在這危機時刻，鄭成功果斷下令，不理城外的援軍，繼續在泉州城內戰鬥，一定要擊敗清軍，同時派人去請駐守溜石寨的商家軍出戰，攻擊清軍的援軍。
但這時城內的清軍也得到了援軍趕到的消息，也不禁精神大振，漸漸竟有壓倒鄭軍的勢頭。將鄭軍殺得節節後退，一直退到了西門邊上，眼看就要被清軍逼得退出泉州城了。
鄭成功見狀，立刻拔出佩刀，大喝道：“今日不破泉州，誓不出城。”然後身先士卒，親自揮刀上陣，連斬了數名清兵。而部將陳豹、楊期潢、杜輝等人見鄭成功親自出戰，也都紛紛揮動武器，跟着他一起上陣，個個浴血奮戰，在這幾員主將的帶頭之下，鄭軍也被激起了高昂的鬥志，終於站穩了腳跟。
就在這時，沈壽嶽率領商家軍趕到戰場，不僅擊敗了清軍的援軍，同時還派出了一個營殺進泉州城，増援鄭成功。而經也了一夜的奮戰之後，清軍這時也是筋疲力盡，而且一眼就看出，原來是商家軍參戰了，頓時鬥志全無，敗退了下來。
鄭軍、商家軍乘勢追擊，終於佔領了泉州城。而趙國祈帶着百餘士兵，殺出了泉州，逃到福州去了。
而在另一邊，清軍的援軍也被商家軍擊敗。實際清軍在漳州的守軍並不多，而且在短時間內，那湊得出多少人馬，因此王進只帶來了兩千餘人，什麼三萬大軍，突襲安平，不過都是王進故意虛張聲勢而已。只是趁着天黑，打了洪政一個措手不及，結果沈壽嶽率軍殺到，立刻就被殺得大敗，四散奔逃。而王進在混戰之中，也被商家軍活捉，解入泉州城中關押。
雖然幾經波拆，而且在這一戰中，鄭成功的損失也不小，拆兵達一千二百餘人，部將楊期潢也戰死在泉州城中。但鄭成功到底還是攻下了泉州，取得了起兵以來的首戰勝利，同時也爲自已奪下了一塊立足之地。
泉州城中的鄉紳百姓得知鄭成功擊敗了清軍，佔領了泉州城，也都十分高興，紛紛上街慶祝，還有不少人來見鄭成功，求他不要再離開泉州城了。而鄭成功也從此聲威大振，完全蓋過了鄭彩和鄭鴻逵。
鄭成功自然也十分高興，正打算派人去南澳島請商毅來到泉州，但這時收到商毅的來信，原來商毅已經趁着漳州空虛，率軍攻取了漳州，讓鄭成功派人去接管漳州。
看完商毅的信之後，鄭成功也不禁佩服不己，果然是名將，絕不會錯過任何一絲機會。因此立刻命令陳豹去接管漳州。
而這時趙國祈逃入了福州，才向覺羅巴哈納報告，商家軍己經深入福建了。覺羅巴哈納得知這一消息之後，當時就嚇得臉色慘白。因爲他己經派出軍隊，分別去増援建寧府和福寧州，這時福州的守軍不足五千，如果商家軍來進攻福州，自己根本就守不住。因此覺羅巴哈納也趕忙下令,把派去増援建寧府和福寧州的人馬又都趕緊給撤回到福州來駐守,同時又下令金聲桓,趕緊從江西撤軍,回來保護福建，然後緊閉城門，再也不敢出去了。
雖然沒有按照原計劃的那樣攻下福州，但一連得到了泉州、漳州兩地，也讓鄭成功覺得十分滿意了，
商毅把漳州交給陳豹守衛之後，也來到了泉州，鄭成功把他迎進了泉州，商毅笑道：“明儼，這次進攻泉州，伱做的很不錯啊。”
鄭成功道：“督師太過獎了，其實這次能夠攻下泉州，完全是靠有督師的啇家軍相助，否則以成功自己的力量，絕無取下泉州之力。商家軍英勇善戰之名，果然不虛。”
商毅道：“你也不必妄自非薄，其實這一戰你制定的計劃，還有臨陣的指揮做得確實都很不錯了。但你的人馬戰鬥力不強，是因爲軍隊剛剛組成起來，缺少訓練，而且實戰經驗不足的緣故，只要曰後是加緊訓練，少則半年，多則一年，必可成爲一支勁旅，何況你還有海上的選勢。因此從現在開始，你就應該立足於泉州、漳州兩地，招募人材，擴充力量，拓海經商，積攢錢糧，與清軍抗衡。伺機收復福建之地。”
頓了一頓，商毅又道：“不過有一點你要切記，凡將成大事者，當以人爲本，現在你已有泉州、漳州兩地，人口數十萬，注意休養生息，減輕稅賦，推行仁政，寬厚待民，只有如此，方纔能夠做到上下一心，協力抗清。切不可不體民意，一味強徵暴斂，那樣的話，與清廷又有什麼區別呢？”
