雖然商毅知道，皇太極是死於一六四三年農曆八月九曰，不過要等這消息傳到明朝，至少還需要一個月左右的時間。
擊敗了西軍，奪取了漢陽府，又生擒了西軍的大將李定國之後，商毅一方面處理漢陽府的善後事宜，一方面也開始着手準備渡江，攻佔武昌府。
而就在這時，從另一條戰線傳來消息，周少桓帶領着二團，以經成功的在北方的青山鎮渡過了長江。
青山鎮也就是後世著名的武漢鋼鐵集團建廠所在的地方。在這個時候，後世的武漢三鎮只形戍了武昌和漢陽兩個地區，長江以西, 漢水以北的漢口鎮纔剛剛開始發展，目前暫時屬漢陽府管轄。後世的武漢市，是在二十世紀二十年代末期，國民政府第一次北伐纔開始正式建市。
雖然長江大體是由西向東流勢，但在武漢地區的一段江面去是轉向由南向北而流，漢水是從西岸匯入長江，正好形成一個正時針旋轉九十度的“丁”字形，而由此劃分的武漢三鎮。因此渡過長江，並不是一定要先過漢水，從漢陽過江，在漢水北岸的地方，同樣也有許多渡口可以過江。
隨商毅進攻漢陽府的是三團和五團，而周少桓的二團駐守在德安府。但在商家軍攻取漢陽府的時，周少桓領軍悄悄從徳安府出發，趁着西軍的注意力都在西南的漢陽時，直接從漢水以北的青山鎮附近，渡過長江，到達江東的地方，實現了這一聲東擊西的戰術。
商毅接報之後，也十分高興，立刻下令，讓周少桓率軍向武昌城逼近，而自己這邊也全軍渡江，與二團一道，夾擊武昌府。
武漢是商毅在穿越之前，去過的較多的城市，因此他對這時的地利環境還是十分熟悉，選擇的渡江地點是在漢陽東南的白沙州地區。這裡離武昌府城約十五里的路程，即使被西軍發現，也來不及調動人馬阻截。
現在商家軍在漢陽府有了大小船隻七十餘艘，一次可以運送五千多人及相應的裝備，渡江的進程也十分順利。而在登上戰船之後，商毅放眼眺望，在長江對岸，也看不見有西軍防守，因此也十分放心，同時也開始盤算，拿下了武昌之後，應該如果建立自己的地方勢力。
商毅選擇武昌府做爲自己的根據地，也不是沒有道理，武漢處於中國地理上的“心臟”位置，在近代素有“九省通衢”之稱，交通便利，四通八達。而且武漢因爲有長江漢水之險，又不同於襄陽那麼難守易攻，對於未來抵禦不善水戰的清軍，十分有用。
而且正由於武漢交通便利，四通八達，兼有長江航運之便，雖然地處內陸，既使是在這個時代，也是內陸最大的口岸，因此經濟繁榮，商業發達。另外湖廣地區現在以經成爲天下糧倉，只要在這裡站穩腳跟，糧食問題基本就能解決。而且在武昌的大冶，還蘊藏着豐富的鐵礦。
正在商毅坐在船倉裡沉思的時候，忽然成進走了進來，道：“大人，你出來看，好像是武昌城裡起火了。”
商毅怔了一怔，趕忙跟着他走出了船艙，只在船甲板上，有不少士兵都在朝東北方向張望，商毅擡頭看去，果然在晴空之下，十分清楚，武昌府的方向升起了大量黑煙，瀰漫天空。商毅也不禁大吃一驚，如果從這裡都能夠看得到，那麼武昌城裡的這場大火一定着得不小，說不定是全城都燒着了。
看到這裡，商毅先是呆了一呆，但馬上就明白了過來，這一定是張獻忠準備撤離武昌府，而在撤離之前，放了一把火，打算將武昌府全部燒光。這種事情張獻忠可是沒少幹過。這時商毅也大爲後悔，自己還是考慮得不夠周全，以張獻忠在歷史上的名聲，自己應該早想到這一點了，那麼就不該在漢陽府多做糾纏，而是儘快渡過長江，直逼武昌府纔對。逼使張獻忠沒有時間下手。
但到了這一步，後悔也晚了，商毅只好命令船伕快速行船，儘早趕到對岸，好趕到武昌府去救火，希望能夠將損失降到最低點。
原來張獻忠派遣了孫可望和李定國爲前部人馬，到漢陽府迎戰商毅，自己也整頓大軍，準備出發。但就在這時，接到探子的報告，才知道有一支商家軍從青山渡江，到達了江東。
張獻忠也不禁大吃一驚，萬沒想到商家軍一共也才只有一萬餘人，居然還分兵兩路渡江，玩了一手聲東擊西的戰術。因此趕忙派劉文秀率領兩萬人馬，前去消滅渡江的商家軍。
