因爲按照吳甡的想法，孫傳庭出關，獨立對付李自成，這都是陳演一力主張的結果，現在出現了敗績，自然也就該由陳演來承擔責任，那厶他這內閣首輔的位置自然就保不住了。而自己出京督師之後，連敗李自成和張獻忠兩人，雖然追擊張獻忠讓他跑掉了，但畢竟是把張獻忠打得全軍覆沒，和陳演相比起來，不亞於天地之差，那麼等皇帝下旨，讓自己率軍北上去對付李自成，收拾殘局的時候，恐怕也只能任命自己爲內閣首輔了。
同時，吳甡對和李自成做戰，還是頗有信心的，因爲李自成在幾個冃以前，就是商毅的手下敗將，現在商毅又從南京得到了一批火銃火炮，自然實力又上了一級臺階，再戰李自成，自然是不在話下了。吳甡甚致都在計劃，是不是不等朝廷的聖旨下來，先調集人馬，去進攻襄陽，切斷李自成的歸路，等聖旨來了之後，再揮師北上，迎戰李自成的大軍。這樣平定叛亂，自己可是第一功啊。
想到這裡，吳甡心裡也不禁頗爲興奮，因此立刻寫信給商毅，讓他儘快結束杭州的戰事，準備領軍西進，去進攻襄陽府。
商毅接信之後，也冷笑不止，他這時也以經收到了孫傳庭郟縣大敗的消息，看來李自成北上的進程和另一時空裡的歷史十分吻合，如果這段歷史真的沒有什麼變化，那麼現在孫傳庭早就死在潼關了，孫傳庭一死，自已再西進攻取襄陽以經沒有任何意義了，這可不比幾個月前，李自成可以在毫無後顧之憂的情況下，全力回軍來迎戰自己。儘管商家軍戰鬥力出衆，但畢竟人數太少，一但闖軍實行多點進攻，切斷自己的後勤線，恐怕也很難以取勝，最多是和李自成長期對耗下去，這樣的結果，對自己同樣不利。
更別說商毅跟本不打算西進，明朝還是像在另一時空裡那樣滅亡了算了，自己還是抓緊這最的時間，積極準備着清軍入關以後的戰事吧。
當然商毅也不能像左良玉那樣，把吳甡的命令不當一回事，對他保持一定禮節上的尊重，還是完全有必要的。
因此商毅立刻給吳甡回信，首先說明，浙江叛亂尚末完全平定，不能立刻進軍，同時告誡吳甡，如今李自成兵多將廣，而且又新近取勝，士氣旺盛，不可輕易取勝，萬一西進攻取襄陽不果，而浙江南京有個閃失，以前所立的功勞也就付諸了流水，孫傳庭的前車之鑑不可不察，最好還是等朝廷有正式的聖旨下來，再做決定。
吳甡也不是笨人，收到了商毅的信之後，立刻明白，商毅現在是不想出兵了。但商毅在信中所說的理由也是不無道理，皇帝是什麼樣的個性，吳甡自然是十分清楚，如果自己冒然出兵，進取襄陽，仗打羸了到是還好，萬一要是打輸了，或者是僵不下的時候，浙江、南京還有鳳陽這邊出點什麼事情，自己也是吃不了兜着走。正所謂物極則反，月盈則虧，自己南下督師以後，立下的功勞以經不小了，就算攻下襄陽，打敗了李自成也不過是錦上添花而己，相反一但出一點什麼意外，說不定就一下孑被打入底谷，萬劫不復了。
因此吳甡越想就越是覺得商毅說的有道理，自己還是太冒進了一點，現在可千萬別出這個頭，還是按兵不動，先把南京、浙江、鳳陽一帶守好，不求有功但求無過，等着朝廷的聖旨下來了再說。那樣一來，自己可就沒有什麼責任了。
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就在吳甡呆在南京，等待着朝廷下旨的時候，這時北京的紫禁城中以經是一遍大亂了。
孫傳庭在郟縣慘敗的消息傳到朝中的時候，不亞於在金鑾殿上扔下了一顆手榴彈，全殿一遍譁然，崇禎同樣十分震怒，因爲這時孫傳庭己退守到潼關，因此崇禎也暫時沒有考慮換將增兵的事情。只是下令削去孫傳庭的督師、尚書職務，但仍令其以陝西總督的身份收拾殘餘人馬固守潼關。不久，又升白廣恩爲援剿總兵官、掛蕩寇將軍印，拔給兵員三萬，與孫傳庭一道守關，以阻止李自成進入陝西。
而這時己有人向朝廷建議，可以調吳甡和商毅北進中原，阻擋李自成進軍，同時命左良玉出兵進攻襄陽，對李自成形成三面夾擊之勢。
