淸朝在爲商毅頭疼的時候，商毅確在浙江大張旗鼓的推行了一系列新的法令。
首先一條，就是清丈土地，重新造魚鱗冊。
清丈土地一直都在商毅的計劃之中，從北京回來以後就開始進行了，只不過當時只是在杭州府進行，而現在商毅己經坐穩了浙江巡撫的位置，又挾持着大勝清軍的戰功，因此也在浙江省全省境內，開始全面的清丈土地。
這條法令一發布之後，立刻引起了一片怨聲載道，由其是那些佔有大量土地的官宦富豪人家，都是一片反對之聲。其實歷來朝廷要淸丈土地的時候，都會遭到許多人，由其是官僚集團的反對，原因到沒有別的，因爲官僚集團，往往都是傾佔土地的主要成員。淸丈土地損害的就是他們的現實利益。因此主張清丈土地的官員，往往都會成爲衆矢之的，甚致不得善終。
但商家軍卻沒有這個負擔，一來是商毅在全軍的威信極高，只要是他做出的正式決定，基本上沒有人敢反對。而在另一方面，商家軍進駐浙江的時間並不長，軍隊裡的骨幹成員還來不及在浙江購田置地，因此清丈土地也不會損害到他們的利益。相反核實土地的數目，作爲收稅的依據，也有利於増加商家軍的收入，在不損害自己利益的情況下，當然誰都希望商家軍朝着越來越好的方向發展。
而唯一一個既屬於商家軍成員，又擁有大量土地的家族就是老林家，但林之洋心裡十分清楚商毅的目地，親身回家勸父親，主動交付自己家裡的土地實數。
這個時候林正朔也終於顯示出一個老商人清醒的判斷力，知道和商毅對抗是沒有用的，因此也主動將家裡所有的土地數量都上報了。並把傾佔，投靠的土地也全都退還出來。何況林家的土地並不多，一共也只有一萬多畝，只能算一箇中上等地主，就算全交出來，損失也不大，相反還能借此修復和啇毅的關係。
林家這一帶頭，其他反對的人也都無計可施，現在浙江的一畝三分地都是商毅說了算，就是朝廷也要讓商毅幾分，因此也只能認命。
雖然也有幾個死撐不放的官宦人家，還以爲自己家裡有點勢力，因此拒絕配合清查土地的工作人員，還有人摳打工作人員。而這一次商毅可也不客氣，不配合的立刻全家查封，打人的一率關押，扔到礦場去作苦力。殺了幾隻雞之後，羣猴們果然就都害怕了，都老老實實的配合起來。
其實商毅並不是要搶佔土地，而是查清土地數量，做爲收稅依據，多產多收、少產少收，使收稅分佈儘量公平合理。對一些實在分不清產權歸屬的土地，就由商家軍出錢購買。而查實的多餘土地，也都分給無田的百姓，同時商家軍還出資購買了一批土地，使每一個農戶基本都能分到二十畝土地，能夠保證自己的基本生活。但分配到土地的農戶將分期十年償還。
當然清丈土地是一個長時間的工作，也不是能在幾個月內完成的，商毅也沒有多的時間來管，而是由商家軍剛成立的土地司來俱體付責，並且讓李巖重點關注。同時又讓監查司嚴密監查在清丈土地的過程中，是否有營私舞弊的行爲。
不過商家軍目前在浙江省還是實行三年免稅的政策，因此雖然大戶都反對清丈土地，但所有的農戶卻是實實在在得到了實惠，因此也都衷心的擁護這項法令。
第二條就是商業稅。
其實明朝的實際商業稅並不高，明初所定三十而取一的稅率，一直沿用到明末都沒有變。但在實際的操作中，各地都設有自己的稅關，名目繁多、稅卡林立，幾乎達到雁過拔毛的地步。因此一般的商人，根本經不起這樣重重徵稅，只能找官員依附，形成了官商結合的局面，但有了官員在背後撐腰之後，商人連正常的稅收都敢於拒交，結果又走向了另一個極端。
因此商毅首先禁止浙江省內各地私設稅卡，進入浙江省的商品只用交納一次入浙稅，就可以在全省內通行無阻，但無論商人有什麼背景，入浙稅都必須要交，絕不能減免。而出浙的商品也是同樣，同時也對商品進行了細分，使各種類型的商品，都有自己的收稅標準，也減免了許多在俱體實施中的可超作的行爲。
