焚書坑儒，是秦始皇在意識形態領域內對持不同政見的人的殘酷鎮壓，是當時“師古”與“師今”兩種政治思想鬥爭激化的表現。在當時的歷史條件下，爲了鞏固統一，禁止“以古非今”的活動，採取統一思想的措施是必要的，但是這種手段，愚蠢而又殘暴，特別是焚書，毀滅了許多古代的文化典籍，造成了文化上的重大損失。
公元前221年秦統一六國後，就着手建立和健全主義的中央集權的國家機器，以鞏固其對全國的統治。首先，秦王政召集羣臣討論關於更改名號的問題。戰國時期各國最高統治者都尊號爲王，現在他認爲自己德高三皇，功過五帝，王的稱號已不能顯示他的至高無上的權勢和地位，因此，他把古代傳說中神和人最尊貴的三皇五帝的稱號合二爲一，號稱皇帝。從此，皇帝便成爲封建國家的最高統治者的稱號。在這次討論中，還規定皇帝自稱“朕”，“命”稱“制”，“令”稱“詔”，並廢除子議父、臣議君諡法，還規定皇帝按照世代排列，第一代稱始皇帝，後代以二世、三世計，傳之無窮，以至萬世。所有這些規定，都表明皇帝在封建國家中享有神聖的地位和最高的權力。對於這些問題，大家的看法基本一致，沒有大的分歧，但是，在討論建立什麼樣的國家體制的時候，卻發生了原則性的爭論。以丞相王綰爲首的一部分官吏，認爲諸侯各國剛剛降服，燕、齊、荊楚這些地區，離咸陽很遠，鞭長莫及，如果不在那裡設立王侯，是難以控制的。他主張秦始皇把自己的兒子封到那裡去建立諸侯國。秦始皇要羣臣就王綰的這個意見進行議論，大家都說這個辦法好。但廷尉(負責司法的官員)李斯卻持不同意見，他說：“周朝文王武王封同姓的子弟很多，到後來親屬之情疏遠了，便互相攻打，像仇敵一樣，諸侯各國之間你爭我奪，戰爭頻繁，周朝天子無法制止。現在，天下靠着陛下的神威和才智統一了，原來的諸侯國都改爲郡縣，陛下諸公子以及有功之臣都用國家收入的賦稅優厚地賞賜他們，這就夠了，而且容易鉗制，天下就不會出現與中央對抗的局面，這是最安寧的辦法。倘若仍舊設置諸侯，那就不好了。”始皇說：“多少年來，天下之人都深受戰爭不斷之苦，這無非是因爲有了諸侯國的緣故。現在託祖宗之福，天下剛剛安定，又要再建立起諸侯國來，這等於是在準備戰爭，那樣想求得社會的安寧不是很難麼?廷尉的意見是對的。”於是，把天下分做三十六個郡，在全國確立了郡縣制。
過了八年，到公元前213年，秦始皇在咸陽宮大擺筵席，朝中大臣都來赴宴。宴會進行中，博士七十人上前向始皇祝酒，其中有個名叫周青臣的頌揚始皇的功績，說：“從前，秦國的地方不過千里左右，憑着陛下的英明、才智和神威，平定了天下，把野蠻的敵對民族趕了出去。你的功德，像太陽和月亮的光芒普照四方，沒有哪個不服從的。你把諸侯國改爲郡縣，從此，人人過着安樂的日子，再沒有戰爭的憂愁了。這樣下去，可以傳到萬世萬代而不會變化。自上古以來，沒有哪一個能比得上陛下的威德。”始皇聽了這番恭維話，非常高興。另外一個博士名叫淳于越的，他趁機又提出恢復分封制的主張。他走到始皇面前說：“我聽說殷朝周朝的統治之所以維持了一千多年，是由於把土地封給了子弟和功臣，作爲它四周的屏障，中央發生什麼事情，他們都能響應和支援。