危機度過, 反間行動也取得了圓滿的成功, 家裡兩名孕婦也都平安生產, 商毅也開始把主要的精力都放在菲律賓戰爭上。
這時先頭部隊己經出發了一個半月，南京只收到了一次先頭部隊發回的報告，得知先頭部隊己經到達了馬尼拉，入主商館，馬尼拉的局勢雖然十分嚴峻，雖然西班牙人還沒有開始大規模屠殺華人，但在與當地土著的衝突中死亡的華人己經超過了一百人，而且西班牙人也己經開始介入衝突，在先頭部隊到達馬尼拉的前一天，西班牙總督府正式下令，命令所有華人服從總督府的命令，交出武器、保持克制態度，不許使用暴力，就可以保證其人身安全。而隨船一起到達馬尼拉的洋和尚們，也馬上展開了交涉活動。
因爲從菲律賓到南京，一去一來至少也要一個月以上的時間，因此現在收到的消息也只有這些，不過李華梅的海盜艦隊也發回消息，己經全員出發，趕去支援馬尼拉的先頭部隊。商毅也稍稍安心，先頭部隊加上李華梅的海盜艦隊，在馬尼拉堅守幾個月，應該不成問題。不過雖然是如此，但也不能掉以輕心，還是儘快派遣大規模艦隊去菲律賓纔好。
其實在處理這些事故的時候，艦隊和軍隊都己經準備齊全，隨時都可以出發，但一直沒有動身的原因是，商毅決定這次出兵，將由自己親自帶隊出戰。
這個決議也遭到四名內閣成員的全體反隊，雖然他們都贊同出兵馬尼拉，保護海外華人，但都不贊同商毅親自出馬，因爲商毅是南京政府的主心骨，說白了就是南京政府的皇帝，當然不可輕易出動，萬一商毅離開南京，清廷再度發動南侵又該如何應付。而且海上不同於陸地，萬一遭受風浪兇險，後果實在是不堪設想。因此就像去年對琉球、曰本的一樣，派一員大將帶隊就可以了。
不過商毅仍然堅持己見，認爲這些理由都不充足，過去商毅也經常出征在外，由葉瑤瑱在家裡坐鎮，代理政務的模式，己經有相當的經驗了。而從情報機構發回的消息來看，清廷內部的矛盾也有很多，現在跟本沒有能力發動大規模的南侵，而且現在南京政府的五大軍區全部都齊備，在南京還有統戰部，一般的局部戰爭完全可以應付得了。
而海上的風浪，屬於天險，誰都沒有辦法預料，海軍成立了這麼多年，出海作戰也不是一回二回，但因風浪而發生減員的事情並不多。因爲現在的造船技術已經發展到一個很高的水平，而且菲律賓離臺灣並不遠，也就和到琉球差不多，而且在途中還有不少的小島，一但遇到風浪，完全可以及時停靠躲避，這並不是問題。
衆人見商毅的態度堅決，也就不好在說什麼了，只好聽從，然後纔開始準備商毅出發以後的事務。
其實商毅堅持要自己親自帶隊，並不是呈一時之氣，而是出於仔細的考慮。在內閣成員看來，這次出兵進攻馬尼拉，和琉球、日本戰爭沒什麼區別，不過就是保護海外華人安保，打擊一下西班牙人，最多也就逼得西班牙人賠款而己。
但商毅的目地，和發動琉球、日本戰爭並不一樣，不是隻要教訓一下西班牙人，而是要將西班牙人從菲律賓徹底趕走，完全佔領菲律賓羣島。
當然無論是日本還是菲律賓，都在商毅未來的計劃之中，不過就是早打晚打的事情。但菲律賓和日本，還是有很大的區別。
到這個時候，日本己經是一個擁有近二千歷史的國家，儘管現在日本的整體發展水平還遠不如中國，但也進入封建時伏，並己經形成了自己獨有的整體民族性格，宗教、國家概念，無論徳川幕府分封了多少個大名，但他們都承認自己是屬於日本這個共同的名稱。
而菲律賓現在根本就還沒有形成一個真正意義上的國家，菲律賓這名稱，還是西班牙殖民者給取得，是爲了記念西班牙國王菲利普二世，在此之前，中國稱呼這裡爲呂宋，一直到了商毅穿越之前的那個時代，馬尼拉所在的島嶼，還被稱爲呂宋島，而在菲律賓羣島的本土居民，嚴格來說還未完全脫離原始部落的習性，根本沒有任何整國家的觀念。