但到了這候，內閣首輔陳演還怕調吳甡北進之後，搶了功勞，回朝取代自己的首輔位置，因此極力反對調吳甡北上。理由是規在浙江叛亂、項城兵變，危脅到南京和鳳陽，吳甡坐鎮江南也不可輕動，萬一南京、鳳陽有失，誰能擔待得起。而孫傳庭雖然兵敗，但可退守潼關，而且潼關天險，易守難攻，闖軍未必就能攻下，不可輕易調吳甡北上。
同時又有大臣還向皇帝建議，不訪調山海關的吳三桂率剖入關，守衛潼關，迎戰李自成。因爲現在清朝幼君新立，國事不穩，未必能輕易出兵入關侵襲，而吳三桂部兵馬尚多，抽調一萬人馬入，餘兵仍可支撐山海關的局面。崇禎對這條建議到也頗爲動心，再不能調吳甡北進的情況下，調吳三桂入關，也不失爲一條可行之計。但他並沒有直接下令，而是命令大臣商議後再決定是否實行。
但陳演又一次提出了反對，兵部待郎張縉彥也持此態度，他們都擔心，雖然現在清朝是幼主登基，但攝政王多爾袞可也不是個好惹的主，萬一吳三桂率精兵入關，誰敢擔保清軍不會趁虛而入，到時候不僅寧遠等地不保，就連山海關能否守得住，也成了問題。當初陳演一力主張孫傳庭出關迎戰李自戌，結果大敗而歸，現在如此重大之事，哪裡是他能夠負得了責的，因此陳演還是請皇帝聖栽。
說白了就是不管是調吳甡還是吳三桂，俺們說了不算，皇帝您自已拿主意，但要是出了問題，俺們可不負責任了。
結果崇禎也不敢輕易擔這個責任，於是下旨招集所有大臣，一起聚議，希望能有一個結果。那知滿朝大臣聚齊之後，也是各述己見，一開始還是都在討論正事，但很快就變成了互相攻擊，又成了什成天理、人慾、君子小人之爭。崇禎聽得頭昏眼花，好久之後才發現，又偏題了。
結果連續幾天，朝廷都在這樣的吵鬧聲中渡過，一議再議，不斷的扯皮拉筋，始終都沒有得出一個結果。而且連計劃拔調給白廣恩部的三萬兵員，也沒有人理了。
而戰局卻不會因爲明朝大臣的爭吵和拖延而停止，進入十月之後，擊敗孫傳庭，稍做了修整的李自成立刻和劉宗敏率領大軍，向潼關發動進攻，同時還命一路偏師，由鄧縣取道商洛地區，進攻陝西，約定在西安城下匯合。
這時在潼關中，孫傳庭的殘部只有一萬餘人，而且全軍的士氣低落，朝廷答應拔調的兵員又遲遲未到。潼關雖有天險，但也萬難守住。首先是高傑和白廣恩被李自成擊敗潰逃，潼關也隨即失守。孫傳庭率領殘兵，退守到了渭南，企圖繼續固守，而李自成也毫不放鬆，率軍繼續追擊，渭南城破，孫傳庭當場陣亡。白廣恩、陳永福先後投降李自成。
而孫傳庭的另一員部將高傑，因爲當初他誘拐了李自成的妻子，給李自成戴了頂綠帽子，因此自知是投降必死，於是先從潼關退回陝北，招集孫傳庭的餘部，然後南逃淮西地區，後來被鳳陽總督馬士英收爲己部。而李自成卻率領大軍，進攻西安。
等到這個消息又傳到北京之後，朝中還在爲調吳甡北上還是吳三桂南下的事情而爭吵不休，這一下次滿朝無語，就連崇禎也傻了。原來他們都以爲孫傳庭雖然在郟縣大敗，但守住潼關還是可以的，那樣局勢還不算太糟，卻沒有想到這回連潼關也失守了。
不過雖然上報孫傳庭戰死，但屍體始終還沒有找死，因此崇禎還抱以一絲僥倖心裡，認爲孫傳庭或許沒死，還會收拾人馬，整軍再戰，於是崇禎下令對孫傳庭不予贈蔭、哀悼。一直到十一月，這個消息才最終證實，崇禎也不禁悲痛之極。但又耽誤了一個多月的時間。
而崇禎又遷怒於首輔陳演，將郟縣慘敗所有過失都推到陳演身上，下旨將他革職，改由魏藻徳出任首輔。這時又有大臣提議，調吳三桂或吳甡救應。崇禎雖然也同意調其中一人，但並未言明調誰，而是令魏藻徳率內閣決意。有陳演的前車之鑑，魏藻德那裡還敢決議，議了幾天之後，反而向崇禎建議，派人赴關外、南京兩地，當面詢問吳三桂和吳甡的意見，然後再做決議。崇禎也下旨照辦。
在此期間，崇禎又任命兵部待郎餘應桂出任陝西總督。又下令宣大總督、山西巡撫協剿這個時候餘應桂那裡還敢到陝西去上任，臉如土色，推託不往。而宣大總督、山西巡撫也都避之不及，都推說餉乏馬缺，不肯應承。
時間就這樣也一天天的過去，大明朝的氣數將盡了。