就在陸軍向巴達維亞城發動進攻的時候，成鋼也指揮着海軍三支分艦隊，共計七十三艘各種戰艦，從海面上向巴達維亞發動進攻。而荷蘭方面也動了全部戰艦迎戰。
相對於陸軍來說，荷蘭的海軍還是有着相當的戰鬥力，因爲荷蘭是以海軍素稱的國家，而且現在也還擁有四十七艘戰艦，其中包括有兩艘千噸以上的戰艦，儘管在數量上比中華軍的艦隊有一定的距離，但荷蘭艦隊有岸炮的支援，因此也能抵消一部份中華軍的數量優勢。
另外雖然遠征艦隊的司令官特朗普將軍己經成爲中華軍的俘虜，但荷蘭海軍的戰術一向都是以自甴作戰爲主，司令官只是起一個精神支柱的作用，對戰鬥的指揮控制力量其實有限。因此荷蘭海軍也並非是不能與中華軍一戰。當然中華軍艦隊中並沒有包括李華梅艦隊。
但戰鬥開始之後，中華軍立刻就立刻佔據了戰鬥的上風，雖然因爲顧忌荷蘭軍的岸基炮火，中華軍的艦隊無法全面展開，因此艦隊數量多的優勢也不能全部發揮出來。因倫成鋼也下令，讓南洋艦隊第二、三分艦隊組成二支縱隊，迎戰荷蘭艦隊，而南洋艦隊中實力最強的第一分艦隊暫時按兵不動，做爲預備隊。
這樣一來，雖然雙方參戰的戰艦數量基本相差無幾了，但中華軍的戰艦在火炮、噸位上還是佔有相當的優勢，而且經過了加裡曼丹島海戰之後，中華軍海軍的官兵們不僅積累了大規模海戰的經驗，同時對縱隊戰術的理解和運用能力，也都大大提高了一層，因此在戰鬥中執行戰術時也更爲堅決果然，始終堅持保持着縱隊隊形，以整體力量對抗荷蘭戰艦的自由作戰。
儘管荷蘭戰艦在靈活、機動方面要勝過中華軍的戰艦，但縱隊戰術不僅能充份發揮戰艦左右兩舷火炮的威力，同時也可以讓中華軍的戰艦在火炮、噸位上的優勢得到完全的體現，因此無論荷蘭戰艦如何在自已的前後左右來回拆衝，中華軍的戰艦都不爲所動，保持着縱隊的隊形，以左右兩舷的火炮向荷蘭戰艦發動轟擊，這一樣也令荷蘭戰艦的優勢盡喪，畢竟拼起火力來，荷蘭戰艦遠不是中華軍戰艦的對手。
就這樣在這一戰中，中華軍的整體戰術也充份壓倒了荷蘭的自由戰術，中華軍的兩支縱隊就像兩條巨龍一樣，在荷蘭戰艦的圍追堵截之中，來往縱橫，如入無船之境一樣，打得荷蘭戰艦非傷即沉，在進行了兩個多小時的激戰之後，荷蘭艦隊已經被中華軍擊沉了九艘，另有十餘艘戰艦都有一定程度的損傷。而中華軍方面，僅僅只被擊沉了兩艘驅逐艦。
而且這個時候又出現了另一個對荷蘭艦隊不利的情況，彈藥不足了。本來荷蘭艦隊出戰時攜帶的彈藥就沒有滿裝，而經過了近兩個小時的激戰之後，已經有幾艘戰艦上的彈藥都己經打光了，其他戰艦上所剩的彈藥也都不多，最好的也不足四成，因此荷蘭艦隊的戰鬥力也在開始下降，而中華軍在出戰之前，都是得到了充份的補濟，毎一艘戰艦都裝配滿了足夠的彈藥，到這個時候，所有出戰的戰艦都還保留着六成以上的彈藥，仍然保持着足夠的戰鬥力，而在此起彼漲之下，戰局也迅速的朝着對荷蘭艦隊不利的一面發展下去。
這時一直在觀戰的成鋼也果斷的抓住了這個戰機，立刻下令南洋艦隊的第一分艦隊也開始投入戰場中。
南洋艦隊中實力最強的第一分艦隊參戰之後，也給了荷蘭艦隊最後一擊，旗艦戚繼光號一艦當先，左右舷炮一起開火，在十分鐘的時間內，就一連擊沉了兩艘荷蘭戰艦，隨後其他戰艦也紛紛開火，立刻將荷蘭艦隊打得四分五裂。而其他的荷蘭戰艦上的士兵見大勢已去，荷蘭士兵自由、散漫、不能打逆風戰的特點又一次爆發出來，誰都無心再戰下去，紛紛調轉船頭，向巴達維亞的船港逃去。
有些荷蘭戰艦在逃跑的過程中被中國戰艦擊沉，也有一些戰艦被中國的戰艦纏住，只能向中華軍投降，結果逃回船港的戰艦隻有二十二艘。中華軍僅僅只被擊沉了三艘戰艦，另有兩艘戰艦受損較重。而一共擊沉荷蘭戰艦十六艘，俘虜九艘。
而在擊敗了荷蘭艦隊之後，中華軍只是稍作了休整，然後立刻向巴達維亞的海岸發動了進攻，並且封鎖住了巴達維亞的港口。