這一項自然也引起了浙江大部份商家的反對，因爲他們都是在官府背景，根本不怕各地的稅卡。但商毅的態度也十分堅定，要麼接受，要麼就別在浙江做生意，反正在浙江實實在在做生意的商人也有不少，沒有他們還可以少許多麻煩。而在商毅的強硬態度下，絕大多數商人也只能選擇屈服。
不過商業稅的內容還不僅僅是如此，還一個重要的內容就是：鼓勵民間資本辦廠，投資實業。
在中國古代，商人幾乎都是和生產分離的。商品的生產基本都是由以家庭爲單位的手工業者來完成，而商人的作用就以低價從手工業者那裡買來產品，然後轉運到其他地方以高價出售。因此中國的絕大多數商人都屬於流通型商人。
這樣一來就沒有人會去想怎樣提高生產技術，改進生產方法，降低生產成本。商人所做的就是拼命壓低收購產品的價格，而以家庭爲單位的手工業者因爲力單勢薄，不可能和商人抗爭，也只能甘受商人的壓窄和剝削。結果就造成中國的社會生產始終是以小農經濟爲主，而無法將手工業和農業徹底分離，形大規模的社會化手工業生產，也就是資本主義蔭芽發展。因此中國的商業行爲始終都無法達到摧毀小農經濟，把中國的社會生產力提升到一個新階段的作用。
當然在另一方面，因爲大規模的社會化手工業生產就意味着大工廠大企業的出現，這也就是歷代的統治者都不願意看到“聚衆”情況，因此聚集大批工匠一起工作的情景，一般都只能在官辦，或者是有官府背景的生產作坊裡出現。在另一時空裡的清朝，甚至規定三十人以上的聚會都要通報官府，在這種情況下，也根本不可能完成社會分工、手工業和農業徹底分離的革命。
同時由於流通型商人沒有自己的產業，因此也缺少大局的是非觀念，造成他們有奶就是孃的觀念，不惜把中國的物資到買給敵對的勢力，以賺取厚利，而遇到外敵入侵的時候，往往就是他們最先投靠外敵，這個時代的所謂山西八大皇商，還有後世的一批買辦商人都是典型的代表。
商毅當然希望能夠盡力改變這種狀況，而且也做過不少償試，他在杭州就開了不少大規模的手工工廠。但盡靠商毅一個人來做是不夠的，而且他開的工廠也同樣帶有很重的官府背景色彩，對推動資本發展也有現，必須把民間的力量都調動起來才行。
因此商毅在制定的商業稅中，把對生產作坊或工廠實行減稅，做爲了一條十分重要的規定。將生產作坊或工廠分爲五個等級規模，做爲減稅的標準。生產作坊或工廠的等級規模越大，減稅的比例也就越大，最大的生產作坊，允許達到兩千人以上，而減稅率也達到了四成。
主要的目地就在於希望利用稅收的調整，來限制流通型的商人，而鼓勵他們轉型成爲生產型的商人，這纔是最重要的一步。當然對生產作坊的管理、註冊、生產調控、收稅方式和標準，也有一套十分詳細的規定，以防止生產作坊或工廠爲了獲得高的減稅率，而虛假的擴展生產規模。另外也是要防止別有用心的人借辦工廠來作亂滋事。
商業稅還有另一個重要的內容，就是海關稅收。
海關稅收也將是未來商家軍的一個重要稅收來源，而且現在商毅己經開通了馬尼拉的貿易航線，同時也取得曰本和巴達維亞的通商權，因此海關的成立，也是勢在必行了。
其實海關並不複雜，宋明都有類似的組織，當然是叫市泊司。海關的重點就是兩個，一是制定各種商品的收稅標準，分類越細越明確就越好，就可以減少工作人員在操作時候的運作空間，另一個就是加強監督。
對第一點並不是難事，因爲在收入浙稅時，就己經將商品分類進行了細化處理，而且以後還可以慢慢完善。當然商毅也明確規定，結算的白銀，一屢以重量爲準，並且在每一個海關口發下了標準重量的砝碼。
而對第二點可就有些麻煩，商毅是後世的人，當然知道海關歷來都是滋生腐敗行爲的主要場所，而且腐敗行爲往往都是集團腐敗，一但查出基本就是把整個海關一窩端了。而控制腐敗行爲的方法也不外三點：實行輪崗利，三年一換；還有是完善制度，儘量少留空子；另外就是加強監督力度，一但查出腐敗行爲，嚴懲不貸。
當然海關一但成立之後，還有一個重要的任務，就是嚴打海上走私行爲，而這個任務也將由海軍來完成。