有文化的地方纔是最難征服的，因此想要征服日本，不是打一二次勝仗就可以，而是一個長期的過程。但相對菲律賓，卻要簡單得多了，當年西班牙人萬里渡海，人數不到一千名士兵，時間不過十幾年，就可以完全統制這片羣島了。而中國的優勢比西班牙大得多，當然也更容易多了。
另外從戰略角度來說，日本、琉球都是中國的近海位置，而菲律賓最是位於中國大陸的南端，東臨太平洋、西靠南中國海、西南直通巴達維亞，東南可以遠眺澳大利亞，是中國走出大陸限制，正式通向海洋，參與大航海競爭的重要一步。而且想要把南中國海變成中國的內海，菲律賓羣島就必須納歸爲中國的領土之內。
而現在佔領了菲律賓的西班牙人正好給商毅提供了一個出兵的藉口，雖然目前中國國內的內戰還沒有結束，但商毅還是決定，先利用這次機會，佔領菲律賓羣島，把菲律賓變回成呂宋。
但這畢竟是中國歷史上首次進行的跨海開疆擴土的殖民作戰，儘管戰爭本身的難度並不大，但面臨的環境卻要比琉球、日本戰爭都要複雜得多，不僅有西班牙殖民者，當地土著，天主教會的傳教士，甚至可能連荷蘭人，葡萄牙人都有可能來攙和一腳，另外還有戰後的收尾善後工作，對土著，傳教士，西班牙人的處理，保持中華軍在菲律賓的統治，以及繼續維持菲律賓羣島的貿易繁榮等事務，戰爭僅僅只是其中的一部份。
因此這次出戰，讓海軍部的成鋼、黃震誰帶隊，商毅也都不放心，只有自己親自出馬，給他們作一個示範，等有了這一次作戰的經驗之後，以後的戰鬥，也就可以放心的交給他們了。
不過這個理由沒法對內閣的四名成員說清楚，雖然經過於了商毅的一再啓蒙，但海洋意識的提高，不是一天兩天就能做到，李格非或許能夠理解商毅的用意，但其他三個人仍然還是把菲律賓看作一個海外偏邦，現在能讓他們接受保護海外華人這個觀念，就是很大的進步了。因此商毅也懶得和他們詳細說明，先把菲律賓佔領再說吧。
但在商毅的後宮裡，亞莉桑徳拉卻非常付責任的告訴其他人，這一次商毅之所以一定要親自出馬，是因爲他一定掂記着那個女海盜，估計這次商毅回來，後宮裡又應該增加一名姐妹了。當然亞莉桑徳拉漏密的代價是，在豐臀上捱了商毅重重的一巴掌。也惹得其他的妻妾們鬨堂一笑。
儘管亞莉桑徳拉是很想和商毅一起出戰，但剛剛生完女兒，己經成爲母親的亞莉桑徳拉不可能把女兒仍在家裡，自己跑去參加戰鬥。而且亞莉桑徳初爲人母，對這個女兒也十分疼愛，因此這次不用商毅說，就十分自覺的留在家裡照顧女兒。
同時商毅也決定這一次戰鬥，西班牙僱傭軍團也全部留下來，因爲他們都是西班牙人，上了戰場很難保證不會有人通敵，爲了萬全起見，全都留在中國。不過商毅僅僅只帶了安徳烈，阿爾維斯和莫亞三個人隨自己一起出戰，安徳烈是商毅的親衛隊隊長，又是小舅子，可以完全信任。而阿爾維斯和莫亞都曾是菲律賓的西班牙軍軍官，他們一同前往的主要作用不是作戰，而是充當商毅的顧問。
而亞莉桑徳拉雖然不能親自出戰，但她也仍然儘自己的全力幫助商毅，她畢竟曾是西班牙駐菲律賓的高級軍官，對菲律賓的駐守情況，西班牙軍的兵力分佈，以及關隘港口，以及各土著的戰鬥力，土著和西班牙殖民者之間的關係，土著與土著之間的關係等等事情都十分了解，也向商毅做了詳細的說明。同時也對登岸、進軍路線，攻城的方法等等，也都提出了自己的意見，供商毅參考。
就這樣時間也到了七月下旬，商毅也準備離開南京，在杭州登船出發。
但就在商毅動身的前一天，李格非忽然趕來向他報告，英國東印度公司又派出了一個代表團，來到中國，想求見商毅，這時他們己經在杭州登岸，住進設在杭州的英國商館裡。
上次英國東印度公司的代表布萊克來到中國，己經是三年多以前的事情了，不過在這個時代中西交流，基本都是以年爲單位的，因此現在才第二次來中國，也並不奇怪。
商毅得知以後，立刻命人快馬趕到杭州，通知英國東印度公司代表團，自己將在到達杭州以後，接見他們。