行政班子建立起來之後，商毅的事情也減少了許多，可以把主要精力都投入到軍隊建設和軍事後勤建設中去。槍桿子裡出政權，在任何時代都是名副其實的至理名言。因此商毅也十分清楚，軍隊纔是自己在這個時代立足的基礎。沒有一支強大的軍隊，其他一切神馬都是浮雲。
目前駐浙江的商家軍一共有四個正式團，兩個特種營，鋪兵兩千多人。共有名類火槍八千多枝，各種大小火炮兩百餘炮。雖然和這個時代的明軍相比，商家軍的火器比重以經很高了，但依然還是出現了很大的缺口，目前只有二、三、五團是裝配全額的火槍火炮，新組建的第六團雖然也進行了火槍射擊訓練，但還沒有裝配上火器。暫時還是隻能使用冷兵器。
不過在招兵方面，還是頗有成效，商家軍入駐杭州一個多月，以經招募了兩千多名新軍，現在預備軍也有近三千人。另外還收隴了相當一部份在叛亂中被打散的明軍，也有三四千人，商毅將他們全都編到預備軍中一起訓練。如果再加上昌國衛的四千多人馬，現在商家軍後預備軍又有一萬左右，差不多又能編成三個團。
同時商家軍還有近三萬俘虜大軍，經過了幾個月的強制勞動改造之後，其中有一部份人的表現相當不錯，商毅也預備，在開年之後，從俘虜中選拔一批人出來，補充到軍隊中來。而且這本來就是他計劃中的事情。
但這樣一來，火炮火槍的缺口就更大了。但這也是沒有辦法的事情，現在兵工廠的建設纔是初居規模，就算是部份投產，至少也要等到明年二三月的時候。現在杭州只能配製槍炮的彈藥，而其他從穆陵關遷過來的工匠和商毅在南京要來的工匠，只能暫時在孫和鼎的指揮下，做一些準備工作。而真正想要達到滿足全軍的供應，至少要等到一年以後。但到那個時候，軍隊的規模又會進一步的擴大，看來總是一個矛盾的問題。
在資金的物資方面，商家軍南下之後，先坑了張獻忠一把，在浙汢又吞了叛軍搜刮的錢財，在入主杭州之後，共有存銀一百三十多萬兩，不過現在花得也兇，一下差不多用去近三十萬兩。山東那邊還有約六十萬兩的存銀，總體來看供應一二年應該沒問題。而在糧食儲備方面，現在以經屯集各類米、面、雜米三十餘萬石，也很充足。有糧有槍，心裡不慌。
不過絲綢廠雖然開業了，但想等到有收益，至少也要到半年以後。這事也急不來，畢竟這塊根據地纔剛剛打下來，百廢待興，一切只能慢慢的來。
而在海軍方面，商毅陸續調集浙江各海防衛所的戰船，到是又弄到六十多艘戰船，不過基本都是昌國衛那樣的四百料、二百料小船，不過也是聊勝於無，想形成海上的戰鬥力，還差得很遠。
另外商毅定購的三艘一千料大船都以經開始在胡濱江的造船作坊裡開始修建。在杭州建造的船廠也以經選好了地址，就在杭州府和嘉興府交界的海鹽鳳凰山腳下，裡杭州城大約有五十里的路程，這時也以經開工建設，商毅拔調了五千俘虜勞動力，參與船廠的修建工作。而商家軍新成立的海軍也駐紮在造船廠附近，一面練軍，一面也是管理俘虜。
海軍建設是目前軍隊建設的重中之重，因此商毅把杭州的事情料理清楚之後，立刻又趕到了造船廠，視察造船廠的工程進度。
來到了船廠的地址，只見沿海扎着無數的帳蓬，在帳蓬的一側，正在修建着數排磚木結構的房屋。留守營地的黃震和胡江濱帶着十幾個徒弟，出來迎接商毅。而商毅也顧不得休息，就要胡江濱領着自己去觀看工程的進行情況。
胡江濱帶着商毅一行人來到了海邊，只見離海岸約有數百米的地方，以經挖出了一個巨大的長方形大坑。據商毅的目測，這個大圪長約八十米左右，寬約三十米左右，現在以經挖下了一人多深。而在大坑的外圍，還砌出一圈圍牆。而這時還有無數的人正在坑裡坑外工作着。
胡江濱道：“大人請看，這就是第一個船塢，我是按照兩千料大船的尺寸開挖的，不過兩千料的大船吃水都在兩丈以上，因此這個船塢至少要挖兩丈五尺深，周邊還要用石抉砌圍堰，然後才能開始造船。”