現在陛下統一了天下，而自己的子弟一個個都是光桿，以後如果驟然出現齊國的田常、晉國的六卿專權篡位之臣，而沒有封國的藩屏，那怎麼可以相救呢?不管什麼事情，如果不依照古代的法規去做而能久遠的，我沒有聽到過。周青臣一味阿諛奉承，使陛下的錯誤加深，他不是一個忠臣。”始皇聽了這番話，一時不能作出判斷，就把這個問題交給羣臣議論。丞相李斯說：“五帝的法治是不相重複的，三代的制度，也不是相沿襲的，各個時期都是根據本身的特點制定政策，這並不是故意要標新立異和前朝不一樣，因爲時代發生了變化，不是以前那個情況了，所以治理的方法也應該不同。現在陛下創造了天下一統的偉大事業，建立了萬世的大功勞，這本來不是那些愚蠢無知的儒生所能夠了解的。而且淳于越所講的，都是很早以前夏、商、週三代的事情，時間隔了這麼久，怎麼可以按照他們那樣做呢?如果那樣，以後各個諸侯之間互相爭奪，戰亂紛紜，都用重金禮聘那些遊說之士，天下又不會安寧了。現在天下已經安定，法令一致，各地都要遵照執行，百姓只料理家務，專心務農做工，讀書人只要學習政府法令避免犯錯誤就是了。可是現在這些儒生，不學當今的法令，卻一心推崇古代的制度，並說當今的政策都不好，這不是擾亂百姓的思想，在人民中進行煽動嗎?我丞相李斯冒死罪也來談談自己的看法：從前，天下四分五裂，戰亂不休，沒有人能夠統一，所以諸侯各據一方，都借稱讚三代來破壞統一，散佈一些不切實際的空洞言論來蠱惑人心，製造混亂。百姓的知識多了，他們就會議論領導這也不是那也不是。今天皇帝統一了天下，情況已經擺得明明白白，只有一個最高權威，而有些人卻以爲自己的知識了不起，議論當今的政策不對。他們聽到命令頒佈下來，就用他們的觀點來進行批評。他們在朝廷裡雖然不敢直說，但心裡卻不以爲然，走出朝廷，就在街頭巷尾進行誹謗，誇耀他們的主張以博取別人的好感。他們製造一些奇談怪論而自以爲高明，帶了一些不明真相的人造謠生事。這樣的情形如果還不禁止，那麼，上面皇帝的權威就會要受到損害，而下面就會出現拉幫結黨的現象。所以我認爲還是禁止的好。我膽敢提一個意見，就是請求陛下吩咐有關官員，凡不是記載秦國事蹟的書籍，統統把它燒掉。不是博士官所收藏的書，國內的人不準保存。《詩》、《書》等諸子百家的著作一律上交到郡、縣，由郡縣的官員負責統一燒燬。有膽敢私下談論《詩》、《書》這類書的，處以死刑。如果有藉着頌揚三代的功德而攻擊現行法令制度的，就將他滅族。各級官員如果知道了這些情況而不執行的，判處同樣的罪。命令傳下去，如果三十天內不把書燒完，判處黥刑(臉上刺字)，並罰他到邊境白天站崗防守敵寇，晚上修築長城，時間是四年。保留不燒的，只限於有關醫藥、卜筮、農業生產等一類的書籍。嚴禁私人辦學。假若人們想要學法令，便拜官吏做老師。始皇同意了李斯的意見，於是，中國歷史上的“焚書”事件便這樣發生了。
