年輕的獻文帝拓跋弘即位以後，馮皇后成了皇太后。獻文帝把大權交給了丞相乙渾。乙渾欺侮獻文帝年輕，乘機獨攬大權。他假傳聖旨，殺了一批朝廷大臣，還強迫掌管封賞大權的賈秀封他的妻子爲公主。賈秀拒絕說：“公主的稱號非常尊貴，只授給皇帝的姐妹和女兒，不能輕易給別人!”乙渾爲了這件事恨透了賈秀，想方設法要害他。
馮太后看到乙渾這樣專橫，很是不滿。這時候又接到東陽王拓跋丕揭發乙渾準備謀反的報告，她就暗地裡和一些大臣商議，派禁衛軍殺了乙渾。從此，馮太后就代替獻文帝掌握了朝廷的軍政大權。
獻文帝在位沒幾年，就把皇位傳給了五歲的兒子拓跋宏，也就是孝文帝。後來，馮太后毒死獻文帝，自己以太皇太后的身份臨朝稱制(即行使皇帝的權力)，治理國家。
這時候，北魏的社會危機已經十分嚴重，稅收一天天減少，國庫越來越空虛，各地的反抗鬥爭此起彼伏。馮太后看到這些危機會動搖自己的統治地位，於是決心進行社會改革，以便扭轉這種局面。
北魏的官吏一直都沒有俸祿，靠貪污和掠奪來滿足他們奢侈腐化的生活，官吏們貪贓枉法，加深了統治階級和勞動人民之間的矛盾。馮太后決定實行俸祿制度，即按照官職大小，給他們數量不等的祿米、田地、布帛和當差的勞動力，不許他們再貪污勒索。有個名叫李洪之的刺史，倚仗自己是皇帝的親戚，無視朝廷的法令，領了俸祿以後，照舊貪污勒索，殘害百姓。馮太后下令逮捕李洪之，押回平城，當着文武百官的面，公佈李洪之的罪狀，罷免了他的官職，判了刑。從此以後，官吏們纔有些害怕，貪污的風氣慢慢得到了扭轉。
北魏前期，大地主在地方上的勢力很大，他們兼併農民的土地，強迫農民做他們的“蔭戶”，供他們剝削。蔭戶沒有戶籍，不向朝廷交賦稅，服徭役，這就肥了大地主，損害了國家的利益。爲了清查這些蔭戶，把他們編人國家的戶籍，大臣李衝建議實行“三長制”，就是五家組成一鄰，五鄰組成一里，五里組成一黨，鄰有鄰長，裡有里長，黨有黨長，三長負責檢查戶口，徵收租稅和徵發徭役。如果實行這種辦法、，就能清查出許多隱瞞的戶口，增加國家賦稅和人力來源，充實國家的力量。
馮太后召集大臣們進行討論。有人表示反對，說百姓不會贊成。李衝說：“只要讓百姓得到實行三長制的好處，嚐到了徭役均勻、賦稅減輕的甜頭，他們就一定會擁護。”又有人威脅說，老習慣不容易改，如果硬要改，恐怕會出亂子。馮太后果斷地說：“老習慣爲什麼不能改?抱殘守缺，已經使倉庫空虛，國力衰弱，實行三長制，徵收賦稅有了標準，還可以把逃避租稅的人清查出來。這樣做對百姓有好處，對國家也有利，我看應當實行!”馮太后一說，那些大臣就不敢再反對了。果然，三長制一實行，許多隱瞞的戶口被清查出來了，國家的稅收大大增加了。
不久，在馮太后的主持下，又實行了均田制，就是把政府掌握的荒地分配給農民耕種。規定十五歲以上的男子和婦女可以分到國家授給的田地。每個男子可以領到種莊稼的露田四十畝，女子二十畝，人死了以後要還給政府。每個男子還可以領到桑田二十畝，死後可以傳給子孫。不宜種桑養蠶而適宜種麻的地方，每個男子可領到麻田十畝，女子五畝，死後也要交還政府。實行均田制，農民有土地可種，有衣食來源；交得出賦稅，國家有財政收入；農業生產發展起來了。
馮太后是一位出色的女政治家。