在沒有艦隊牽制的情況下，岸基的炮火是很難壓制得住海上的艦船，因爲岸基炮臺是固定不動，而艦船都是在海上移動，另外巴達維亞的岸基火炮的數量也十分有限，遠遠比不上中華軍的戰艦火力，因此雙方進行了半個多小時的對轟之後，中華軍以付出兩艘戰艦被擊沉的微小代價，催毀了岸基上大半的炮臺，並且在火力上也完全壓倒了岸基火力。而這時各戰艦上也都派出海軍陸戰隊，放下衝鋒舟，向岸基發動了登陸進攻做戰。
雖然在岸基上也有一部份荷蘭士兵駐守，但在雙方的火炮對轟中，也被中華軍的火炮打死不少人，而且在火力被壓制住之後，荷蘭守軍也意識到大勢己去，因此也都無心再戰，還不等到中華軍的海軍陸戰隊登陸，就紛紛放棄了陸基陣地，向巴達維亞城裡逃跑。結果中華軍的海軍陸戰隊也十分順利的登上了陸地，並且佔領了陸基陣地，剩餘的二十佘門火炮，也全都被中華軍繳獲。
在海軍陸戰隊登陸成功之後，並沒有急於向巴達維亞城發動進攻，因爲進攻巴達維亞城，是陸軍的任務，而海軍陸戰隊也缺少重型爆破武器，冒然攻城，必然損失嚴重。因此中華軍的海軍陸戰隊向巴達維亞的港口發動進攻，同時中華軍的戰艦也從海上逼近了港口。
逃回港口的荷軍戰艦還驚魂未定，但馬上就發現，原來自己已經被中華軍從海陸兩路堵在港口裡了，這一下可就真的成了甕中之鱉。雖然荷蘭戰艦上都裝配有火炮，但一來是荷蘭各戰艦的彈藥都嚴重不足，二來現在大勢己去，陸基被中華軍佔領，港口被封鎖住，就算是彈藥充足，也不可能扭轉戰局。而就在這時，不知是那一艘荷蘭戰艦首先打出了白旗，舉手投降，隨後其他的荷蘭戰艦上也都紛紛效枋，都打出了白旗，全部投降因此中華軍也沒有經過戰鬥，就佔領了港口，而停泊在港口裡的二十二艘荷蘭戰艦，十艘荷蘭商船，也都成爲中華軍的戰利品。
這時在陸地上，中華軍也己經深入到巴達維亞城裡，並控制住了大部份的地區，荷蘭士兵和土著士兵節節敗退，不是被打死，就是向中華軍投降。現在荷蘭軍隊在整個巴達維亞城裡，只控制着以議會大廳爲中心加上週邊的小部份地區。而守兵也只剩下五六百人。
而這時荷蘭東印度公司的董事們也都聚集在議會大廳裡，有人急得像熱鍋上的螞蟻，團團亂轉；有人臉色蒼白、目光呆滯；有人喃喃自語，但嘴脣直打哆索，還有人拼命的往嘴裡灌着酒，而馬特索科爾坐在主席的位置上，面如死灰，眼光空洞無神，顯然是一付聽天由命的樣孑。總之是千奇百怪，形像各異。
因爲現在的局面已經十分清楚了，巴達維亞已經失守，荷蘭東印度公司也徹底失敗了。現在所有的董事面臨的問題，是選擇轟轟烈烈的戰死，還是馬上投降，苟且偷生。但留給董事們的時間也不多，中華軍己經打到了議政大廳，槍炮爆炸的聲音己經聽得十分清楚，不容他們再磨嘰了。
就在這時，終於有一名董事受不了，站了起來，大聲道：“投降吧，投降吧，我可不想死了，以後的事情怎麼樣，等以後再說吧，現在我還不想死啊。”
其實絕大部份董事都有投降的想法，只是這個彎一下轉不過來，因爲要投降的話，當初就有的是機會，不僅可以保住命，還能保住公司和一部份財產，但卻都被董事們放棄了，而現在投降，則是一無所有，連命保不保得住，都還二說，因此也讓不少董事們心裡都生出早知今曰，何必當初的想法來。但有了一個領頭的，也爲其他人打開了一個心理上的缺口，因此其他董事也都紛紛表示向中華年投降吧，反正好死不如賴活着。
因此沒過多久，在巴達維亞的議政大廳上就打出了一面白旗，中華軍見了，也停止了進攻，過了一會兒，只見從議政大廳裡走出來幾個人，沒帶武器，高舉雙手向中華軍連絡請降。在得到了軍長田楚的保證所有人員生命安全的承諾之後，荷蘭東印度公司的董事們也都全部走出了議政大廳，接受中華軍的控制，將隨後中華軍派出一支軍隊，進駐議政大廳，將徹底佔領了巴達維亞城。