商毅點點頭，這個時代排水量在一千到一千五百噸的海船一般的長度都在五十到七十米，寬約十到十五米，吃小六到八米。英國在1637年下水的“海上君主”號大帆船的總長爲七十米，船身長五十一米，寬十四米、高二十三米，吃水六. 八米，總重量爲一千六百八十三噸，服役達六十餘年之久，在此其間也成爲大英帝國海上霸權的像徵。因此胡江濱開出的船塢基本苻合一千噸以上戰船的要求。於是道：“這個船塢修好，還要多少時間？人手還夠嗎？如果不夠，我還可以再多拔調人手過來。”
胡江濱道：“預計最遲今年年底，這個船塢就可以建好了！不過現在是開第一個船塢，人手以經夠了，再派多的人來，也沒有他們幹活的位置，等這個船塢修好了以後，工人們有了經驗，而且又有樣板了，我打算兩個船塢一起開工，到那時再增加人手吧。”
商毅點點頭，從衛兵手裡接過一個長條布包，遞給胡江濱，道：“圖紙我以經給你帶來了，是不是船塢造好了，就可以開始造船了？”
胡江濱一聽圖紙拿來了，趕忙接了過來，立刻就迫不急待的把圖紙打開，一邊看一邊道：“原來寶船是這個樣子的…只要是材料齊全…這圖紙畫得好詳細啊，我還是第一次見到這麼細的圖紙…船塢一造好，就可以開始造船…哦…原來六桅是這樣分佈的…”
這套寶船的圖紙是商毅從電腦中調出的後世仿製寶船的圖紙，一共有十五張, 是商毅花了幾個晚上依樣畫葫蘆，只畫出來其中主要的五張，剩下的十餘張細節圖還沒來得極畫出來。雖然商毅不是畫家，但作爲特種兵，也學過基本的繪畫技術，仿畫幾張船模的圖紙，還是不在話下的。而實際上中國古代的所謂圖紙都十分粗糙，只能只個大概樣子，因此商毅仿畫的圖紙在這個時代, 確實算是詳細圖紙了.
商毅見他看得入了迷, 心裡也不覺有些好笑，拍了拍胡江濱的肩，道：“胡師傅，現在不要急，圖紙就留在這裡，你慢慢看吧。”
胡江濱這纔回過神來，也覺得有些不好意思，道：“讓大人見笑了。”
商毅道：“好了，現在天色還早，我去看一下士兵訓練，你先回營房去吧，過一會我再來找你。”
胡江濱忙道：“大人，還有一件事情，小人要像您稟報。”
商毅道：“什麼事情？”
胡江濱道：“我們當到這裡劃量土地的時候，曾經有人找過我們，說這片土地的地產是他們家裡的，要在這裡蓋船廠，毎年要向他們交一萬兩白銀作租金。但小人明明是看中了這裡是荒地，纔在這裡建船廠，於是向他們要地契來看時，他們不但拿不出來，而且還出言不遜，還想動手動腳的。後來還是成將軍和黃將軍帶人趕來，他們才退走。但隨後幾天都有人過來轉悠，幸好成將軍派人看守嚴密，他們到是沒敢胡來。”
商毅道：“你沒有告訴他們，這是商家軍的船場嗎？”
胡江濱道：“小人自然是說了，但他們依然肆無忌憚，雖然不敢胡來，但卻說了不少難聽的話。”
商毅點點頭，道：“他們是什麼人？你清不清楚？”
胡江濱道：“後來我們打聽過，原來他們是海鹽縣的一個馬家寨的人。聽說馬家寨是這一帶的一霸。過去連官府都奈何不了他們。”
商毅道：“好，我明白了，你放心吧，馬家寨的事情，就交給我來處理好了。”
胡江濱道：“多謝大人了，小人先告退了。”
隨後，商毅又帶人來到了海邊，這時一隊士兵正在海邊練習游泳。海軍的士兵是分成兩批，一批留守營地，一批參加訓練，輪流替換的。當然首先要學的，自然就是游泳，然後是熟悉船隻，學習扯帆、觀風、掌舵、下錨等等操船的技術。
商毅等人來到了海邊之後，只見吳全福和他的三個兒子一個女婿這時都光着上身，赤着腳在岸邊觀察着水裡的士兵情況。雖然這以經是初冬季節，但吳全海一家都是蛋民出身，常年在海上就是這樣，因此到也不覺得寒冷。
一見商毅來了，吳全福立刻帶着兒婿，就給商毅跪下，叩頭不止。原來現在吳全福一家都是商家軍的游泳、使船教官，每天都付責教士兵們這些基本技術。
因爲他們是蛋民出身，游水使船是家常使飯，教士兵們當然是綽綽有餘。但對吳全福一家來說，卻是身平第一次能移踏踏實實的到岸上定居，而且還當上教官，不僅受到士兵們的尊重，收入更是比過去多了十倍，既使是靠五個男人工作，也完全可以讓全家人都過上舒適安定的生活，因此吳全福一家對商毅自然都是感激涕零。