王莽篡權後，內亂不已。臨淮人瓜田儀等憑藉會稽長洲聚衆起事；瑯(láng)琊女子呂母聚集幾千人，殺死海曲縣令，入海組織武裝，很快發展到上萬人馬；公元17年，湖北中部大旱。饑民在王匡、王鳳領導下起義。他們隱在綠林山中因此稱作“綠林軍”，幾個月之間發展到七八幹人。
公元18年，瑯琊人樊崇在山東莒縣起義，由於樊崇作戰勇猛，各地的起義者大多依附於他，一年間發展到一萬多人。王莽派太師王匡(與“綠林軍”領袖王匡同名的另一個人)更始將軍廉丹討伐樊崇。樊崇擔心自己的部下與王莽的軍隊混在一起難以區分，就將眉毛畫成紅色，因此號稱“赤眉”。太師王匡、廉丹等率精兵十萬征討赤眉軍。官軍所過之處，**搶掠，胡作非爲。老百姓爲此編了一首歌謠：“寧遇赤眉，不遇太師。太師還可，更始殺我!”兩軍在須昌(今山東東平縣)交鋒，結果官兵被赤眉軍打得大敗而逃，太師王匡被樊崇打傷，廉丹在亂軍中被打死。
皇族劉玄、劉演、劉仲、劉秀，也加入綠林軍，其中劉績性情剛毅慷慨，素有威名。劉仲已戰死在小沛。劉演見此時綠林軍興起，便認爲是興復漢室討伐王莽的好時機到了。他召集豪傑聚會共商大計後，派人到各縣發動起事。綠林軍已有十萬之衆。爲便於號召他們決定立漢室後代劉玄爲帝。大赦天下，建年號爲更始元年。
綠林軍經過艱苦奮戰，直搗都城長安，殺死王莽。
劉秀在到達黃河以北封地後，在郡縣中考察官吏，廢除王莽苛政，恢復漢朝官名，吏民都十分喜愛他。南陽的鄧禹騎着快馬追趕劉秀，一直追到鄴城，劉秀說：“我是專門負責任命官員的，你遠道而來，難道是想當官嗎?”鄧禹說：“我不是想當官。只是希望您的盛德遠播海內，我能夠貢獻微薄的力量，藉機名垂青史罷了。”劉秀大笑，便留他住宿。鄧禹勸他：“如今山東還沒有平定，赤眉、青犢之類的義軍大都有上萬人。更始帝平庸之人，將領也都平平常常，只爲錢財子女着想，沒有遠大志向。您當務之急，是應該廣邀各路人才，爭取民心，重建高祖的大業，拯救百姓，天下不愁安定不了。”劉秀覺得他有謀略每遇大事都與他商量。更始帝派使者立劉秀爲蕭王。
更始帝遷都長安後，淫慾無度，將宮中大權交給趙萌。赤眉軍趁機率兵攻打長安。他們爲了名正言順，也商議立一位漢朝宗室後代爲首領，以誅伐更始皇帝。在此之前，赤眉軍搶到故式侯劉萌的兒子劉盆子，讓他在軍中放羊，年僅十五歲，披頭散髮，赤足破衫。此時想到他便立爲上將軍。當劉盆子見到衆人拜見時，嚇得直哭。赤眉軍到達宏農，更始派兵迎擊，卻被打得大敗。赤眉軍打入長安，更始逃到高陵，其餘將相百官全部投降。更始派劉恭向赤眉軍請求投降，赤眉軍封他爲長沙王，三輔人苦於赤眉軍的暴虐；都可憐更始，打算偷偷救他出來。但張邛派謝祿去吊死了更始，劉恭夜間把他的屍體收起來。更始在位二年而死。
公元25年，劉秀稱帝，就是光武皇帝，定都洛陽。
鄧禹率兵進駐長安，攻打赤眉軍，赤眉軍打算向西到上隴，但被打敗，又遇大雪，士兵多被凍死，於是返回長安，掘墳取寶，污辱呂后屍體。鄧禹再攻赤眉，沒取勝，便出長安去雲陽。赤眉軍又進入長安。光武帝見鄧禹屢敗且威信下降，便派馮異代替他。鄧禹感到慚愧，便要求與馮異共同打赤眉軍。馮異認爲：“赤眉軍現在仍很強大，只可用恩惠來收買，難以用武力取勝。”鄧禹不聽勸告，急與赤眉交戰。結果又遭慘敗。馮異再次整頓軍隊，與赤眉軍約定時間交戰。他命令戰士穿戴與赤眉軍相同，埋伏在路旁。天明時，赤眉軍攻打馮異大戰一天，到傍晚時，赤眉軍精疲力盡，馮異的伏兵突然出現，兩軍衣服相混，赤眉軍驚慌潰敗，馮異領兵追擊，大敗赤眉軍。赤眉軍逃到宜陽後，光武帝親率六軍，嚴陣以待。赤眉軍大爲驚慌，派劉恭請降，並請赦免劉盆子死罪。
投降時，赤眉軍武器盔甲堆在宜陽城西，像山一樣高。降兵十餘萬人，光武帝分發給他們飯吃。後來樊崇、逢安因謀反而被處死。