後面的戰鬥基本就沒有任何懸念，因爲這時幕府軍的敗勢己成，別說是井伊直孝這幾個人，就是織田信長、豐臣秀吉、徳川家康都復生，也改變不了這一結果。中華軍的全面反擊，只不過是加快了這一進程而己。
騎兵團的速度快，不一會兒的功夫，就己經追上了幕府軍，中華軍的騎軍首先是舉槍射擊，將敗逃的幕府軍士兵打倒一片，隨後從幕府軍的身後趕上去，藉着戰馬的衝擊力，揮刀劈砍，只殺得幕府軍的士兵紛紛倒地身亡，而幕府軍的其他士兵根本就不敢迎戰，只能拼命快跑，不是爲了躲過追擊的中華軍騎兵，而是要超過其他的同伴就行了。
而隨後中華軍的步兵也追趕了上來，連射擊都不用了，只是追在幕府軍的背後，用刺刀穿刺，一紮一個，簡直比割韭菜還容易。
雙方會戰的地點就在彥根城以南不到十里的地方，因此幕府軍，中華軍一路追逃，用不了一會兒，就到了彥根城前。但這時雙方已經混絞在一起，有不少的中華軍戰鬥小組都己經衝入了幕府軍的隊列當中，已經分不清彼此陣式了。
井伊直孝等幾員主將都有戰馬，因此逃跑的速度也比其他士兵快，這時己經率先逃進了彥根城裡。井伊直孝留下鬆平賴常、稻葉正則在城門口，緊急招呼敗軍趕快進城，自己和鬆平綱隆則馬上在城牆上佈置防守，雖然他們心裡都知道，彥根城估計是守不住了，但也不能就這麼將彥根城拱手讓給中華軍，那怕是隻堅守住一天，也就好的，也算是對得起徳川幕府了。
但等井伊直孝、鬆平綱隆登上城牆之後才發現，雖然幕府軍還有大部都在城外，但有不少中華軍己經衝入了幕府軍的陣式，正向彥根城的方向衝殺過來，其中有幾個中華軍的小組離彥根城的吊橋已不足五十米遠的距離，看來中華軍並不是完全在追擊幕府軍，而打箅趁着追擊咐勢頭，好一舉攻佔彥根城。
雖然這時鬆平賴常、稻葉正則都在吊橋上，不斷的招呼催促着敗早趕快進城，同時也組織兵力，去阻擋中華軍的突進，但城門、吊橋纔多大的地方，想要一下把敗軍都放進城裡來，根本就不可能，而且中華軍現在士氣高旺，火槍射擊加手榴彈炸的戰木，也根本不是幕府軍能夠阻擋得住的，結果不一會兒的功夫，就有兩支中華軍的小組己經擊退了阻截的幕府軍，離吊橋己不足二十米遠了。幾乎是擡足就可以殺到吊橋來，有幾名守在吊橋上的幕府軍士兵都被中華軍用火槍擊中，一頭栽倒進了護城河裡。
井伊直孝見了，也知道情況不妙，如果再不當機立斷，中華軍就可以衝進彥根城了，儘管這時還有大量的幕府士兵還沒有進城，但也沒有別的辦法，因此只好下令，讓鬆平賴常、稻葉正則都退進彥根城裡來，然後扯起吊橋，關閉城門。
隨着吊橋的拉起，有一些還在吊橋也抵擋中華軍進攻的幕府軍士兵也慌了手腳，有些人因爲分心，而被中華軍殺死；也有人及時撤退，在吊橋離地面尚不高時，搶着跳上了吊橋，得以逃脫；還有幾名士兵雖然來不及跳上吊橋，但也緊緊拉住了吊板的前沿，被帶着升離了地面；但更多的都是來不及撤退，只能看着升起的吊橋，向彥根城裡又跳又罵，大叫着要求把吊橋再放下來。
不過毎一個士兵都知道，吊橋一但拉起，當然是不可能再放下來了，而且中華軍也從背後衝殺了上來，因此也有士兵跳入護城河裡，向對岸遊了過來。反正吊橋雖然扯趕來，但城門並沒有關門，只要是游到了對岸，仍然可以進城保命。而也有士兵順着護城河逃跑。
而就在吊橋尚未完全拉起，有一箇中華軍的戰鬥小組就己經衝到護城河邊，不過這時吊橋己離城一丈多高，就晚了這麼一步。
井伊直孝看着城外被中華軍追殺着四處逃竄的幕府軍，心裡也十分不好受，不過不管怎麼說，總算是及時拉起了吊橋，沒讓中華軍殺進彥根城裡。而查點人馬，在他們出戰的時候，在彥根城裡還留下了五千多人駐守，而現在全部加起來，城裡的守軍只有九千三百多人。
彥根城的吊橋拉起，城門也關閉了，其他被關在城外的幕府軍士兵也只好紛紛四散敗逃，但中華軍追擊很急，於是也有不少士兵都只得向中華軍投降。
