這個時候鄭芝龍手下依然還擁有千餘艘各種戰船，軍隊十餘萬人，大體都駐紮在泉州府的沿海地區以及一些島嶼上。
儘管己經放棄了福建的絕大多數土地，但對鄭芝龍來說，並不算什麼，因爲鄭芝龍的事業一向都是在海上，而不是陸地。一但清軍真的進攻泉州，鄭芝龍也不打算和清軍硬拼，而且泛舟海上，暫避清軍的鋒芒，等清軍撤軍之後，再復歸陸地。或者是轉到廣東一帶去發展，反正在東南沿海一帶的島嶼衆多，想找一個安身之地並不難，而清軍沒有水軍，對他也奈何不得。
正是由於這些情況，清軍對鄭芝龍依然不敢小視，因爲水軍仍然是清軍最薄弱的一環，因此洪承疇和勒克徳渾商議之後，立刻下令各路清軍都退後三十里，以表示清廷並不打算與鄭芝龍爲敵，而洪承疇又給鄭芝龍寫了一封親筆信，道：“吾所以重將軍者，以將軍能立唐王藩也。人臣事主，苟有可爲，必竭其力。力盡不勝天，則投明而事，乘時建功，此豪傑事也。若將軍不輔主，吾何用將軍哉？且兩粵未平，今鑄閩粵總督印以相待。”
收到了洪承疇的這封信，鄭芝龍異常高興，割據廣東、福建自立，正是鄭芝龍希望得到的結果，同時他也相信自己的海上實力作爲後盾，就算是改朝換代，自己依然能夠屹立不倒。不過因爲之前收到商毅的來信，使鄭芝龍並不能完全相信清廷，因此一面寫信給洪承疇，表示自己情願歸順清廷，但又列舉種種理由，不肯離開泉州，同時又在信中提到，洪承疇的母親正在泉州駐住，自己對其十分厚待等等。
洪承疇等人也知道鄭芝龍還心存疑慮，不敢輕易到福州來，因此也在商議，如何才能把鄭芝龍誘到福州來。就在這時，清軍第三次進攻湖北慘遭失利的消息，也從南京傳到福州
洪承疇、勒克德渾、覺羅巴哈納等人聞迅之後，也都無不震驚。甴其是洪承疇，幾乎都難以相信，自己在離開南京時制定好的三路進擊，分進合圍，出動了近七萬大軍，自覺得是萬無一失了，居然還被商家軍給打敗了。因此洪承疇也感到，必須要儘快結束福建的事情，自己纔好趕回南京，主持對湖北用兵的大局。
但想要儘快結束福建的事情，就必須打消鄭芝龍對清軍的疑慮，因此洪承疇決定冒險一試，親身到泉州去面見鄭芝龍。只有這樣才能徹底打消鄭芝龍的疑心，達到誘其到福州來的目地。
當然洪承疇的這一舉動也是經過了深思熟慮，並非一時衝動，因爲現在的情況，幾乎可以肯定鄭芝龍是有意降清，只不過是心存疑惑，這樣的想法，換了任何人也都會有，因此洪承疇雖然隻身去泉州，實際的危險性並不大。而另一個證明就是，洪承疇的老母，親屬依然被鄭芝龍奉養在泉州，這也說明，鄭芝龍並不打算和清廷撕破瞼，依然留有餘他。
果然洪承疇到達泉州之後，鄭芝龍也是興奮異常，這幾天以來，鄭芝龍心裡也十分緊張，因爲他也擔心自己的行爲惹得清廷不滿，從而徹底斷絕了和自己的談判，而且在鄭氏一族內部，對於鄭芝龍的降清打算，雖然有些人贊同，但也有許多人反對，鄭成功就曾對鄭芝龍多次苦勸，還有鄭鴻逵、鄭彩等人，也都認爲以鄭氏現在的實力，完全可以揚威海上，無人可敵，何必非要向清廷訖降呢？
而現在洪承疇隻身來到泉州，也讓鄭芝龍完全確信，清廷確實是真心和自己談判的，自然也就大爲安心，並且在泉州盛情招待洪承疇一行，同時也讓洪承疇一家團聚。而且知道洪承疇回家拜見母親時，遭到洪母的申訴打罵，責其降清之舉，有辱門庭，鄭芝龍還親自登門爲洪承疇分辯說情。洪承疇也感動得當場落淚，對鄭芝龍連連拜謝。
就這樣洪承疇在泉州住了三天，並且和鄭芝龍達成了降清的種種條件，鄭芝龍向清廷投降稱臣，清廷封鄭芝龍爲廣福總督，駐守廣東、福建之地。而鄭芝龍也必須聽從淸廷調遣，幫助清廷平定南方各地，由其是在淸軍對浙江用兵的時候，鄭芝龍要從海上出兵，配合清軍的進攻，當然還必須剃髮。
洪承疇開出的這些條件也都非常合理，鄭芝龍並不覺得意外，相反如果洪承疇什麼條件都不提，只是全部答應鄭芝龍的要求，鄭芝龍反而會覺得不對勁，而剃不剃髮對鄭芝龍來說，並無所謂，致於以後幫清軍征戰的事情，也可以在見機行事。因此也滿口答應下來。