秦始皇統一六國以後，妄想長生不老，在公元前219年，即派徐市帶了幾千童男童女出海求仙，但去後，一直投有回來。四年以後，又派韓終、侯公、石生等人去尋找長生不老之藥，還派了盧生再去海外仙島尋訪仙人。盧生不久回來，胡謅了一本神秘莫測的小冊子，並說：“將來滅亡秦國的是胡人。”於是，始皇派將軍蒙恬率領三十萬部隊去進攻北方邊境的少數民族。盧生雖然出海求仙回來是那樣敷衍了事，但任務畢竟沒有完成。公元前212年，盧生對始皇說：“我們花了這麼多時間和精力之所以沒有找到長生不老之藥，是因爲這類東西有所忌諱。當前正在修陵墓，陛下平時的行動應該保守秘密，不要讓別人知道，這樣就可以避開惡鬼。惡鬼避開了，仙人就會來到。陛下所住的地方，朝中大臣都知道，這對仙人的來臨是不方便的。所謂仙人，他進入水中而不沾濡一點溼氣，進人火中而燒不着他。他來去都是騰雲駕霧，他的生命與天地永存。現在陛下治理國家，事情繁忙，心裡不能安靜。希望陛下所居住的地方和平時的行動不要讓別人知道，這樣，長生不老之藥就可以找到了。”於是，始皇從此行動詭秘，會見羣臣和處理問題只在咸陽宮一個地方。
盧生雖然幾次胡言亂語把事情搪塞過去了，但是，到哪裡去找仙人不死之藥呢?侯生和盧生兩人商量脫身之計，他們說：“始皇這個人。剛愎自用，暴戾無常。他本來只是一個諸侯，現在兼併了天下，他的意願實現了，滿足了，自認爲從三皇五帝以來沒有一個能比得上他的。他只任用和依靠司法部門的官吏，這些人才得到他的寵信。博士雖然有七十人，但不能起一點作用，不過是裝飾門面而已。丞相等所有大臣，都只能照章辦事。皇上喜歡用重刑這樣的高壓手段來顯示自己的威嚴，天下之人都是小心翼翼的，沒有人敢說真心話。皇上聽不進一點意見，日益驕橫，下面的臣子懾於他的淫威，都只能說些違心的話去博取他的好感。秦國的法令極其殘酷，對人民動輒處以死刑。國內之事，不論大小都要由他決定。他獨斷專行、專橫跋扈、殘忍暴虐到這種地步，不可能爲他找到長生不老之藥。”這兩個方士散佈了這些言論以後就逃走了。對始皇的這些誹謗之辭，不脛而走，最後被始皇聽到了，大發雷霆，他說：“我早幾年把天下不中用的書都燒掉了，招集了很多儒家學者和方士，想使國家興盛，吉利平安，所以許多方士想爲我煉長生不老的金丹。現在聽說韓終等人去尋找仙人不死之藥，幾年了還沒有看見他們回來交差；徐市帶了幾千童男童女去到海島求仙，耗資鉅萬，到現在也還沒有找到仙藥，而不法之徒就造謠惑衆，幸災樂禍的人聽了，互相傳播。這些事情每天都聽到一些。盧生等人，我以前很尊重他們，給他們的待遇也特別優厚，但是，他們現在反而誹謗我，說我無德不能長生。在咸陽的儒生，我將派人去進行查問，有些人就是在製造和散佈謠言，煽動人民暴亂。”始皇於是派了御史去處理這個案件，對在咸陽的儒生一個個進行審訊。這些儒生轉相告發，牽連到四百六十多人。始皇對這案件親自判決，將他們全部活埋在咸陽，使國內的人都知道這個事件，以儆效尤。始皇的長子扶蘇不同意這種做法，進行勸阻。他說：“國家剛剛統一，遠方的人民還沒有完全歸順，這些儒生不過是稱述和仿效孔子的主張，今天陛下對他們量刑太重，我恐怕會引起天下的動亂，希望陛下仔細考慮一下。”始皇聽到扶蘇爲儒生說話，很生氣，就派扶蘇到北部邊境去作蒙恬的監軍，駐守在上郡(陝西綏德)。這就是歷史上所說的“坑儒”。
秦始皇千方百計尋找仙人不死之藥，但始終沒有找到。公元前210年，當他巡行到沙丘(河北平鄉縣東北)，因病去世，終年五十歲。