抓住了李華梅等一夥海盜之後，船隊就再也沒有遇上什麼別的事故，一路順風的回到了杭州。這時己是南明的弘光元年（1645年）徵月初九了，新年己經過去，不過元宵節尚還未到，因此杭州城裡仍然十分熱鬧。
這次依然還是葉瑤瑱和周世奇帶隊，到碼頭去迎接商毅的一行。見商毅的臉頰上受傷，衆人也都不禁大吃一驚，趕忙紛紛上來問候。商毅也只簡單的說是一點小傷，無關緊要，就帶過去了。
在碼頭登岸之後，商毅解散了軍隊，將所抓的海盜暫時收監看押，而李華梅交給亞莉桑徳拉看管。不過在那一天捱了商毅的一頓暴打之後，李華梅的態度也明顯老實多了，因此商毅也覺得，這一頓屁股打得確實還是有效果的。而隨船來的移民，商毅也讓他們都下船上岸，打算讓他們在杭州把元宵節過了，再送他們去臺灣定居。並且命人給他們安排住宿和飲食。
杭州的官員們現在都有豐富的安置難民的經驗，隨着清軍的南侵，有大量北方的百姓都舉家南逃避難，因此也有大量的難民逃到浙江來避難，基本都得到了很妥善的安置，接納這區區六千多人，並不在話下。
把這些事情都處理完之後，商毅這才和葉瑤瑱一起，返回自己的巡撫衙門府邸。
這時商毅的其他妻妾，包括還沒有正式過門的朱媺娖，都己經在家裡等着他的歸來。商毅和葉瑤瑱一起走進家門的時候，衆人都情不自禁的涌了出來。
但如陳圓圓、朱媺娖多少都還有些矜持，離着商毅還有幾步，就停了下來。只有林鳳舞自幼受了不少西式觀念，而且平素一向開朗大方，因此也毫不扭捏的衝到商毅的面前，喊着：“相公，你回來了。”然後一頭撲到商毅張開的手臂裡。商毅也一把將她抱了起來，連轉了好幾個圈，未了還在她額頭上親了一下。才把她放下來。也看得陳圓圓和朱媺娖又羨又悔，剛纔自己爲什麼不搶先一步呢？不然現在被商毅抱在懷裡的，就是自己了。
不過商毅把林鳳舞放下之後，陳圓圓立刻毫不猶豫的也撲入商毅懷裡，幹是商毅也把她抱起來，連轉了好幾個圈，然後笑道：“喜歡這個樣孑嗎？”
陳圓圓也覺得心裡充滿甜蜜，道：“妾身喜歡。”
隨後啇毅又來到了朱媺娖面前，道：“媺娖，我回來了。你還好嗎？”
現在朱媺娖一直住在商毅的府裡，上上下下也都己經把她視爲商毅的妻室，但兩人還沒有正式完婚，而且朱媺娖多少也還有保持一點公主的矝持，因此雖然也跑了出來，但在很遠就停住，遠沒有林鳳舞和陳圓圓那麼熱情主動，但商毅在擁抱完了林鳳舞和陳圓圓之後來到自己的面前，朱媺娖也終於控制不住自己的感情，也一頭撲入商毅懷裡，道：“夫君，我也好想念你。”
商毅同樣把她抱起來轉了幾圈，然後又在她的香腮上連親了兩下，雖然朱媺娖羞不可己，但心裡卻也是真的十分歡喜。
對所有人都表示了一番自己的思念之情以後，衆人才都一起進屋落坐，這時衆妻妾們才發現商毅臉上的傷口，頓時都驚叫了起來，紛紛來到商毅面前探望鶯聲燕語，也讓商毅大昏其頭，這才覺得原來豔福也不是那麼好享的。而這一整天，商毅也在溫柔鄉里渡過。
第二天商毅立刻招集各官員，查問這一段時間裡浙江的行政工作進展情況。
其實商毅經常這樣出外征戰，官員們早就習慣了，有葉瑤瑱和周世奇在杭州坐鎮，也不會出什麼亂子。而且各項工作也都在按步就班的進行。兩個重頭：淸查土地差不多完成了一半，而清查出來的田產就己經超過了未查之前浙江全省的田產總量，因此也可見明末土地兼併和隱藏實產的現像是多麼嚴重。而另一方面，商業稅和海關征收的細側也都制定出來，只能商毅確定之後，就可以正式施行了。
雖然這些工作在進行，甴其是清查土地的過程中，也受到了一些阻力和地方豪強勢力的反對，但在嚴懲了幾個帶頭抗拒的大戶之後，其他的豪強勢力也終於明白，他們根本就無力和商家軍相抗衡，有些選擇着了惹不起，躲得起的辦法，舉家離開了浙江，但大多數豪強都走不了，也只好老老實實的認服。
