萬曆二十八年底。黃來福領軍回到五寨堡。平播得勝，將士均有封賞，加上家人團聚，大家都是不勝歡喜。
大規模的慶祝多日後，黃來福才重拾中斷多日的兩鎮政務。雖然黃來福離開山西大同兩鎮近一年時間，不過鎮內並沒有出現什麼異常情況，兩鎮五年計劃仍是按原定計劃如火如荼進行，一切都是井井有條。
此次黃來福領兩鎮兵馬出戰，兩鎮軍隊的戰果，也證明了先前黃來福對兩鎮軍務改革的成功之處，因此黃來福回來後，這些治理繼續進行。此外黃來福回山西后，押解回來的許多播州俘虜，也是打散了分佈到各農場及礦山上幹活。這些俘虜中的土人軍官己是盡數被黃來福挑出來殺死，這些普通的俘虜可說都是一盤散沙，沒有絲毫的組織力，因此他們對黃來福的安排沒有任何的反抗之力。
雖然爭論多，但山西大同兩鎮這一年來大體平靜，按照黃來福的五年規劃平穩進行。不過放在大明別地，這一年來可不平靜，沸沸揚揚的大多還是百官與萬曆皇帝的礦務之爭。
而在這一年中。百官也欣喜地發現了自己多了許多攻擊皇帝的地方，比如利用天災。
由於小冰河災害影響的加深，在萬曆二十八年一年中，從年頭到年尾，大明的災害都是頻繁發生，很多還是大災。比如四月十五日這天，山東全省就冰雹成災，萊州府的濰縣冰雹大如雞卵，將境內所有麥苗傷壓無存，還打死男婦牛馱衆多，濟南府淄川縣冰雹更是如卵如碗，毀去民房數千間，打傷麥田數百頃。
七月十八日這天，福建興化府怪風大雨大作，連續五天五夜，境內官舍民廬塌潰十之七八。八月二十三日，廣東南澳及福建詔安又是巨大地震，境內民房倒塌殆盡，人民壓死無算……
除此以外，還有大大小小的災害無數。而這一切，都被文官們引爲上天的警示，他們無心去管理災害下的百姓生活，而是利用此來大力攻擊萬曆皇帝的開礦榷稅政策。認爲這都是因爲萬曆皇帝的與民爭利，才惹來上天的一系列震怒。加上這一年中，因爲開礦之事，武昌與臨清民變，更被他們大肆利用。一波*的奏疏遞入內閣，雖然最後都被萬曆皇帝壓下來，不過也是讓他心力交瘁，大感吃不消。
種種事宜，在邸報上都有記錄，黃來福只是看得暗歎，大明特殊利益集團的力量實在是太大了。這些官員們，爲了自己背後的利益代表可說是鍥而不捨，前赴後繼，偏偏還把自己打扮得如同道德的化身一樣，真是讓人無語。
不過讓黃來福擔憂的是，以後大明的災害只會越來越頻繁，特別是明年更是嚴重，依自己筆記本電腦中摘錄下來的資料得知，明年將會有蔓延全國的大旱災，居民死傷及流民無數，隨之而來的更有大規模的瘟疫。
而這一切，都會讓萬曆皇帝極爲不好過。要知道在古時，天災頻繁，便是代表君王無德或是朝中出了奸臣，百官們可以理直氣壯地攻擊萬曆皇帝。甚至讓皇帝不得不取消開礦榷稅政策，這是黃來福所不願意看到的。現在他己經與萬曆皇帝同站在一條戰壕上，如果開礦榷稅政策取消，他有被波及的危險。
不論是爲國爲己，黃來福都必須力挺萬曆皇帝的開礦榷稅政策，不過雖說他的《五寨堡新聞報》大力爲皇帝唱讚歌，不過顯然在龐大的文官力量及輿論中，這種力道還是太淺，看來《五寨堡新聞報》的報館必須大大增設了。
此外現在自己必須爲明年蔓延全國的大旱災開始做準備了，那些官員們可以爲了私利紛爭不己，自己可沒有這種狠心腸。特別這場大旱災還波及到自己山西全境，災後還有大規模的鼠疫，更是不能讓自己等閒視之。
這鼠疫在眼下大明可是大殺器，傳染性極強，動不動就是死亡上百萬人。萬曆八年時，大同鎮曾經鼠疫大作，當時十室九空，慘不忍睹。萬曆十四年時，京師一帶大疫，死者十有四五。
這鼠疫在大明北方每幾年就爆發一次，每次都造成了人口的大量死亡，甚至隨着旱災的頻繁越來越嚴重。在崇禎末年時，鼠疫再一次傳入北京城，使當時的京師十室九空，甚至戶丁盡絕。連當時的京營兵士在遭受鼠疫後都是元氣大傷，以至於在李自成攻來時，北京城牆上平均每三個垛口才有一個羸弱的士兵守衛，怎麼能抵擋李自成精銳之師的進攻？
這鼠疫危害如此強烈，就怪不得黃來福如此重視了。
