻，但都無法取得進展，又得知中路的多鐸慘敗，因此也只好退兵駐守襄陽、承天一線。到這個時候，清軍發動的南征進攻，也終於全部停止下來。明清之間形成了南北對持局面。
而這時清軍中路的主將多鐸早己將敗陣的結果發回北京，現在正在等着聽候北京的發落，但在北京的決定下來之前，多鐸還必須盡守土之責。但隨着商家軍魯南戰役的結束，淸軍的淮東盡喪，魯南盡失，整個中原地區都受到極大的危脅，多鐸也大爲震驚，趕忙又招集衆將商議，如何面對商家軍咄咄逼人的進攻。
這時清軍的諸將都己是驚弓之鳥，耿仲明當時就提議，現在清軍新敗，士氣低落，不宜與商家軍再戰，一但商家軍再發動進攻，只怕連淮北都守不住，因此建議多鐸不如放棄淮北，退守開封一線，這樣不僅可以和阿濟格部靠近，而且還能保證中原地區的安全。
這個建議得到了許多將領的贊同，但卻遭到了洪承疇的強烈反對，因爲儘管商家軍的攻勢很盛，但其實己是強弩之末，所取都是清軍兵力薄弱的地方，雖然打通了魯南，連結了山東和淮東，但這也差不多是商家軍的極限，恐怕在短時間內無力再擴張下去。而且這個連結點也缺少縱深，仍然十分薄弱，因此並不足爲慮。而且淮北地區是中原的門戶，連結着中原和山東，一但失守，不僅商毅現在控制的魯南、淮東地區能夠徹底安全下來，就連整個黃河南岸都難以保全，清廷的勢力將退回到剛入關的時候。
因此洪承疇建議多鐸，無論如何，也必須堅守住淮北，而守住淮北，首先就要守住徐州，只要徐州不失，不僅可以保住整個淮北的安全，而且可以四面用兵，北可保護山東側翼，東威脅魯南和淮東，南可進攻淮西，趁着現在商家軍無力再攻，應該加強徐州的守備，多修建工事，無論如何，也要守住徐州。
多鐸畢竟也是精通兵法的人，而且對中原的地形也有一番研究，當然知道徐州的重要性，因此聽了洪承疇的建議之後，也決定守住徐州。
而就在這時，北京朝廷也傳來多爾袞的指令，將多鐸嚴歷斥責了一頓，並將多鐸由親王降爲郡王，嚴命多鐸立刻佈置安排，嚴守淮北地區，不得再後退一步，並且着重指明，一定要力保徐州不失。命鄭親王濟爾哈朗即刻南下，代多鐸掌兵，隨後和洪承疇一道回京聽候處置。同時也傳令西線，命阿濟格也暫緩進軍，分兵駐守承天、德安一線，然後帶着吳三桂、尚可喜回京。
接到多爾袞的傳令之後，多鐸也不敢違抗，立刻下令嚴守淮北，又命葉臣駐守徐州、圖賴駐守宿州互爲犄角，然後等着濟爾哈朗到位。