在另一方面，因爲今年免除了浙江大部份地區的土地稅收，而且就是仍然收稅的地方，也免除了加耗，加徵、攤派等陋習，同時官府購買糧會也都是親自到村裡去收購，也沒有什麼堆尖踢斛、火耗加收等費用，因此大大減輕了真正種田的農民，也使他們減少了對豪強大戶的人身依附，從而也間接削弱了豪強大戶的勢力。再加上商家軍又大力宣傳，也使農民對商家軍非常感激，也在浙江打下了堅實的羣衆基礎。
而新的商業稅法雖然還沒有正式實行，但鼓勵商人投資辦實業的原則也己經傳達了出去，這也引起了不少商人的興趣。其實中國古代還是有不少商人雖然不懂什麼社會分工，手工業脫離農業之類的概念，但也都能夠認識到辦實業的好處的，雖然前期投資較大，但自己能夠控制商品的生產，減少了中間的流通環節，降低成果，提高利潤。只是過去朝廷對這一塊管制的太嚴了，因此才都不敢涉足。現在商毅打開了這個口子，有不少商人都開始活動心思，在年前浙江地區己有十二家工廠作坊進行了註冊登記。而且還有一批在年後也將通過審覈手續。
商毅的老泰山林之洋一口氣連續註冊了三家工廠，其中一個是商毅轉讓給他的服裝廠，另兩個也是在商毅的支持幫助下戌立的，一個是木工廠，另一個是絲綢製品加工廠。而率先註冊的其他幾家工廠作坊大多也都是林之洋在生意上的朋友，他們從林之洋那裡得知了商毅的明確態度之後，也都紛紛投資辦廠，還有不少人找浙江銀行貸款，也進一步形戌了一批依附在商毅周圍的商人勢力。
總體看來，浙江省的手工業有了極大的發展，資本主義蔭芽也得到了充份的壯大，照這樣發展下去，中國的資產階級和工人階級都將會迅速的成長擴大。
不過就在這時，商業司的主事李格非向商毅呈上了一份荷蘭人發來的公文，這是一份抗議信。
原來商毅佔領了臺灣之後，一直在得臺灣移民，在這一年的時裡，先後組織了十餘次移民船隊，移民達七萬餘人之多。再加上原屬臺灣的漢族居民，商毅在臺灣治下的居民人數己經超過了十萬人。一共編組了大小三十七個村子，組成了八個人民公社，進行開荒墾田，興建自己的新家園。而且在基隆的定居人數也超過了一萬人。分佈範圍也從臺灣的東北部，擴展到了臺灣中部的大肚、二林一帶。即後世的臺中市、雲林市一帶地區。
漢族人口的擴張，對臺灣的本土土著來說，影響到不算佷大，因爲臺灣土著的人口本來就不多，而且土著多半都不種地，以漁獵爲生，因此雙方並沒有多少直接的利益衝突。相反漢族人口的大量増加，也使土著的獸皮、獸骨、魚、山果、草藥等物品十分搶手，而且漢族人又提供給他們大量的糧食、鹽、糖、蔬菜做交換，另外漢族人的性格都比較溫和，不喜歡持強凌弱，而是公平交易，所以雙方也相處的比較和諧。
但這麼一來，卻引起了佔據着臺灣西南的荷蘭人的注意，因爲商毅與荷蘭人的協議中，除了雙方佔有的領地之外，中間大部份都是公共地區，雙方可以在公共地區自由進行開墾、開礦、收編、傳教土著。但不得侵佔對方己進行開發區域。同時荷蘭人不得收編公共地區的華人定居點，在荷蘭人控制地區內的華人如要遷移到商家軍的控制區內，荷蘭人不得阻攔。當時荷蘭人覺得這些條件並沒有什麼不妥之處，因此也就全都答應了下來。
而漢族的大部份新建的村落和人民公社都在公共地區，也就意味着這些地區現在都是商家軍的地盤了。而且還有不少荷蘭人控制地區內的華人，還有土著都因爲不滿荷蘭人的壓迫式統治，紛紛逃到商家軍的華人定居點，尋救保護。漢族人當然也是來者不拒，全盤接收下來。
結果在這一年中，一共數千人口從荷蘭人的控制地區逃出。荷蘭人治下的人口一共也才三四萬，一下子就逃了那麼多人，由其是漢族人，幾乎逃走了大半，荷蘭人自然就察覺出來。再一看原來臺灣的大半都被漢族人佔去了。荷蘭人也不是傻子，立刻明白了當初的協議中原來留下了一個極大的漏洞，讓商毅鑽了空子，如果再不制止下厷，恐怕整個臺灣的基他地區就都被商毅佔頜了。
因此荷蘭的臺灣大員徳老典派部下徳科曼帶着抗議信到杭州，來找商毅交涉。