其實大旱災的預兆。從今年下半年開始，己經很明顯了，夏後開始，大明北方就沒降過雨，山西全境也是如此。不過由於山西大同兩鎮的大規模建設，大規模興建屯田，大規模興修水利，大規模開發礦山，還有大規模的道路建設等，各處都需要海量的用工單位，使得境內的平民們就算田地顆粒無收，也有許多地方可以獲得活命餬口的機會，使得境內軍民的危機感不強。
當然了，山西境外的軍民就沒有這個好運氣了，一時之間，從萬曆二十八年秋後起，大明北方又是大規模的流民潮出現，大部分人都是涌入了山西大同兩鎮，這讓兩鎮軍民不滿外人來搶奪自己務工機會的同時，心下也頗有自豪感，在眼下這個年時，有山西這麼一個桃源之地，也算是山西軍民之福了。
……
萬曆二十八年很快過去。萬曆二十九年，歷史上的1601年隨之到來。
在新春會議上，對將可能到來的大旱災中，黃來福要求民政部早早作好相關的抗旱準備，黃來福還傳文兩鎮巡撫，要求他們高度重視這一點，把各地的抗大旱、保春管、奪豐收作爲當前最緊迫的任務。在兩鎮中，眼下各地農場及新增的軍屯之地，由於有大規模的水利，所以就算大旱前來，也同樣可有與往年一樣的豐收。
不過各地的民戶中。他們那種小農經濟的耕種方式，哪裡抗得住天災的侵襲？因此黃來福除傳文各地儘量學習五寨堡農場，發動百姓挖掘一切水源外，也決定擴大兩鎮各地的建設規模，增加各地民戶以工代賑的機會。
同時間，黃來福也下令總督府民政部下屬的文衛局做好相關的衛生防疫工作，大災後是大疫，爲了儘量避免鼠疫在山西各地爆發，黃來福除了讓文衛局開始四下宣傳，增加各地民衆的衛生意識外。還在兩鎮境內開展大規模的滅鼠運動，連旱獺也殺了不少。
爲了充分調動百姓們的積極性，總督府下令收購老鼠，一隻老鼠一文錢，最後收到了幾百萬只的老鼠，成爲各地文官們的笑談。
黃來福當然不會理會那些文官們的陰暗心理，從春節開始，滅鼠運動便在兩鎮境內轟轟烈烈地展開。
事實如黃來福所預知的，從萬曆二十九年開春後，大明北方各省便是滴雨皆無，這種情況一直延續到六月時分仍是絲毫沒有改善。算上從去年六月開始，大明北方己是整整一年沒有下過雨，北直、山東、山西、河南各地都是赤地數千裡，連南方許多省份同樣也是大旱。
六月初六日，禮部上奏：“自二月至六月初，畿輔內外半年不雨，土脈焦枯，河井榦涸，二麥盡槁！”
北直巡按何爾健也是上奏：“阜平縣丈水洞礦夫張世誠飢餓，將六歲小兒殺死煮食！”
雲南巡撫上奏：“雲南大旱，民飢甚，米價驟漲，米每鬥至銀四錢！”
河南巡撫上奏：“……”
一時間，大明各地紛紛拉響了旱災警報。
同時間，北方各省瘟疫大作，鼠疫開始流行，河南巡按上奏：“河南滎陽縣春大疫，民死不隔戶。三月路無人行”。
空前的大旱災讓北方各地又是災民雲集，每日涌入京師各地的災民達到數萬，萬曆皇帝下令賑災，並親自求雨。不過這個天災機會卻讓一些文官們欣喜不己，他們認爲自己抓到了機會，一時間，大規模攻擊礦稅之害的奏章又是潮水般涌入宮內。
六月初十日，戶科給事中田大益上奏：“陛下驅率狼虎，驅而食人，使天下之人剝膚而吸髓，以致天災地裂、山崩川竭。禍害自皇上而開，民憤由怨積而來，奈何欲塞民耳目以自解釋。今四方百姓，見陛下在上天警示後仍無意改弘更張，知禍必不解，必定羣起爲變。爲此之時，只有盡殺礦監稅使以謝天下，國家纔能有救！”
接着吏部尚書李戴奏言：“今北直隸各府旱災嚴重，民不聊生，草木既盡，即食樹皮，屍橫滿道，村空無煙，坐而待救濟者有十八萬人。夏麥已柘死，秋種未得播，使百姓坐而待死，更何忍言！而再派宦官四出開礦、徵稅，小民豈能不困！今村裡空，山澤空，郡縣空，部銀空，國庫空，民之窮困如病人血氣已盡！”
鳳陽巡撫李三才上疏道：“一旦衆叛土崩，則小民皆爲敵國”。
左都御史溫純上疏：“國內百姓，困於水旱，困於開礦，已毫無樂生之心，請即日罷礦稅，逮治稅使李鳳、楊榮、陳增、高淮等人！”
……
攻擊礦稅之害的奏章一波接一波，連新任內閣首輔沈一貫也是上疏勸萬曆皇帝盡罷各地稅使。不過如潮的奏疏中，卻沒有幾個人認真地談談該如何應對眼前這場大災，讓萬曆皇帝憤怒不己。
六月底，京師報館的《五寨堡新聞報》突然發行黃來福的署名文章：“是守心供職，還是挾私沽名？——淺論天災只是大自然正常現象！”，一石激起千層浪，黃來福署名文章的發行，在大明官場上引起渲然大波！