但現在爲時以晚，周少桓以經在青山鎮佈置好了防守陣地，劉文秀領軍到達青山之後，率軍發動進攻，結果在商家軍的陣地前碰了個頭破血流，人馬死傷無數。而周少桓卻抓緊時機，打了一個反擊，將劉文秀殺得大敗，拆兵六千衆，逃回了武昌城。
張獻忠見劉文秀大敗而歸，也是又驚又怒，正打算再發大軍，去攻打青山鎮，這時孫可望也從漢陽也逃回了武昌府，所帶的三萬大軍，所剩的竟不足三千人，而且連李定國也生死不知，聽有的敗兵說，是被商家軍俘虜了，估計也是凶多吉少了。
同時孫可望和劉文秀都極了述說商家軍的可怕：他們善用火器作戰，打得極遠，連續射速極快，而且十分犀利，令人防不勝防，根本就無從抵抗。
雖然他們的述說都令張獻忠難以相信，但事實明擺着，兩路大軍同時遭遇了慘敗，而且還是敗給人數遠遠少於自己的敵軍，也令張獻忠不得不信。到了這時候，張獻忠纔有些明白，爲什麼李自成那麼兵強馬壯，結果還是被明軍殺得大敗，北上躲避。顯然自己就更不是對手。
因此張獻忠儘管捨不得武昌的安逸生活，但也事到臨頭，也不得不又重新拾了跑路的老招術。不過他的人馬在長江以南，不敢冒險再渡江向北，因此只能向南逃竄。於是張獻忠一面下令孫可望和劉文秀，讓他們兩人押運着搶到的錢糧物資，先從武昌府轉移到大治縣，自己隨後領軍撤退，準備向安徽江西地區發展，如果有機會，還可能攻打南京。並在撤退之後，在武昌城內四處放火，將全城焚之一爐。然後又令艾奇能領兩萬人馬斷後。
等商毅率領人馬渡過了長江，趕到了武昌府的時候，只見四門大開，全城都以經燃燒了起來，城中到處都是火光，紅焰耀眼，熱浪逼人，濃煙密佈，而百姓喪生於火海之中的，不計其數，哭號之聲，不絕於耳，如同修羅地獄一般，慘不忍睹。
商毅見狀，雖然又驚又怒，但也無計可施，也只好下令，三團在城外警嚴，自已指揮五團和輔兵進城救火，能搶救多少，就先搶救多少再說。
好在是商家軍來得還算極時，而且武昌城的地域也不小，除去幾個點火的中心區域以外，有許多地方雖然以經起了火，但火勢還沒有燃燒起來。如杲極時撲滅，還是能夠搶救出一些地方的。而在武昌城中，還留有不少百姓，見有軍隊來幫着救火，也都紛紛行動起來。而商家軍見百姓都聚集出來，也主動站出來指揮。
在有了商家軍的指揮之後，救火搶險行動也由混亂變待有序起來，因此救火的效率也大大提高了，在軍民齊心協力之下，到也撲滅了不少地方的火焰，還救出了許多被大火圍困的百姓。
而就在這時，周少桓帶領着二團也趕到了武昌城，兩軍匯合之後，周少桓向商毅報告，西軍這時正在向東南方向逃竄。商毅得知以後，立刻明白了張獻忠的意圖，馬上下令，命周少桓率領二團，追擊西軍，進駐樊口縣，一定要狠狠的打擊張獻忠。並且追上張獻忠之後，決不能輕易放手。一直打把張獻忠打殘爲止。
周少桓領軍走後，商毅又立刻投入救火之中，雖然現在撲滅了一些地方的火焰，但武昌城的地域很大，而撲滅的地方，大多都是邊緣地區，由其在火勢的中心，以經完燃燒起來，商毅也清楚，在沒有現代救火手段的情況下，幾乎是無法撲滅的，除非這時候天降大雨，否則就只能等着徹底燒光，大火纔會息滅。
不過商毅雖然不是消防員出身，但做爲一個現代人，畢竟也知道一些基本的救火常識，就算是遇到撲不滅火勢，也必須加以限制，否則火勢只會逐漸蔓延,越燒越廣，就算是以經被撲滅的地方，也會死灰復燃起來。
因此商毅將軍民分成兩批，一批去撲滅火勢較小的地區，而另一批對火勢較大的地區，清除出隔一條隔離地帶來，以免火勢進一步蔓延。同時又命人在城外搭建臨時帳蓬，安置老弱婦幼和在大火中受傷的百姓、士兵，並讓軍醫救護。
但儘管商家軍和百姓們都以經竭盡了全力，但等到武昌城中的大火徹底息滅，以經是三天以後的事情了。整個武昌城，也成了廢墟一片。