隨後洪承疇才向鄭芝龍提出，讓鄭芝龍和自己一起去福州，辦理正式的降清手續。同時清軍也將退出福建，將地方都移交給鄭芝龍管理。
既然雙方己經談到了這一步，勵麼於情於理鄭芝龍也都應該到福州去一趟，而且這時的鄭芝龍己經完全相信洪承疇，完全相信了清廷，因此也欣然同意前進。
而這時駐守在金門島的鄭成功已經收到商毅的信，聽說父親要親自去福州和清軍商談投降的事宜，也親自趕回到泉州，跪地大哭，力勸父親道：“虎不可離山，魚不可脫淵；離山則失其威，脫淵則登時困殺。吾父當三思而行。”
但鄭芝龍這時己經什麼都聽不進去了，執意要親赴福州商談降清的事宜，同時還準備帶鄭成功和自己一起去福州，也表示自己降清的誠意。
鄭成功見勸不動父親，又想起商毅信中所說的話，於是連夜返回金門，靜觀事態的變化。並給鄭芝龍留下一封書信道：“從來父教子以忠，未聞教子以貳。今父不聽兒言，後倘有不測，兒只有縞素而已。”
第二天鄭芝龍不見了鄭成功，看到了書信，也不由大罵鄭成功是個逆子，滿紙狂悖之言，但這時鄭成功己經返回金門，鄭芝龍只得帶着幼子鄭渡，五百士兵，和洪承疇一起出發，前往福州。
到了福州之後，一開始勒克德渾還對鄭芝龍盛情招待，與鄭芝龍折箭立誓。鄭芝龍還以爲得計，也完全放下心來。連帶來的五百士兵也都遣散。
那知就在第三天夜裡，勒克德渾突然宣佈拔營返回北京，同時命令鄭芝龍隨軍北上。鄭芝龍大吃一驚，這才知道自已中計，但這時己被困福州身邊只有十幾名從人，根本就無力反抗，儘管鄭芝龍不甘心束手就擒，最後還努力一把，對勒克德渾道：“北上面君，本芝龍本願，但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何？”還想借自己的兵力威脅一下勒克德渾，作最一搏。
但清軍對此早有定計，勒克德渾的回答是：“此與爾無關，亦非吾所慮也。”同拿來紙筆，讓鄭芝龍當面寫了幾封信，用以勸降鄭氏軍隊的主要將領。而這時的鄭芝龍己爲砧上的任人宰割的肉，只能按照勒克德渾的要求，給自已的親屬、將領寫信。讓他們都到福州來投降清軍。
鄭成功在金門收接到鄭芝龍的書信後，當即回信拒絕向清軍投降，道：“今既不能匡君於難，致宗社墮地，何忍背恩求生，反顏他事乎？大人不顧大義，不念宗祠，投身虎口，事未可知。趙武、伍員之事，古人每圖其大者，唯大人努力自愛，勿以成功爲念。”
與鄭成功同樣拒絕投降清軍的，還是踞守廈門中左所的鄭彩，金門的鄭鴻逵以及南澳的陳豹等人。但絕大多數的鄭氏將領、包括鄭芝豹、施天福、洪習山、黃廷、施郎等人都放下武器，帶着軍隊，向清軍投降，龐大的鄭傢俬人軍隊，在旦夕之間便瓦解了。而最後總計投降清軍的軍隊人數，競達到了十一萬三千餘人，戰船近六百餘艘。加上清軍前期在進攻江西、福建收降的南明軍隊，竟然一下子收降了各部明軍十五萬餘人。
而在此期間，清軍也攻佔了福建的最後一地泉州府，並且還殺入了鄭芝龍的老家安平，然後四處搶掠，鄭芝龍縱橫海上近二十年，積攢下來可以敵國的鉅額財富，也被清軍哄搶一空。
鄭芝龍己經被清軍嚴密看管，軟禁起來，福建也幾乎全都被清軍佔領，還掠奪到鉅額財富，雖然鄭傢俬人軍隊中還有少數殘餘勢力盤據在沿海一帶地區，拒不降清，但洪承疇和勒克德渾都認爲現在大局己定，這少許餘勢也戌不了大氣，因此這次自己南方之行的任務己經圓滿完成了，也準備返回南京。
在動身之前，洪承疇也招集清軍的主要將領，分派下一步任務。整個江西、福建、廣東的軍務都交由覺羅巴哈納來付責，並且駐守福建，清剿鄭氏的殘餘勢力；由金聲桓領軍，駐守江西，並且配合另一路人馬，進攻湖南；由尚可喜領軍，進攻廣東。同時把鄭芝龍部下的諸將也都分派到各人部下去效力。
隨後洪承疇和勒克德渾帶着鄭芝龍己及親屬人員，押運着掠奪來的鉅額財富，並且還帶了五萬大軍，返回南京去了。