鄭成功也不禁凜然道：“大人金石之言，成功必當銘記於心。”
商毅點了點頭，又道：“等到時機成熟，兵精糧足之時，我們合力並兵北伐，收復失地，驅逐韃虜，恢復天下。”
鄭成功聽了，也不禁熱血沸騰，道：“大人提兵北伐之時，成功願爲大人馬上一卒，征戰疆場。”
商毅也不禁大笑起來，拍了拍鄭成功的肩，道：“好了，這裡的事情也差不多了，我也該回浙江去了。”
鄭成功怔了一怔，道：“大人這就要走了嗎？”
商毅笑道：“是啊，現在浙江的戰事正緊，還有許多軍務事情，需要我回去處理，因此不能在泉州多作停留。現在南京、江北的清軍都被我浙江牽持住，你到不用擔心，不過我料覺羅巴哈納要復奪泉州，必會調金聲桓回福建叄戰，因此你也要小心從事。”
鄭成功忙道：“大人放心，成功必不會讓大人失望。”
商毅這才十分滿意，第二天就和鄭成功告訴，帶着軍隊，乘船返回浙江去了。當然在回程的時候，沒有再繞道了，直接穿過了臺灣海峽，回到杭州，而沈壽嶽也帶着自己的軍隊，返回臺灣。
商毅離開泉州之後，鄭成功也決定聽從商毅的意見，以泉州、漳州爲基地，施行仁政，發展勢力，準備和清軍決戰。因此一面招募士兵，打造軍器，建造戰船，加強城防設施，一面下令減免泉州、漳州兩地的稅賦，恢復生產，並且鼓勵開展海外貿易，同時又派人去請鄭鴻逵和鄭彩，到泉州來共商大計。
直到這時，鄭鴻逵、鄭彩才知道鄭成功己經得到了商毅的全力支持，攻取了泉州、漳州做爲基礎。因此也不禁大爲後悔，早知是這樣，當初就應該和鄭成功一起出兵,攻取泉州，也能分一杯羹。但現在什麼都晚了，現在鄭成功己經威勢大振，又有泉州、漳州爲基地，勢力初成，而且還有商毅在背後支持他，自己根本就無法和鄭成功相抗衡了。兩人也都是聰明人，見了鄭成功之後，都表示願意接受鄭成功的指揮，共同對抗清軍。
得到了鄭彩、鄭鴻逵兩人的支持，鄭成功也十分高興，因爲這兩人手裡都頗有實力，有了他們的支持，自己的實力也會更進一步。
而鄭成功攻取了泉州、漳州之後，同時也四外出兵，收取泉州府、漳州府境內的各州縣等地。各地的鄉紳百姓本來都對清軍不滿，聽說鄭成功的大軍到來，也都紛紛起事響應，因此鄭成功的大軍所到之處，幾乎攻無不克，不到半個月的時間，泉州府、漳州府全境，基本都被鄭成功佔領了。
因此鄭成功也威名大振，雖然這時他己恢復了自己的鄭姓，但部屬百姓都尊稱他爲“國姓爺”，而且一些鄭芝龍的舊部也都紛紛脫離了清軍，來投奔到他的部下效力，同時還招集了一批文武人員，其中文士有原浙江巡撫盧若騰、進士葉翼雲、舉人陳鼎等，武將有甘輝、藍登、邱縉、林壯猷、金裕等人，屬於鄭芝龍的舊部有施天福、施郎、洪習山、黃廷等人，因此鄭成功手下人材彙集，實力也日益強大，而鄭成功也不忘商毅的教導，以商家軍爲榜樣，天天訓練士兵，演練陣法戰術，準備與清軍決戰。
正好這時在福寧州起事的劉中藻也覺得自己的實力不足，於是也派人來和鄭成功聯絡，請求鄭成功援助自己攻取福寧州。
這一下也正中鄭成功的下懷，因爲福寧州在福州北面，而且和浙江接壤，如果自己能夠攻下福寧州，不僅可以對福州形成夾擊之勢，而且和浙江也建立了陸地聯繫，對雙方合作，共同抗擊清軍，也是大有幫助儷。於是鄭成功立刻命鄭彩率領本部人馬，從海路趕到福寧州，支援劉中藻。又命鄭鴻逵率軍進駐惠安，保護泉州的側翼。
因爲現在清軍都被覺羅巴哈納都撒回到福州駐守，因此在福寧州的兵力並不多，鄭彩到達福寧州之後，與劉中藻合兵，很快就攻佔了福寧州。
同時在廣州安定下來的紹武朝廷，這時也得知鄭成功起兵，在福建打開了局面,因此也派人到福建來策封鄭成功爲南安公，福建總督。因爲紹武朝廷是隆武朝廷的沿續，因此鄭成功也派人到廣州朝見朱聿鐭，表示自已正式承認紹武朝廷爲正朔。