沙皇俄國在與我國簽訂《中俄尼布楚條約》後，又挑撥蒙古族準噶爾部頭目噶爾丹發動叛亂。製造我國內部的民族不和。
元朝滅亡後，蒙古族的大部分退回塞外，逐漸形成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部分；漠南蒙古是清朝最可靠的盟友，漠西蒙古不肯與清朝合作。
漠西蒙古的準噶爾部首領噶爾丹野心勃勃地妄想奪取大片領土，康熙皇帝勸他返回阿爾泰地區，他不但不聽，反而想和康熙皇帝較量一下，而且他的行動受到了沙俄的支持，他自以爲有了靠山，更加無法無天。
康熙帝看到噶爾丹這樣猖狂，而且又威脅到內地的安全，就在康熙二十九年(公元1690年)下令征討噶爾丹。康熙皇帝御駕親征，在離北京只有七百里的烏蘭布通和準噶爾兵交戰。
噶爾丹在烏蘭布通擺好了陣勢。他依山列成“駝城”，用幾萬峰駱駝，把它們的腳捆住，讓它們臥在地上，在駝背上搭起箱垛，蓋上溼氈。士兵們隱藏在“駝城”裡發射火器或弓箭；清軍隔河列陣，先用大炮轟擊“駝城”，炸死不少駱駝，騎兵和步兵隨後衝殺過來，大敗準噶爾兵。噶爾丹看到清軍很強大，知道自己打不過，當晚就把軍隊撤到高處，第二天一大早就派人來求和。
康熙皇帝接到噶爾丹乞降的報告，擔心受騙，命令清軍防備噶爾丹，但爲時已晚，噶爾丹已經逃走了。
噶爾丹雖然遭受失敗，但仍不死心，與俄國的關係也越來越密切，揚言要興兵深入內地。
康熙皇帝忍無可忍，決定第二次親征，兵分三路，中路由他親率。中路軍要穿過茫茫沙漠，在沙漠裡行軍，糧草常常接濟不上。康熙皇帝和土兵一起吃乾肉，喝馬奶，日夜兼程，走了七十多天．才探聽到噶爾丹的消息。有的大臣怕苦怕累，聽說敵人還很遠，就很泄氣，勸康熙說：“道路迂迴曲折，很難走，糧食又供應不上，走了七十多天，還不見敵人，皇上不如暫時先回去吧!”康熙聽了非常生氣，堅定嚴肅地說：“朕已告祭了天地宗廟，現在還沒見到敵人就回去，讓朕如何面對天下百姓?”他當即下令開拔，直奔敵人駐地——克魯倫河。
噶爾丹根本不相信康熙皇帝會親征到此，當看到克魯倫河南岸清營的黃幄龍旗的時候，嚇得六神無主，自言自語地說：“哪能來得那麼容易!”然後，連夜向西逃去，丟下了無數營帳和貴重的軍需備品。
兩天以後，西路清軍在昭莫多山下和噶爾丹相遇並進行了決戰雙方整整打了—天，最後清軍分作兩路，一路橫衝入陣，一路偷襲敵軍的輜重，噶爾丹陣營大亂，清軍大獲全勝，殺死叛軍一千多人，俘虜了三千多人，這樣，噶爾丹的主力幾乎完全被消滅了。
康熙皇帝在取得昭莫多的勝利之後，決定將噶爾丹叛軍徹底消滅，康熙三十六年(公元1697年)，他第三次親征，這時的噶爾丹已經衆叛親離了。他左右的親信不是遠逃就是投奔了清營。無論噶爾丹駐紮在哪兒，都不斷地有告急的警報，連覺都睡不了。他常常迷惑地對別人說：“世界上的人真是不一樣嗎?聽說皇帝走到沙灘，沙灘就要涌山甘泉，石頭上也會長出青草，是天在助他嗎；如今我該如何是好呢？”噶爾丹走投無路，最終自殺了。
這次叛亂被平息以後，蒙佔地區逐漸安定下來。