其實雙方的戰鬥用時還不到兩個小時，但清理戰場，收剿敗軍，卻用了兩個多小時，一上午的時間，整個戰爭也基本結束，雖然這時最後的戰果還沒有統計出來，但僅中華軍抓獲的俘虜，就超過了萬人。當然也有相當一部份敗軍繞過了彥根城，逃進了東部地區的山區裡。
而商毅接着下令，再接再厲，不要給敵人以喘息之機，立刻對彥根城發動進攻，等一舉攻破彥根城之後，再清理戰場，統計最後的戰果。
成進接令之後，立刻下令，運來重型火炮，在彥根城前列好，對着彥根城進行猛烈的轟擊，又命火槍兵靠近城牆，向城頭開槍射擊，同時又派出工程兵，馬上去填埋護城河，爲爆破組清空道路。
隨着重型火炮開火轟擊，火槍兵射擊，彥根城上的守軍也被打得連頭都擡不起來，而工程兵也立刻出動，開始填埋護城河。因爲時間裡急，現挖泥砂都來不及了，只好就地取材，反正現在滿戰場都是屍體沒清，乾脆就來個廢物利用吧，因此工程兵們紛紛將幕府士兵的屍體扔進護城河裡，爲爆破組輔平道路。當然在混亂當中，也不可能分得仔細，有一些重傷未死的幕府士兵也都被當做屍體，扔進護城河裡，其中還夾雜着幾名躲在屍體中裝死的幕府士兵。這個時候纔不管呢？
結果經過了一個多小時的工作，在彥根城的護城河裡，用幕府士兵的屍體和泥砂混合，再鋪上木板，終於輔出了三條道路，隨後爆破組立刻跟進，對彥根城進行爆破。
“轟”的一聲巨響，彥根城的城牆升起了巨大的煙霧火焰，城牆被炸開了一個十幾米寬的大缺口，中華軍的士兵立刻向彥根城發動了全面進攻，從炸開的缺口處殺進了彥根城裡。
這時彥根城裡雖然還有八九千士兵，但經過了城外一戰之後，早己經軍心渙散，如果城牆不失，還免強能夠撐得住，現在城牆被炸開，中華軍的士兵衝殺進彥根城裡，任誰也無心與中華軍交戰，還不等主將下令，就紛紛潰散，從其他的城門逃出了彥根城。也有一部份沒有及時逃出的士兵，向中華軍投降。
而付責守衛彥根城的四個大名中，鬆平綱隆、鬆平賴常、稻葉正則三人帶領着敗軍，逃出了彥根城裡，但歧阜城方面敗退，而井伊直孝在守天閣內剖腹自殺。因爲他是彥根藩的藩主，彥根城失守，他怎麼也是脫離不了責任，只能選擇剖腹自殺。到下午四時左右，中華軍完全控制住了彥根城的局勢。
這一次戰鬥，也是中華軍登陸日本以來，進行的一次最大規模的戰鬥，雙方投入戰場的兵力相加，以經接近了十萬，但中華軍僅僅只用了一天的時間，不僅在城外的野戰中擊敗了幕府軍的四萬大軍，並且又乘勢攻克了彥根城，取得了這一次戰鬥的全勝。
取得的戰果是，殲滅幕府軍一萬六千七百二十七人，俘虜一萬三千五百八十二人，而中華軍一方的損失是，陣亡一百八十七人，受傷三百六十三人。傷亡的人數都是在追擊和向彥根城裡突擊時產生的，另外幕府軍留在彥根城裡的軍用物資，還有彥根藩歷年積累的財富，也都全部成爲中華軍的戰利品。當然這些統計，都是在隨後幾天時間裡，才逐步統計出來的。
到這個時候，中華軍己經連續平滅了曰本十幾個藩，其中領地在二十萬石以上的較大藩有五六個，從這些藩裡，僅獲得的糧食就達到十五六萬石，足夠中華軍使用近三個月，而從各藩府庫中得到的白銀達到六十餘萬兩，黃金五萬餘兩，其他的物資也值價白銀三四十萬兩，因此也算是收穫頗豐。
取勝之後，在後陣觀戰的各大名還有不少人如同做了一場大夢一樣，畢竟這樣的戰鬥，幾乎毎一個大各都還是第一次看見，而且通過了這一戰，幾乎每一個大名心裡都做出了決定，以後決不能與中華軍爲敵，因爲這是一支根本就無法戰勝的軍隊。當然像毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴等早就投降了中華軍的大名則都喜形於色，對他們來說，中華軍的實力當然是越強越好。
就在這裡，一個領令兵飛馬趕到各大名的觀戰地前，大聲道：“皇上有旨，着鍋島勝茂立刻率軍，攻取長濱城，其餘人等，立刻率領本部人馬，進駐關原地區，毛利廣綱駐守鬆尾山；有馬忠賴駐守笹尾山，不得有誤。”
衆大名聽了，也都不約而同的跪伏於地，道：“臣等尊旨。”